New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4095364 | 51 (1.040) | 3 (0.060) | 3/248 | NT | 6.0% | coding (120/765 nt) | PP_3603 | GntR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 4095423 | 45 (0.970) | coding (61/765 nt) | PP_3603 | GntR family transcriptional regulator |
CAACCGCGAGATCGCCTCACGCACCACCGTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTGCCCATCTTTGCAGTCCCT > NC_002947/4095277‑4095570 | cAACCGCGAGATCGCCTCACGCACCACCGTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTgc < 5:55779‑M2/149‑3 (MQ=255) cAACCGCGAGATCGCCTCACGCACCACCGTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTgc < 7:214554‑M2/149‑3 (MQ=255) aTCGCCTCACGCACCACCGTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTgcg > 5:117506/1‑149 (MQ=255) gCCTCACGCACCACCGTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGcc < 6:117506/148‑1 (MQ=255) ccTCACGCCCCCCCGTGCGTCTGCCGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCgg < 8:64464/149‑1 (MQ=255) ccTCACGCACCACCGTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCgg < 1:149277/149‑1 (MQ=255) ccTCACGCACCACCGTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCgg > 2:1712/1‑149 (MQ=255) gCACCACCGTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCtt < 8:41886/149‑1 (MQ=255) aCTTACTCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTGTGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GAGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCTGACTGCGCGGCTTGCGCGGGGTCCTTGCCTGTACctgct < 8:214554/149‑1 (MQ=255) aCTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACctgct < 6:55779/149‑1 (MQ=255) cTGACGCCCTCTTCAGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACctgctg > 8:214057/1‑149 (MQ=255) aCGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGctc > 6:261841/1‑149 (MQ=255) gCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTAGGCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGctc > 1:246306/1‑149 (MQ=255) ccTCTTCAGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTc < 7:214057/149‑1 (MQ=255) tctTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCAt > 2:272687/1‑149 (MQ=255) cGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCAtt < 1:272687/146‑1 (MQ=255) ggCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGccc > 1:16302/1‑149 (MQ=255) ggCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGccc < 2:137825/149‑1 (MQ=255) ggCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGcc < 4:188112/148‑1 (MQ=255) gCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCt < 1:1712/149‑1 (MQ=255) gCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTAGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCt > 2:249171/1‑149 (MQ=255) cATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTg > 1:14775/1‑148 (MQ=255) tCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTgcgc < 8:137880‑M2/95‑5 (MQ=255) tCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTgcgc > 7:137880‑M2/1‑91 (MQ=255) tCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCATGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTc > 5:282843/1‑149 (MQ=255) cggtcggCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTGCTGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGAGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTg < 5:285295/123‑1 (MQ=255) ggCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAg > 4:147920/1‑149 (MQ=255) gccgcGCTTTAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTc < 7:174416/124‑1 (MQ=255) gccgcGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTc > 8:174416/1‑124 (MQ=255) gccgcGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATa < 2:14775/149‑1 (MQ=255) ccgcGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTgcgcggcgacaagctgccgaccgaatcgcagatcatggccgaagagggcgtca > 6:253293‑M2/1‑65 (MQ=255) ccgcGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTgcgcggcgacaagctgccgaccgaatcgcagatcatggccgaagagggcgtca < 5:253293‑M2/118‑54 (MQ=255) ccgcGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAg > 3:276172/1‑149 (MQ=255) cgcgCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTgcgcggcgacaagctgccgaccgaatcgcagatcatggccgaagagggcgtcagtcgcacggtggtgcgtgaggcgatctcgcgg < 1:305675‑M2/149‑86 (MQ=255) gAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAg < 4:276172/147‑1 (MQ=255) gCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTa < 2:246306/149‑1 (MQ=255) cGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTAc > 5:86472/1‑148 (MQ=255) cGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATc < 3:147920/147‑1 (MQ=255) cGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGGACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTAGTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATca > 8:257529/1‑148 (MQ=255) tCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGc < 1:14804/149‑1 (MQ=255) aGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTg < 3:21823/125‑1 (MQ=255) aGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTg > 4:21823/1‑125 (MQ=255) aCCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGtat < 7:144137/149‑1 (MQ=255) aCCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTg < 7:12143/149‑1 (MQ=255) aCCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTg < 2:178613/149‑1 (MQ=255) cAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTGcc > 7:281450/1‑149 (MQ=255) ggCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGTCAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTGCCCATCttt < 1:249171/147‑1 (MQ=255) ggCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTGCCCATCTTTg < 8:281450/148‑1 (MQ=255) ggCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTGCCCATCTTTg < 2:16302/148‑1 (MQ=255) ggCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCCGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTGCCCATCTTTg < 5:261841/148‑1 (MQ=255) ccAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTGCCCATCTTTg > 8:145769/1‑146 (MQ=255) ccAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTGCCCATCTTTg < 7:145769/146‑1 (MQ=255) ccAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTGCCCATCTTTGCAg > 1:196334/1‑149 (MQ=255) cTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTGCCCATCTTTGCAGTCCCt < 2:196334/149‑1 (MQ=255) | CAACCGCGAGATCGCCTCACGCACCACCGTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCT‑‑GCGAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTGCCCATCTTTGCAGTCCCT > NC_002947/4095277‑4095570 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |