New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5624427 = | 48 (0.980) | 4 (0.090) | 4/250 | NT | 8.8% | coding (204/897 nt) | PP_4942 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 5624464 = | 37 (0.790) | coding (167/897 nt) | PP_4942 | hypothetical protein |
CGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCTTGGCATCGATAGCTTGCCAACCGCGTTCGCGGAAGGC > NC_002947/5624316‑5624612 | cgcAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGt < 6:133103/149‑1 (MQ=255) gcccaggcgtgggcgcgctttggcggcagtgttgccacccatccgctggtggtcgagcaactggcggacctggcacagatcccggtgcgttacctgggctggcaCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGcc < 3:278968‑M1/45‑1 (MQ=255) gCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGcc < 8:203932/149‑1 (MQ=255) aCGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTaa > 1:169310/1‑149 (MQ=255) gccgccGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACg > 4:11688/1‑149 (MQ=255) cgccgGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCa < 8:25217/149‑1 (MQ=255) aaTGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGAt < 2:260746/147‑1 (MQ=255) aaTGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGAt > 1:260746/1‑147 (MQ=255) ggcggcagtgttgccacccatccgctggtggtcgagcaactggcggacctggcacagatcccggtgcgttacctgggctggcaCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCt > 4:278968‑M1/84‑148 (MQ=255) tGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTACCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCtgt > 1:210871/1‑149 (MQ=255) tctcGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGc > 7:92268/1‑148 (MQ=255) ttACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGc < 6:59779/149‑1 (MQ=255) aCCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGc > 2:116649/1‑147 (MQ=255) cGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAg < 6:155369/115‑1 (MQ=255) cGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAg > 5:155369/1‑115 (MQ=255) cGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGt > 4:127708/1‑149 (MQ=255) aGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTg > 6:54943/1‑149 (MQ=255) tCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCCCGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTc > 2:167808/1‑149 (MQ=255) tCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTc > 2:276087/1‑149 (MQ=255) cgcagtgggCCTTCTTGCTATGACGCTTAAGGACGTGATTGGACTGCGCCAGTTGACGCCACCATGCCGGGATTGCTGCTTGAAGCTCGACAGCCTGGTTCCAGCCCAGGTATCGATCCTGTATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTc < 4:192997/142‑1 (MQ=255) aGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGaccac < 4:150170/149‑1 (MQ=255) ggCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGaccac > 5:144573/1‑147 (MQ=255) gCCAGCACGCTTCAGCTCGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGGAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATgg < 5:246090/148‑1 (MQ=255) aGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTgg < 3:11688/149‑1 (MQ=255) ggcacagatcccggtgcgttacctgggctggcaCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCa > 5:244062‑M1/34‑80 (MQ=255) ggcacagatcccggtgcgttacctgggctggcaCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCa < 6:244062‑M1/47‑1 (MQ=255) cACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTgccgc < 1:276087/149‑1 (MQ=255) aCGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTTCCAGCCCAGGTAACGCAc < 6:287491/86‑1 (MQ=255) agatcccggtgcgttacctgggctggcaccaggctggcgagctgcaagccgccatcccggcctggTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTgccgcc > 4:278968‑M2/66‑148 (MQ=255) gTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCt < 5:305317/113‑1 (MQ=255) gTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCt > 6:305317/1‑113 (MQ=255) cTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCAGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAgc > 3:41631/1‑149 (MQ=255) ggACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAgcgcg > 4:157089/1‑149 (MQ=255) tgggctggcaccaggctggcgagctgcaagccgccatcccggcctggTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGcc > 5:244062‑M2/48‑80 (MQ=255) tgggctggcaccaggctggcgagctgcaagccgccatcccggcctggTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGcc < 6:244062‑M2/33‑1 (MQ=255) gTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTggg < 5:54943/149‑1 (MQ=255) gTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTggg > 6:166652/1‑149 (MQ=255) ggctggcaccaggctggcgagctgcaagccgccatcccggcctggTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGc < 3:278968‑M2/104‑1 (MQ=255) gCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGCGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGc > 5:81501/1‑145 (MQ=255) gCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGCGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGc < 6:81501/145‑1 (MQ=255) CAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCtt > 2:210871‑M1/1‑149 (MQ=255) GGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCTTgg > 1:167808‑M1/1‑149 (MQ=255) aTGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCTTGGCATCGAt < 3:157089/149‑1 (MQ=255) aTGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCTTGGCATCGAt < 7:9757/149‑1 (MQ=255) cAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCTTGGCATCGATAGCTTGCCaa < 2:169310/148‑1 (MQ=255) cAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCTTGGCATCGATAGCTTGCCAAc > 7:48134/1‑149 (MQ=255) aGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCTTGGCATCGATAGCTTGCCAAcc < 8:48134/149‑1 (MQ=255) cTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCTTGGCATCGATAGCTTGCCAACcgc > 1:189837/1‑149 (MQ=255) gCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAg > 2:104060/1‑54 (MQ=255) gCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAg < 1:104060/54‑1 (MQ=255) gCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCTTGGCATCGATAGCTTGCCAACcgcg < 8:92268/147‑1 (MQ=255) gCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCTTGGCATCGATAGCTTGCCAACCGCGtt > 5:30626/1‑149 (MQ=255) gCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCTTGGCATCGATAGCTTGCCAACCGCGtt > 8:172391/1‑149 (MQ=255) ccAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCTTGGCATCGATAGCTTGCCAACCGCGTTc < 2:189837/149‑1 (MQ=255) gcctggTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGCCCACCAGCGGATCGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCTTGGCATCGATAGCTTGCCAACCGCGTTcgcg > 1:147903‑M2/7‑149 (MQ=255) tggTGCCAGCCCAGGTAACTCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCCGCGGATGGGTGGCAAAACTGCCGCCAAAACGCGCCAACGCCTGGGCATAAGCCTTGGCATCGATAGCTTGACAACcgc > 1:247124‑M2/4‑139 (MQ=255) tggTGACATCCCAGGTAACGCACCTGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCTTGGCATCGATAGATTGCCAACcgc < 2:247124‑M2/136‑1 (MQ=255) gTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCTTGGCATCGATAGCTTGCCAACCGCGTTCGCGGaa < 6:71898‑M2/146‑1 (MQ=255) tGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCTTGGCATCGATAGCTTGCCAACCGCGTTCGCGGAAGGc < 7:172391/149‑1 (MQ=255) | CGCAGCGGCATCAGACGCCGCCGGCAGAATGATCTCGGCATTACCGAGGTCGAACAGGGCCTTCTTGCCAGCACGCTTCAGCACGTCCTTGGACAGCGCCAGGTGACGCCCCCAGGCCGGGATGGCGGCTTGCAGCTCGCCAGCCTGGTGCCAGCCCAGGTAACGCACCGGGATCTGTGCCAGGTCCGCCAGTTGCTCGACCACCAGCGGATGGGTGGCAACACTGCCGCCAAAGCGCGCCCACGCCTGGGCATAAGCCTTGGCATCGATAGCTTGCCAACCGCGTTCGCGGAAGGC > NC_002947/5624316‑5624612 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |