New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5471251 | 50 (1.020) | 4 (0.090) | 3/248 | NT | 7.5% | coding (654/1890 nt) | mrdA‑II | transpeptidase |
? | NC_002947 | = 5471303 | 51 (1.100) | coding (602/1890 nt) | mrdA‑II | transpeptidase |
GCTCAGCACAATGTCCTTGCCCGGCTTCGGATCGGTGCGCTTGAGCACCCGCAACACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGCGGGTAATGCCGCACCAGCTGTGCCACCACCTCGACACCCGGCAGGC > NC_002947/5471155‑5471447 | gCTCAGCACAATGTCCTTGCCCGGCTTCGGATCGGTGCGCTTGAGCACCCGCAACACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGatat < 5:96172/149‑1 (MQ=255) aGCACAATGTCCTTGCCCGGCTTCGGATCGGTGCGCTTGAGCACCCGCAACACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATggtg < 1:186486‑M2/149‑5 (MQ=255) cacaATGTCCTTGCCCGGCTTCGGATCGGTGCGCTTGAGCACCCGCAACACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATggtggg < 8:52254‑M2/149‑7 (MQ=255) cTTGCCCGGCTTCGGATCGGTGCGCTTGAGCACCCGCAACACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTg < 2:186486/148‑1 (MQ=255) ttGCCCGGCTTCGGATCGGTGCGCTTGAGCACCCGCAACACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTg > 2:270489/1‑147 (MQ=255) gCCCGGCTTCGGATCGGTGCGCTTGAGCACCCGCAACACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTa < 8:93953/147‑1 (MQ=255) cGGATCGGTGCGCTTGAGCACCCGCAACACCCGGCCACGTGCGTTGGTCTCTACTTCGTGGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGTTACCGCTGTAGTTCACCgg < 3:292299/147‑1 (MQ=38) ggATCGGTGCGCTTGAGCACCCGCAACACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGt < 1:270489/148‑1 (MQ=255) ggTGCGCTTGAGCACCCGCAACACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGc < 3:129150/148‑1 (MQ=255) tGCGCTTGAGCACCCGCAACACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGtt > 4:170763/1‑149 (MQ=255) ttGAGCACCCGCAACACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAg > 7:216095/1‑149 (MQ=255) aCCCGCAACACCCGGCAACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCAGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTATCAGCTAttt > 6:9483/1‑149 (MQ=255) cccGCAACACCCGGCCACGGTCGTTGTTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGATCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTtc < 5:9483/149‑1 (MQ=255) cGCAACACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGt < 6:28059/134‑1 (MQ=255) cGCAACACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGt > 5:28059/1‑134 (MQ=255) cGCAACACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTtctc < 7:52254/149‑1 (MQ=255) cAACACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAg < 3:224969/138‑1 (MQ=255) cAACACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGt < 3:170763/149‑1 (MQ=255) atcacCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGtt < 8:37772/147‑1 (MQ=255) aaCACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGtt < 8:216095/149‑1 (MQ=255) acCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGAt > 3:143630/1‑149 (MQ=255) ccGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATcc > 6:189809/1‑149 (MQ=255) ccACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCa > 6:12913/1‑127 (MQ=255) ccACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCa < 5:12913/127‑1 (MQ=255) cACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGCAGGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTAACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGccc > 1:226136/1‑149 (MQ=255) aCGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGtttt < 1:201434/123‑1 (MQ=255) aCGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGtttt > 2:201434/1‑123 (MQ=255) aCGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGt > 7:157904/1‑137 (MQ=255) aCGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGt < 8:157904/137‑1 (MQ=255) ttGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAAcc > 4:168751/1‑149 (MQ=255) gACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAAt < 4:143630/149‑1 (MQ=255) gACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCAGGTCGAGCGTTTTc > 5:21085/1‑109 (MQ=255) gACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCAGGTCGAGCGTTTTc < 6:21085/109‑1 (MQ=255) aCTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATg < 3:168751/149‑1 (MQ=255) ttCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATggg > 5:122972/1‑149 (MQ=255) cTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTg < 8:58496/118‑1 (MQ=255) tCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGa > 1:65648/1‑148 (MQ=255) cGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATggtgggttacgaggaagtcgagaccaacgcccgtggccgggtgttgcgggtgctcaagcgcaccgatccgaagccgggcaaggaca < 7:278417‑M2/149‑87 (MQ=255) gTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAAt > 3:197563/1‑149 (MQ=255) cccACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATggtgggttacgaggaagtcgagaccaacgcccgtggccgggtgttgcgggtgctcaagcgcaccgatccgaagccgggcaaggacattgtg < 3:29773‑M2/149‑92 (MQ=255) cACCAGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCAc > 2:3192/1‑149 (MQ=255) cGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGCggg > 5:112043/1‑149 (MQ=255) gTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGc > 1:71009/1‑145 (MQ=255) gTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGc < 2:71009/145‑1 (MQ=255) tGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGCGGGTa < 6:112043/149‑1 (MQ=255) gggC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGCGGGTAATGc < 5:189809/149‑1 (MQ=255) ggc‑ggcCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGCGGGTAATGcc > 4:102834/1‑149 (MQ=255) c‑ggcCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTATTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGCGGGTAATGCCGc < 4:197563/149‑1 (MQ=255) tCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGAGGGTAATGCCGCATCAg > 2:241267/1‑149 (MQ=255) gTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATggtgggttacgaggaagtcgagaccaacgcccgtggccgggtgttgcgggtgctcaagcgcaccgatccgaagccgggcaaggacattgtgctgagcctggacatcaagctgcag > 8:278417‑M2/1‑32 (MQ=255) gTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATggtgggttacgaggaagtcgagaccaacgcccgtggccgggtgttgcgggtgctcaagcgcaccgatccgaagccgggcaaggacattgtgctgagcctggacatcaagctgcag > 4:29773‑M2/1‑32 (MQ=255) gTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGCGGGTAATGCCGCACCAGCt < 3:102834/149‑1 (MQ=255) aGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGCGGGTAATGCCGCACCAGCtgt > 5:186116/1‑149 (MQ=255) gAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGCGGGTAATGCCGCACCAGCtgt < 6:19982/148‑1 (MQ=255) cGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGCGGGTAATGCCGCACCAGCTGTGCCaccacc < 6:122972/149‑1 (MQ=255) gATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGCGGGTAATGCCGCACCAGCTGTGCCACCACCt > 8:287579/1‑149 (MQ=255) aTGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGCGGGTAATGCCGCACCAGCTGTGCCACCACCTc < 1:3192/149‑1 (MQ=255) cGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGCGGGTAATGCCGCACCAGCTGTGCCCCCACCTCGaca > 5:53308/1‑149 (MQ=255) gATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGCGGGTAATGCCGCACCAGCTGTGCCACCACCTCGACACCCGGCAGGc > 2:299662/1‑149 (MQ=255) gATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGCGGGTAATGCCGCACCAGCTGTGCCACCACCTCGACACCCGGCAGGc < 2:226136/149‑1 (MQ=255) | GCTCAGCACAATGTCCTTGCCCGGCTTCGGATCGGTGCGCTTGAGCACCCGCAACACCCGGCCACGGGCGTTGGTCTCGACTTCCTCGTAACCCACCTGACCGTGCAGGGC‑GGCCTCGTAGAAGCGCTCGATGCCGGTCTTGCCGATATGGTGGGTACCGCTGTAGTTCACCGGGTCGAGCGTTTTCAGCTCTTTCTCGTTGATCCGCCCGACATAACCCACCGAATGGGCGAAATGCGCACCCTGCGGGTAATGCCGCACCAGCTGTGCCACCACCTCGACACCCGGCAGGC > NC_002947/5471155‑5471447 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |