New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1042220 | 35 (0.620) | 4 (0.070) | 4/246 | NT | 9.0% | coding (30/1311 nt) | colS | integral membrane sensor signal transduction histidine kinase |
? | NC_002947 | = 1042247 | 48 (0.900) | coding (57/1311 nt) | colS | integral membrane sensor signal transduction histidine kinase |
ATAGCGACAGCCTGCGCAGCCATGTGCATCAGCTGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCA > NC_002947/1042074‑1042368 | aTAGCGACAGCCTGCGCAGCCATGTGCATCAGCTGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGca < 1:203586/148‑1 (MQ=255) aTAGCGACAGCCTGCGCAGCCATGTGCATCAGCTGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGca < 5:365231/148‑1 (MQ=255) gCGACAGCCTGCGCAGCCATGTGCATCAGCTGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGcatca < 5:83906/148‑1 (MQ=255) aCAGCCTGCGCAGCCATGTGCATCAGCTGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCgctcat > 6:282842‑M1/1‑141 (MQ=255) gcgcAGCCATGTGCATCAGCTGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCttt > 6:193776/1‑149 (MQ=255) aTGTGCATCAGCTGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCtgat < 8:30184/149‑1 (MQ=255) aTGTGCATCAGCTGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCtgat < 5:193776/149‑1 (MQ=255) cATCAGCTGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCg < 5:243858‑M2/149‑2 (MQ=255) aGCTGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCgctcatcagggcaaaggcgatgatgatgcgct < 6:332266‑M1/149‑33 (MQ=255) cTGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCgctcatcagggcaaaggcgatgatgatgcgctgg < 6:337451‑M1/149‑35 (MQ=255) tGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCtggt > 4:150606/1‑149 (MQ=255) gcCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCgctcatcagggcaaaggcgatgatgatgcgctgggcaa < 5:282842‑M1/149‑39 (MQ=255) gACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCg > 1:278739/1‑149 (MQ=255) gTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCAtt > 6:2681/1‑145 (MQ=255) gTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCAtt < 5:2681/145‑1 (MQ=255) gagaAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTAtcg > 2:330857/1‑149 (MQ=255) agaAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGcatca < 7:15349/91‑1 (MQ=255) agaAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGcatca > 8:15349/1‑91 (MQ=255) gaAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTAtcgtc < 3:150606/149‑1 (MQ=255) tgcATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTc > 3:168884/1‑123 (MQ=255) tgcATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTc < 4:168884/123‑1 (MQ=255) tACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTg > 4:78158/1‑149 (MQ=255) cGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGGCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTc > 1:360170/1‑149 (MQ=255) tCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCg > 8:312206/1‑148 (MQ=255) ggCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGc > 4:219273/1‑149 (MQ=255) ggCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGa < 6:243858/149‑1 (MQ=255) gcctcgccGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTc < 2:360170/149‑1 (MQ=255) gcctcgccGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCATc > 8:197433/1‑149 (MQ=255) cctcgccGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTgg < 3:34192/126‑1 (MQ=255) cctcgccGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTgg > 4:34192/1‑126 (MQ=255) cctcgccGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCg < 3:219273/149‑1 (MQ=255) cctcgccGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCg > 4:137506/1‑149 (MQ=255) gccGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTa < 2:278739/148‑1 (MQ=255) ccGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACt > 2:4279/1‑149 (MQ=255) ggCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCg < 7:312206/149‑1 (MQ=255) gcgATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGa > 4:44889/1‑149 (MQ=255) gTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAgc > 2:303648/1‑149 (MQ=255) gCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCctgc > 2:49512/1‑149 (MQ=255) gCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCctgc > 1:282271/1‑149 (MQ=255) gCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCctgc < 1:303648/149‑1 (MQ=255) cAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCctgct > 2:89473/1‑149 (MQ=255) aaaGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCctgctg > 3:231423/1‑149 (MQ=255) aaaGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCctgctg > 6:340401/1‑149 (MQ=255) aaaGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCctgct < 7:197433/148‑1 (MQ=255) ttGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCgcgctgggcaaggctttgcttaaactccatcgcggccctcggcgaggcgatagccgacgccatggacggtatgcagcaacggtttctcaaacggtttgtcgatcacctggc < 5:282842‑M2/149‑112 (MQ=255) gCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATgg < 3:78158/148‑1 (MQ=255) ccAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCgcgctgggcaaggctttgcttaaactccatcgcggccctcggcgaggcgatagccgacgccatggacggtatgcagcaacggtttctcaaacggtttgtcgatcacctggcgcag < 6:337451‑M2/149‑116 (MQ=255) aGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCgcgctgggcaaggctttgcttaaactccatcgcggccctcggcgaggcgatagccgacgccatggacggtatgcagcaacggtttctcaaacggtttgtcgatcacctggcgcagct < 6:332266‑M2/149‑118 (MQ=255) cgctcatcagggcaaaggcgatgatgatgcgctgggcaaggctttgcttaaactccatcgcggccctcggcgaggcgatagccgacgccatggacggtatgcagcaacggtttctcaaacggtttgtcgatcacctggcgcagctgatg < 5:243858‑M1/149‑149 (MQ=255) catcatcatCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTAGCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCa < 1:330857/149‑1 (MQ=255) | ATAGCGACAGCCTGCGCAGCCATGTGCATCAGCTGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCA > NC_002947/1042074‑1042368 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |