New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5555208 | 62 (1.270) | 4 (0.090) | 4/244 | NT | 6.1% | coding (317/459 nt) | PP_4887 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 5555253 | 65 (1.430) | coding (272/459 nt) | PP_4887 | hypothetical protein |
CATGCCGACCGGCAGCATGTACAACCGGCCAAAAGTATTGAGGCACAGCACCGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCGGCGACATTGAAACGGCGTGAGATAAAGTCGCGAATGCGGAAGGCCCGGGCCAGCCAGCCGGG > NC_002947/5555108‑5555401 | cATGCCGACCGGCAGCATGTACAACCGGCCAAAAGTATTGAGGCACAGCACCGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCtga < 2:88406‑M2/149‑4 (MQ=255) aTGCCGACCGGCAGCATGTACAACCGGCCAAAAGTATTGAGGCACAGCACCGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCtgat > 3:101424‑M2/1‑145 (MQ=255) aTGCCGACCGGCAGCATGTACAACCGGCCAAAAGTATTGAGGCACAGCACCGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCtgat > 2:232754‑M2/1‑145 (MQ=255) tGCCGACCGGCAGCATGTACAACCGGCCAAAAGTATTGAGGCACAGCACCGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCtgatg > 5:177741‑M2/1‑144 (MQ=255) ccGACCTGCAGCAGGTACAACCGGCCAAAAGTATTGAGGCACAGCACCGATGTGGTAACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCATACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGGCGCTCGAAGTCAGCGACCAGCAGCTGGT‑GCTGacttc < 4:237436/149‑5 (MQ=255) cGACCGGCAGCATGTACAACCGGCCAAAAGTATTGAGGCACAGCACCGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCtgatggtc > 5:310381‑M2/1‑141 (MQ=255) aCCGGCAGCATGTACAACCGGCCAAAAGTATTGAGGCACAGCACCGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGtctc < 5:48214/149‑1 (MQ=255) caTGTACAACCGGCCAAAAGTATTGAGGCACAGCACCGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑ga < 5:121138/149‑1 (MQ=255) aTGTACAACCGGCCAAAAGTATTGAGGCACAGCACCGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑gaa < 4:5813/149‑1 (MQ=255) aTGTACAAACGGCCAAAAGTATTGAGGCACAGCACGGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑ga < 5:289406/148‑1 (MQ=255) tACAACCGGCCAAAAGTATTGAGGCACAGCACCGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGGAGACGATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑gaagaa < 6:308042/149‑1 (MQ=255) cAACCGGCCAAAACTATTGACGCACAGCACCGATGTTGTGAAGCTTAATCTTTTCCCGTACACATCCATGCACACCATCAACGCCTTAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑gaagaa < 1:88406/148‑1 (MQ=255) aaCCGGCCAAAAGTATTGAGGCACAGCACCGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTc > 7:176367/1‑149 (MQ=255) ccGGCCAAAAGTATTGAGGCACAGCACCGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTc > 3:72565/1‑147 (MQ=255) aaaaGTATTGAGGCACAGCACCGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCt > 2:95999/1‑149 (MQ=255) gAGGCACAGCACCGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAg > 7:260223/1‑135 (MQ=255) gAGGCACAGCACCGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAg < 8:260223/135‑1 (MQ=255) gCACAGCACCGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTg < 7:12368/149‑1 (MQ=255) 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aTGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCAtt < 6:47653/149‑1 (MQ=255) aTGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCAtt < 7:92827/149‑1 (MQ=255) tgGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCtgatg < 6:295896‑M2/95‑6 (MQ=255) tgGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCtgatg > 5:295896‑M2/1‑90 (MQ=255) tCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATcg > 3:281356/1‑149 (MQ=255) gCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCAtt < 7:82099/139‑1 (MQ=255) ttAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCAtt < 5:49358/137‑1 (MQ=255) ttAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCAtt > 6:49358/1‑137 (MQ=255) ttAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATcgccgc > 2:235008/1‑147 (MQ=255) ttAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATcgccgc > 3:83937/1‑147 (MQ=255) ttAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATcgccgc > 4:189731/1‑147 (MQ=255) aGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGt > 7:90269/1‑148 (MQ=255) cTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGaa < 7:88231/149‑1 (MQ=255) tttGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAg > 4:31278/1‑149 (MQ=255) ccGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTg > 7:62423/1‑149 (MQ=255) ccGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTg < 4:72565/149‑1 (MQ=255) cGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTgg < 6:177237/149‑1 (MQ=255) acacATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACAt < 1:52249/117‑1 (MQ=255) acacATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACAt > 2:52249/1‑117 (MQ=255) acacATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGa > 2:1225/1‑125 (MQ=255) acacATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGa < 1:1225/125‑1 (MQ=255) aTCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCgg > 5:49809/1‑149 (MQ=255) 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cGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCGGCGACATTGAAACGGCGTGAGATAAAGt < 2:33994/149‑1 (MQ=255) gtgtCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCGGCGACATTGAAACGGCGTGAGATAAAGTc > 1:46019/1‑149 (MQ=255) tCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCGGCGACATTGAAACGGCGTGAGATAAAGTcgc < 8:19008/148‑1 (MQ=255) gcgcgAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCtgatggtctgcacggatgtgtacgggcaaagcttaagcgtgaccacatcggtgctgtgcctcaatacttttggccggttgtacatgctgccggtcggcatggtgcatggcctgatcgtaa > 3:281‑M2/1‑29 (MQ=255) gcgcgAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCGGCGACATTGAAACGGCGTGAGATAAAGTCGCGaa > 3:202521/1‑149 (MQ=255) 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gC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCGGCGACATTGAAACGGCGTGAGATAAAGTCGCGAATGCGGAAGGcc > 5:142963/1‑149 (MQ=255) c‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCGGCGACATTGAAACGGCGTGAGATAAAGTCGCGAATGCGGACGTccc > 4:25235/1‑149 (MQ=255) c‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCGGCGACATTGAAACGGCGTGAGATAAAGTCGCGAATGCGGAAGGccc < 6:114943/149‑1 (MQ=255) aCCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCGGCGACATTGAAACGGCGTGAGATAAAGTCGCGAATGCGGAAGGCCCg > 1:5100/1‑149 (MQ=255) ccAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCGGCGACATTGAAACGGCGTGAGATAAAGTCGCGAATGCGGAAGGCCCgg > 7:226136/1‑149 (MQ=255) ccAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCGGCGACATTGAAACGGCGTGAGATAAAGTCGCGAATGCGGAAGGCCCgg < 6:142963/149‑1 (MQ=255) ctgctgGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCGGCGACATTGAAACGGCGTGAGATAAAGTCGCGAATGCGGAAGGCCCGGgcca < 1:189317/149‑1 (MQ=255) ctgctgGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCGGCGACATTGAAACGGCGTGAGATAAAGTCGCGAATGCGGAAGGCCCGGgcca < 4:83937/149‑1 (MQ=255) tCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCGGCGACATTGAAACGGCGTGAGATAAAGTCGCGAATGCGGAAGGCCCGGGCCagccagcc < 2:49715/149‑1 (MQ=255) gCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCGGCGACATTGAAACGGCGTGAGATAAAGTCGCGAATGCGGAATGCCCGGGCCAGCCAGCCgg < 2:46019/149‑1 (MQ=255) cTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCGGCGACATTGAAACGGCGTGAGATAAAGTCGCGAATGCGGAAGGCCCGGGCCAGCCAGCCggg > 4:228476/1‑149 (MQ=255) | CATGCCGACCGGCAGCATGTACAACCGGCCAAAAGTATTGAGGCACAGCACCGATGTGGTCACGCTTAAGCTTTGCCCGTACACATCCATGCAGACCATCACCGCC‑AAGTGCGTGTCGCGCGAAGTCAGC‑ACCAGCTGCTGGTCGCTGATGGTCTCGACAGT‑GAAGAAGTCCAGGCGCTCACCGACGGCTGGCACATGCATTGGATCGCCGCGAGTGAAGCCGTGGATATCGGCGACATTGAAACGGCGTGAGATAAAGTCGCGAATGCGGAAGGCCCGGGCCAGCCAGCCGGG > NC_002947/5555108‑5555401 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |