New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2295836 = | 36 (0.740) | 5 (0.110) | 4/246 | NT | 11.9% | intergenic (+82/+51) | PP_5496/PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
? | NC_002947 | 4282152 = | 40 (0.870) | coding (1078/1089 nt) | PP_3753 | AraC family transcriptional regulator |
CCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGG > NC_002947/4282009‑4282292 | ccaTCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCgg < 7:289076/149‑1 (MQ=255) caTCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGc < 8:192136/149‑1 (MQ=255) tcgccgaggcggcttatccgcgtgtgcggagctggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatctggcttgtgtgaggtccttgtgggagcgggcatgcccgcgaaCACCGGCAGAGc > 5:188340‑M2/138‑149 (MQ=255) aTGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGTGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGc > 2:24567/1‑149 (MQ=255) aTGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCATTTCGGGTGGCCTGTGCTTGCATATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTATGGGCGGTCCCTGTAGTAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAgcgc > 6:224512/1‑149 (MQ=255) ccTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCgg > 3:65540/1‑149 (MQ=255) gAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTg < 3:205276/147‑1 (MQ=255) aCCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAt < 5:221634/149‑1 (MQ=255) aCCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAt > 7:45520/1‑149 (MQ=255) gTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGGGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCAc < 1:78020/149‑1 (MQ=255) ggCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGAGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACcgcg > 6:213503/1‑149 (MQ=255) gtgtgcggagctggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgggtccgtgtgggagcgggcatgcccgcgaaCACCGGCAGAGCCGGTGGCGTGCACCGcggtgc > 7:55532‑M2/117‑148 (MQ=255) ggCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGtt < 4:65540/149‑1 (MQ=255) cTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTttc > 1:203012/1‑149 (MQ=255) cATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGtt > 7:133251/1‑141 (MQ=255) cATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGtt < 8:133251/141‑1 (MQ=255) tggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgggtccgtgtgggagcgggcatgcccgcgaaCACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCgg < 2:145453‑M2/44‑1 (MQ=255) tGCCGGCCTGATCGTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGAGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGTCAt < 4:276956/149‑1 (MQ=255) ccTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGc > 4:150108/1‑149 (MQ=255) aTCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTcc > 1:298659/1‑148 (MQ=255) cGGGTGGCCGGTGCTGGCCTATGCGCGGGCAAGCCGGGTCCTAGAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGt < 5:84253/148‑1 (MQ=25) gggTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTa < 2:203012/148‑1 (MQ=255) gTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGaa > 7:288348/1‑149 (MQ=255) gCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGc < 8:187488/124‑1 (MQ=255) gCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGc > 7:187488/1‑124 (MQ=255) ccTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCggg > 5:87286/1‑122 (MQ=255) ccTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCggg < 6:87286/122‑1 (MQ=255) tgCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGcc < 2:298659/149‑1 (MQ=255) cTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACACGTAGAACGCAGGCCGACCAGc > 7:186651/1‑149 (MQ=255) cgGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGccc < 8:45520/149‑1 (MQ=255) gCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCgg > 8:234695/1‑148 (MQ=255) aaGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAg > 5:75360/1‑149 (MQ=255) cccGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTc > 7:117977/1‑149 (MQ=255) atcgggctgcacatgggtccgtgtgggagcgggcatgcccgcgaaCACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCgg < 6:92456‑M2/44‑1 (MQ=255) atcgggctgcacatgggtccgtgtgggagcgggcatgcccgcgaaCACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCgg > 5:92456‑M2/46‑89 (MQ=255) cTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTggg < 8:288348/148‑1 (MQ=255) cTACAATTCTGGGCGTCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGCCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTATCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCCCGCCCGGTAGCACCCtcgcc > 6:48155/1‑145 (MQ=25) aCAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGctc > 2:66559/1‑149 (MQ=255) aaTTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTg > 3:240743/1‑149 (MQ=255) ttCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCt > 6:230018/1‑139 (MQ=255) ttCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCt < 5:230018/139‑1 (MQ=255) ggCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTc < 8:117977/149‑1 (MQ=255) cGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCa < 8:186651/149‑1 (MQ=255) cTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCActtctt < 1:24567/149‑1 (MQ=255) ggAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCGCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAAc < 5:213503/148‑1 (MQ=255) gTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCTGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTg < 1:122133/149‑1 (MQ=255) gTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCActtctt < 5:307907/137‑1 (MQ=255) gTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCActtctt > 6:307907/1‑137 (MQ=255) aCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGaa < 6:75360/148‑1 (MQ=255) ccgcgaaCACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAgg > 4:213993‑M2/8‑148 (MQ=255) gcgaaCACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGc > 5:259783‑M2/6‑80 (MQ=255) gcgaaCACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGc < 6:259783‑M2/75‑1 (MQ=255) | CCATCAATGCCTGGAACCGGTTCGGCGTCGGCTTTGCCATGGTGCCGGCCTGATCCTTTCGGGTGGCCTGTGCTGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGG > NC_002947/4282009‑4282292 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |