| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 594783 = | 58 (1.190) | 5 (0.120) | 4/232 | NT | 9.9% | intergenic (‑22/+105) | PP_0505/PP_0506 | hypothetical protein/ABC transporter permease |
| ? | NC_002947 | 594844 = | 40 (0.920) | intergenic (‑83/+44) | PP_0505/PP_0506 | hypothetical protein/ABC transporter permease | |||||
CTTGGGTTCGGCGGCCCATAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGA > NC_002947/594699‑594979 | cTTGGGTTCGGCGGCCCATAGAGGCATCGCTAACAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGt < 8:203142/147‑1 (MQ=255) gTTCGGCGGCCCATAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCcg‑c > 7:92030/1‑148 (MQ=255) cggcggCCCATAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGaa < 3:261171/148‑1 (MQ=255) ccATAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCgg > 7:107044/1‑149 (MQ=255) ccATAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGG‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CGGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCcggcgg > 2:302783/1‑149 (MQ=255) atACCACCAACACAATGCCCACCACCATTTCAATTCCCGCCCTCTTCGCGGGCA‑GCCCCTCCCCACCCGTAACTCCAAACGCCCCAACGCCTGCGGGGCCCC‑CTGGGGTAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATc < 6:168201/148‑1 (MQ=255) cagcaacagcaaGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTa > 6:64160/1‑149 (MQ=255) gcaacagcaaGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCAACCACAGGT‑ACTGCACAACCTCCAAAGCCAGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTTCCCG‑CGAACCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTAcg > 5:204585/1‑149 (MQ=39) cagcaaGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCa > 5:225951/1‑149 (MQ=255) caaGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACt > 6:153784/1‑148 (MQ=255) aGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACt > 1:261917/1‑146 (MQ=255) ccccccccaTGTGCATTGCCGGCCTCTTCGGGGGCATGCCCGGTCCCAAATGT‑ACTTCAAAAGCCCCAAAGCCTGCGGGGCTCCTCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCagag < 1:91705/142‑1 (MQ=255) cagcagCATGTGCTTTGCCGGCGTCTTCGCGGGAATGCCCGCTCCAACTGGT‑ACTCCACAAGCTCCAACGCCTGGGGGGCTCC‑GTGTGGTAGGGGGCGTGCCGG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGgt < 4:112810/149‑1 (MQ=255) agcagcATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGCAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCaga > 2:128061/1‑145 (MQ=255) agcagcATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGCAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCaga < 1:128061/145‑1 (MQ=255) agcagcATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGtt < 7:150628/124‑1 (MQ=255) agcagcATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGtt > 8:150628/1‑124 (MQ=255) agcaTGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTAt < 6:225951/149‑1 (MQ=255) gcaTGTGCATTGCCGGCTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACCAGCTCCAAAGCCTGCGGGGATCC‑CTGTGGGTGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATg < 5:120256/149‑1 (MQ=255) aTGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGa > 4:133134/1‑149 (MQ=255) tttaTTGCGGGCATTTTCGCTGGCATGCCCGCTCCAACAGGT‑ACTGAACAAGCTCCAAAGCCTGGTGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGTGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACa < 6:55180/145‑1 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCCCAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAgg < 6:134236/142‑1 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAgg > 5:134236/1‑142 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTcagc > 5:4565/1‑149 (MQ=255) ctctTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTcagccag > 6:102535/1‑149 (MQ=255) gcgGGCATCCCCGCCCCCACAGGA‑ACTCCACACCCGCCAACCCCGGCGGGGCCCC‑CTGGGGTAGGGGGGGTCCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGAtt < 4:136526/148‑1 (MQ=255) cgGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGc > 8:287126/1‑149 (MQ=255) ggCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCg > 4:112760/1‑149 (MQ=255) GCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAg < 7:245025‑M1/149‑1 (MQ=255) cgctcccacagggagccccgcaggctttggagcttgtgcagtacctgtgggagcgggcGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGccc > 2:220909‑M2/59‑149 (MQ=255) cgctcccacagggagccccgcaggctttggagcttgtgcagtacctgtgggagcgggcATGCCCGAGGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGGACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGcc > 1:245741‑M2/59‑149 (MQ=255) ACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGc < 7:204781‑M1/149‑1 (MQ=255) acagggagccccgcaggctttggagcttgtgcagtacctgtgggagcgggcGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCg < 6:25697‑M2/83‑1 (MQ=255) acagggagccccgcaggctttggagcttgtgcagtacctgtgggagcgggcGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCg > 5:25697‑M2/52‑134 (MQ=255) AGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCagag > 6:27195‑M1/1‑99 (MQ=255) AGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCagag < 5:27195‑M1/99‑1 (MQ=255) agggagccccgcaggctttggagcttgtgcagtacctgtgggagcgggcATGCCCG‑CGAAG‑AGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCgg > 5:77288‑M2/50‑149 (MQ=255) t‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCAtt > 6:48401/1‑82 (MQ=255) acaAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGc < 6:247380/149‑1 (MQ=255) caAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGcc < 5:102535/149‑1 (MQ=255) cTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTAt > 3:152401/1‑91 (MQ=255) cTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTAt < 4:152401/91‑1 (MQ=255) cTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATc < 3:112760/149‑1 (MQ=255) tCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCAt > 8:110476/1‑147 (MQ=255) ccAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAg > 5:81202/1‑149 (MQ=255) cAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAg > 3:132036/1‑148 (MQ=255) gCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGcc < 7:187859/127‑1 (MQ=255) gCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGcc > 8:187859/1‑127 (MQ=255) gCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAAcg < 5:64160/149‑1 (MQ=255) cGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCgg < 7:287126/147‑1 (MQ=255) gCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCACCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCa < 3:133134/149‑1 (MQ=255) tCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAg > 4:78994/1‑148 (MQ=255) cctgtgggagcgggcGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGga < 8:204781‑M2/133‑1 (MQ=255) tgggagcgggcGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGgatga > 4:233384‑M2/12‑147 (MQ=255) tgggagcgggcGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGgatga > 1:292323‑M2/12‑147 (MQ=255) gagcgggcGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCg > 5:140516‑M2/9‑108 (MQ=255) gagcgggcGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCg < 6:140516‑M2/100‑1 (MQ=255) gagcgggcGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCg < 2:212492‑M2/100‑1 (MQ=255) gagcgggcGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCg > 1:212492‑M2/9‑108 (MQ=255) | CTTGGGTTCGGCGGCCCATAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCG‑CGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGA > NC_002947/594699‑594979 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |