New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 833024 | 49 (1.000) | 3 (0.060) | 3/250 | NT | 6.0% | coding (787/1098 nt) | PP_0716 | HlyD family secretion protein |
? | NC_002947 | = 833048 | 48 (1.030) | coding (811/1098 nt) | PP_0716 | HlyD family secretion protein |
GTTGGCCACTATGTCGGGGCAGGTAGCCCGATGATGACCCTGATCAGTATCCATGACGTGTGGATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTGGCTGCGTTCGGCGCAGCGCTTTCCGGTGATTATCGAACTGGAGCG > NC_002947/832904‑833196 | gTTGGCCACTATGTCGGGGCAGGTAGCCCGATGATGACCCTGATCAGTATCCATGACGTGTGGATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGgcac > 3:75208‑M2/1‑145 (MQ=255) ccACTATGTCGGGGCAGGTAGCCCGATGATGACCCTGATCAGTATCCATGACGTGTGGATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCgtgt < 1:52007/149‑1 (MQ=255) cACTATGTCGGGGCAGGTAGCCCGATGATGACCCTGATCAGTATCCATGACGTGTGGATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGtt < 5:145686/149‑1 (MQ=255) cTATCTCGGGGCAGGTAGCCCTATTATGACCCTTATCAGTATCCATTACTTGTTTATAAGTGCCGACATGACCTAGAACAACCTCGGTCGCTTTCGCCCTGAAACACCGGTTCTGGTGGTGCTCGATTCTCTACCGGGCACCTTGTTGa < 1:55537/149‑1 (MQ=255) tATGTCGGGGCAGGTAGCCCGATGATGACCCTGATCAGTATCCATGACGTGTGGATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGa > 3:298650/1‑148 (MQ=255) ggggCATGTAGCCCGATGATGACCCTGATCAGTATCCATGACGTTTGGATAAGTGCCGACATTACAGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCGTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTAACGGTCACCTTGTTGAAAggga < 4:151315/148‑2 (MQ=255) cGATGATGACCCTGATCAGTATCCATGACGTGTGGATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACATCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGAGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGAAGAAtt > 4:293381/1‑149 (MQ=255) atgatgACCCTGATCAGTATCCATGACGTGTGGATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTgg < 5:193801/149‑1 (MQ=255) atgatgACCCTGATCAGTATCCATGACGTGTGGATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTgg < 2:63663/149‑1 (MQ=255) tgatgaCCCTGATCAGTATCCATGACGTGTGGATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGc < 5:100731/149‑1 (MQ=255) tgaCCCTGATCAGTATCCATGACGTGTGGATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTAt < 7:167713/149‑1 (MQ=255) tATCCATGACGTGTGGATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTgg < 6:197448/149‑1 (MQ=255) tATCCATGACGTGTGGATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAAACTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTTCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTgg < 3:293381/149‑1 (MQ=255) tGACGTGTGGATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCa > 1:215126/1‑147 (MQ=255) gACGTGTGGATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCagag > 8:262253/1‑149 (MQ=255) cGTGTGGATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCa < 5:73001/149‑1 (MQ=255) gtgtGGATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCAc > 8:259846/1‑149 (MQ=255) gATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGc > 1:260202/1‑101 (MQ=255) gATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGc < 2:260202/101‑1 (MQ=255) gTGCGGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGTTGCGCTACCTGGCAGCGTGTTGAAAGGGCGTATACGGAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCggg < 7:71719/148‑1 (MQ=255) gTGCCGACATGACCGACAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGAGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCCAGCCGCCggg > 8:71719/1‑148 (MQ=255) ccGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACg > 3:165390/1‑149 (MQ=255) cGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGc > 5:270632/1‑149 (MQ=255) cATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGc < 4:6204/149‑1 (MQ=255) cATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGc < 2:215126/149‑1 (MQ=255) aCCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGAc > 4:115978/1‑149 (MQ=255) cGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCa < 7:154255/120‑1 (MQ=255) cGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCa > 8:154255/1‑120 (MQ=255) gagaACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGt > 4:18754/1‑149 (MQ=255) gaACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTCCGCTGCCGACCGTg > 8:47963/1‑148 (MQ=255) aacCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGaa > 6:138431/1‑149 (MQ=255) ttcTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAAt < 3:243686/147‑1 (MQ=255) cTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAg < 3:18754/149‑1 (MQ=255) cTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAg < 7:259846/149‑1 (MQ=255) cGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGc > 5:209639/1‑148 (MQ=255) cGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGc < 6:209639/148‑1 (MQ=255) ggTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGcc < 4:298650/148‑1 (MQ=255) cTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGt > 8:235956/1‑149 (MQ=255) ttGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTg > 4:230858/1‑149 (MQ=255) ttGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGATACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTg > 6:89708/1‑149 (MQ=255) aCCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTGGCTGCGTTCGgc > 4:263111/1‑149 (MQ=255) cccGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGgcaccggggtttcagggcgcaagcgaccgaggttgttctcggtcatgtcggcacttatccacacgtcatggatactgatcagggtcatcatcgggctacctgccccgacata < 5:31844‑M2/144‑113 (MQ=255) cccGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGgcaccggggtttcagggcgcaagcgaccgaggttgttctcggtcatgtcggcacttatccacacgtcatggatactgatcagggtcatcatcgggctacctgccccgacata > 6:31844‑M2/1‑32 (MQ=255) ccGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGgcaccggggtttcagggcgcaagcgaccgaggttgttctcggtcatgtcggcacttatccacacgtcatggatactgatcagggtcatcatcgggctacctgccccgacatagtggc < 4:234218‑M2/148‑118 (MQ=255) ccGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTGGCTGCGTTCgg < 6:26011/145‑1 (MQ=255) ccGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTGGCTGCGTTCgg > 5:26011/1‑145 (MQ=255) ccGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTGGCTGCGTTCGGCGCa < 5:138431/149‑1 (MQ=255) ccGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGATACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTGGCTGCGTTCGGCGCa < 5:89708/149‑1 (MQ=255) cTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTg < 6:98393/128‑1 (MQ=255) cTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTg > 5:98393/1‑128 (MQ=255) tggtggTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTGGCTGCGTTCGGCGCAGCGCttt > 7:270136/1‑149 (MQ=255) ggtggtGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGGGCAGAATAGCCGCGAGTGGCTGCGTTCGGCGCAGCGCTTTc > 5:262537/1‑149 (MQ=255) cgcTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTGGCTGCGTTCGGCGCAGCGCTTTCCGGTGATTATCGaa < 6:270632/149‑1 (MQ=255) cTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTGGCTGCGTTCGGCGCAGCGCTTTCCGGTGATTATCGAACt > 2:235854/1‑149 (MQ=255) ccGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTGGCTGCGTTCGGCGCAGCGCTTTCCGGTGATTATCGAACTgg < 3:263111/148‑1 (MQ=255) ccGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTGGCTGCGTTCGGCGCAGCGCTTTCCGGTGATTATCGAACTg < 3:115978/147‑1 (MQ=255) gggCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTGGCTGCGTTCGGCGCAGCGCTTTCCGGTGATTATCGAACTGGAgc < 1:120634/149‑1 (MQ=255) ggCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTGGCTGCGTTCGGCGCAGCGCTTTCCGGTGATTATCGAACTGGAgcg < 4:165390/149‑1 (MQ=255) | GTTGGCCACTATGTCGGGGCAGGTAGCCCGATGATGACCCTGATCAGTATCCATGACGTGTGGATAAGTGCCGACATGACCGAGAACAACCTCGGTCGCTTGCGCCCTGAAACCCCGGTGCTGGTGGTGCTCGATGCGCTACCGGGCACCGTGTTGAAAGGGCGTATACGCAGCATTGGCTATGGCGTGAGCGTGGGGCAGAGCACGCCGCCGGGTACGCTGCCGACCGTGCAGAATAGCCGCGAGTGGCTGCGTTCGGCGCAGCGCTTTCCGGTGATTATCGAACTGGAGCG > NC_002947/832904‑833196 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |