New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1042220 | 35 (0.620) | 4 (0.070) | 4/246 | NT | 9.0% | coding (30/1311 nt) | colS | integral membrane sensor signal transduction histidine kinase |
? | NC_002947 | = 1042247 | 48 (0.900) | coding (57/1311 nt) | colS | integral membrane sensor signal transduction histidine kinase |
CATCAGCTGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCAGTGACTGGAGTCATCGGCCT > NC_002947/1042100‑1042388 | cATCAGCTGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCg < 5:243858‑M2/149‑2 (MQ=255) tGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCtggt > 4:150606/1‑149 (MQ=255) gACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCg > 1:278739/1‑149 (MQ=255) gTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCAtt > 6:2681/1‑145 (MQ=255) gTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCAtt < 5:2681/145‑1 (MQ=255) gagaAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTAtcg > 2:330857/1‑149 (MQ=255) gaAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTAtcgtc < 3:150606/149‑1 (MQ=255) tgcATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTc < 4:168884/123‑1 (MQ=255) tgcATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTc > 3:168884/1‑123 (MQ=255) tACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTg > 4:78158/1‑149 (MQ=255) cGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGGCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTc > 1:360170/1‑149 (MQ=255) tCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCg > 8:312206/1‑148 (MQ=255) ggCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGc > 4:219273/1‑149 (MQ=255) ggCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGa < 6:243858/149‑1 (MQ=255) gcctcgccGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTc < 2:360170/149‑1 (MQ=255) gcctcgccGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCATc > 8:197433/1‑149 (MQ=255) cctcgccGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTgg > 4:34192/1‑126 (MQ=255) cctcgccGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTgg < 3:34192/126‑1 (MQ=255) cctcgccGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCg < 3:219273/149‑1 (MQ=255) cctcgccGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCg > 4:137506/1‑149 (MQ=255) gccGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTa < 2:278739/148‑1 (MQ=255) ccGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACt > 2:4279/1‑149 (MQ=255) ggCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCg < 7:312206/149‑1 (MQ=255) gcgATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGa > 4:44889/1‑149 (MQ=255) gTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAgc > 2:303648/1‑149 (MQ=255) gCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCctgc > 1:282271/1‑149 (MQ=255) gCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCctgc < 1:303648/149‑1 (MQ=255) gCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCctgc > 2:49512/1‑149 (MQ=255) cAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCctgct > 2:89473/1‑149 (MQ=255) aaaGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCctgctg > 6:340401/1‑149 (MQ=255) aaaGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCctgctg > 3:231423/1‑149 (MQ=255) aaaGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCctgct < 7:197433/148‑1 (MQ=255) ttGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCgcgctgggcaaggctttgcttaaactccatcgcggccctcggcgaggcgatagccgacgccatggacggtatgcagcaacggtttctcaaacggtttgtcgatcacctggc < 5:282842‑M2/149‑112 (MQ=255) gCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATgg < 3:78158/148‑1 (MQ=255) ccAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCgcgctgggcaaggctttgcttaaactccatcgcggccctcggcgaggcgatagccgacgccatggacggtatgcagcaacggtttctcaaacggtttgtcgatcacctggcgcag < 6:337451‑M2/149‑116 (MQ=255) aGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCgcgctgggcaaggctttgcttaaactccatcgcggccctcggcgaggcgatagccgacgccatggacggtatgcagcaacggtttctcaaacggtttgtcgatcacctggcgcagct < 6:332266‑M2/149‑118 (MQ=255) catcatcatCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTAGCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCa < 1:330857/149‑1 (MQ=255) atcatcatcGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCAg < 4:231423/149‑1 (MQ=255) atcatcGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCAGTGa > 3:266743/1‑149 (MQ=255) atcatcGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCAGTGa > 2:281613/1‑149 (MQ=255) atcatcGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGCGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTc > 4:302683/1‑98 (MQ=255) atcatcGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGCGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTc < 3:302683/98‑1 (MQ=255) tcGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCAGTGACTgg > 1:309511/1‑149 (MQ=255) gCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCAGTGACTGGa < 2:282271/148‑1 (MQ=255) tttGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACa < 4:25606/130‑1 (MQ=255) tttGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACa > 3:25606/1‑130 (MQ=255) gCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTc > 4:79074/1‑39 (MQ=255) gCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTc < 3:79074/39‑1 (MQ=255) ccTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTAt > 1:291720/1‑120 (MQ=255) ccTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTAt < 2:291720/120‑1 (MQ=255) cTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCAGTGACTGGAGTCATCGGcc < 3:44889/149‑1 (MQ=255) tgatgaGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCAGTGACTGGAGTCATc < 6:212273/144‑1 (MQ=255) tgatgaGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCAGTGACTGGAGTCATc > 5:212273/1‑144 (MQ=255) atgaGCgcgctgggcaaggctttgcttaaactccatcgcggccctcggcgaggcgatagccgacgccatggacggtatgcagcaacggtttctcaaacggtttgtcgatcacctggcgcagctgatgcacatggctgcgcaggctgt > 6:282842‑M2/1‑6 (MQ=255) | CATCAGCTGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCAGTGACTGGAGTCATCGGCCT > NC_002947/1042100‑1042388 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |