| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1221777 | 59 (1.040) | 8 (0.150) | 7/248 | NT | 11.9% | coding (1433/1908 nt) | PP_1067 | sensor histidine kinase |
| ? | NC_002947 | = 1221820 | 62 (1.150) | coding (1390/1908 nt) | PP_1067 | sensor histidine kinase | |||||
TTGACCAGAATCTGCTCCAGGCGGGTCTGGTCGATGGCCAGTTGCTGGTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCATGCGGTCGATCAGGTCATTCATGGTGCGCAGGTTGGTGCTGGC‑GGTTTCCAGCGCCCCGCGCTCGAGGAAGCGCACTGTATTGCCAGAAAGGGTGCG > NC_002947/1221630‑1221925 | ttGACCAGAATCTGCTCCAGGCGGGTCTGGTCGATGGCCAGTTGCTGGTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCt < 4:133561/149‑1 (MQ=255) gACCAGAATCTGCTCCAGGCGGGTCTGGTCGATGGCCAGTTGCTGGTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTg < 5:12744/148‑1 (MQ=255) gACCAGAATCTGCTCCAGGCGGGTCTGGTCGATGGCCAGTTGCTGGTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTg < 2:251287/148‑1 (MQ=255) gACCAGAATCTGCTCCAGGCGGGTCTGGTCGATGGCCAGTTGCTGGTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGt > 6:18854/1‑149 (MQ=255) gACCAGAATCTGCTCCAGGCGGGTCTGGTCGATGGCCAGTTGCTGGTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGt > 2:261790/1‑149 (MQ=255) ccAGAATCTGCTCCAGGCGGGTCTGGTCGATGGCCAGTTGCTGGTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCa > 3:306557/1‑149 (MQ=255) cAGAATCTGCTCCAGGCGGGTCTGGTCGATGGCCAGTTGCTGGTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCAt > 6:151876/1‑149 (MQ=255) cAGAATCTGCTCCAGGCGGGTCTGGTCGATGGCCAGTTGCTGGTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCAt > 3:132416/1‑149 (MQ=255) aGAATCTGCTCCAGGCGGGTCTGGTCGATGGCCAGTTGCTGGTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATc < 6:190801/149‑1 (MQ=255) tCTGCTCCAGGCGGGTCTGGTCGATGGCCAGTTGCTGGTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATcgccg > 4:305394/1‑149 (MQ=255) tGCTCCAGGCGGGTCTGGTCGATGGCCAGTTGCTGGTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATcgccgcg > 6:31081/1‑149 (MQ=255) gCTCCAGGCGGGTCTGGTCGATGGCCAGTTGCTGGTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATcgccgcgc > 4:42969/1‑149 (MQ=255) cAGGCGGGTCTGGTCGATGGCCAGTTGCTGGTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCggg < 5:31081/149‑1 (MQ=255) ggTCGATGGCCAGTTGCTGGTCCTCGAACTGGTGGTGACAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGc > 1:64345/1‑148 (MQ=255) gTCGATGGCCAGTTGCTGGTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCatcaccgccagccttcgctcgttcgcccgg > 2:241767‑M1/1‑119 (MQ=255) gCTGGTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATg < 4:114753‑M2/149‑2 (MQ=255) cTGGGCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATgc > 6:332212‑M2/1‑147 (MQ=255) gTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCatcaccgccagccttcgctcgttcgcccggcgcggcgatgacagcggc < 1:241767‑M1/149‑49 (MQ=255) gTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATgcggc > 5:18854‑M2/1‑144 (MQ=255) tCCTCGAACTCGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCatcaccgccagccttcgctcgttcgcccggcgcggcgatgacagcggc > 7:147470‑M1/1‑100 (MQ=255) ccTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGccc < 3:226655/149‑1 (MQ=255) cgcgaACTGCTGGTG‑CAATTGCAAATCACAGGCACTGATGCGGATGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTCGCCGCatcaccgccagccttcgctcgatcgcccggcgcggcgatgacagcggcca < 7:90450‑M1/146‑51 (MQ=255) cTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCatcaccgccagccttcgctcgttcgcccggcgcggcgatgacagcggccag < 1:85676‑M1/149‑52 (MQ=255) cTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCatcaccgccagccttcgctcgttcgcccggcgcggcgatgacagcggcca < 8:147470‑M1/148‑51 (MQ=255) cTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCa > 1:94232/1‑149 (MQ=255) cTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCa < 5:151876/149‑1 (MQ=255) cTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCa > 4:208413/1‑149 (MQ=255) cTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCa > 1:24541/1‑149 (MQ=255) gAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCATg < 3:114753/148‑1 (MQ=255) gAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCATg < 3:42969/148‑1 (MQ=255) ggtggtG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTgg > 6:17305/1‑126 (MQ=255) ggtggtG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTgg < 5:17305/126‑1 (MQ=255) gtg‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCATGCGGTCGAt > 2:224895/1‑147 (MQ=255) g‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCTCCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCatcaccgccagccttcgctcgttcgcccggcgcggcgatgacagcggccagg < 3:274079‑M1/136‑53 (MQ=255) g‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCTCCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCatcaccgccagccttcgctcgttcgcccggcgcggcgatgacagcggccagg > 4:274079‑M1/1‑84 (MQ=255) cAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCATGCGGTCGATCAgg < 4:132416/148‑1 (MQ=255) aTTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCATGCGGTCGATCAGGtca < 4:306557/149‑1 (MQ=255) cAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCATGCGGTCGATCAGGtcattc < 1:224895/148‑1 (MQ=255) aaTGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCATGCGGTCGATCAGGTCATTCATg < 3:305394/149‑1 (MQ=255) 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cTGGCTGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCATGCGGTCGATCAGGTCATTCATGGTGCGCAGGTTGGTGCTGGC‑GGTTTCCAGCGCCCCGCGCTCGAGGAAGCGCACTGTATTGCCAGaaa < 4:59155/149‑1 (MQ=255) cTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATgcggccaggcttcactggccaaggcagtagaggccaccctgcaggtgctggccaaccgcatcagtgcctgtcatttgcaattgcaccaccagttcgag < 1:85676‑M2/149‑99 (MQ=255) cTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCATGCGGTCGATCAGGTCATTCATGGTGCGCAGGTTGGTGCTGGC‑GGTTTCCAGCGCCCCGCGCTCGAGGAAGCGCACTGTATTGCCAGaaa < 3:208413/149‑1 (MQ=255) tGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGATCGAGCGAAGGCTGGCGGTGATgcggcgaggcttcactggccaaggcagtagaggccaccctgcaggtgctggccatccgcatcagtgcctgtgatttgcaattgcaccagcagttcgcg < 7:90450‑M2/148‑99 (MQ=255) tGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATgcggccaggcttcactggccaaggcagtagaggccaccctgcaggtgctggccaaccgcatcagtgcctgtcatttgcaattgcaccaccagttcgag < 8:147470‑M2/148‑99 (MQ=255) gCCGCatcaccgccagccttcgctcgttcgcccggcgcggcgatgacagcggccaggcttcactggccaaggcagtagaggccaccctgcaggtgctggccaaccgcatcagtgcctgtcatttgcaattgcaccaccagttcgaggac > 5:18854‑M1/1‑5 (MQ=255) gCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATgcggccaggcttcactggccaaggcagtagaggccaccctgcaggtgctggccaaccgcatcagtgcctgtcatttgcaattgcaccacgagttcgagga > 7:147470‑M2/1‑48 (MQ=255) gCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATgcggccaggcttcactggccaaggcagtagaggccaccctgcaggtgctggccaaccgcatcagtgcctgtcatttgcaattgcaccaccagttcgaggac < 1:241767‑M2/149‑102 (MQ=255) gCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCATGCGGTCGATCAGGTCATTCATGGTGCGCAGGTTGGTGCTGGCGGGTTTCCAGCGCCCCGCGCTCGAGGAAGCGCACTGTATTGCCAGAAAgg < 1:261790/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCATGCGGTCGATCAGGTCATTCATGGTGCGCAGGTTGGTGCTGGC‑GGTTTCCAGCGCCCCGCGCTGGAGGAAGCGCACTGTATTGCCAGAAAggg > 5:323444/1‑149 (MQ=255) ccGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCATGCGGGCGATCAGGTCATTCATGGTGCGCAGGTTGGTGCTGGC‑GGTTTCCAGCGCCCCGCGCTCGAGGAAGCGCACTGTATTGCCAGAAAGGGt < 5:349006/149‑1 (MQ=255) gCatcaccgccagccttcgctcgttcgcccggcgcggcgatgacagcggccaggcttcactggccaaggcagtagaggccaccctgcaggtgctggccaaccgcatcagtgcctgtcatttgcaattgcaccaccagttcgaggcccag > 6:332212‑M1/1‑2 (MQ=255) catcaccgccagccttcgctcgttcgcccggcgcggcgatgacagcggccaggcttcactggccaaggcagtagaggccaccctgcaggtgctggccaaccgcatcagtgcctgtcatttgcaattgcaccaccagttcgaggaccagc < 4:114753‑M1/149‑149 (MQ=255) cTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCATGCGGTCGATCAGGTCATTCATGGTGCGCAGGTTGGTGCTGGC‑GGTTTCCAGCGCCCCGCGCTCGAGGAAGCGCACTGTATTGCCAGAAAGGGTgcg < 5:61409/149‑1 (MQ=255) | TTGACCAGAATCTGCTCCAGGCGGGTCTGGTCGATGGCCAGTTGCTGGTCCTCGAACTGGTGGTG‑CAATTGCAAATGACAGGCACTGATGCGGTTGGCCAGCACCTGCAGGGTGGCCTCTACTGCCTTGGCCAGTGAAGCCTGGCCGCTGTCATCGCCGCGCCGGGCGAACGAGCGAAGGCTGGCGGTGATGCGGCCCATGCGGTCGATCAGGTCATTCATGGTGCGCAGGTTGGTGCTGGC‑GGTTTCCAGCGCCCCGCGCTCGAGGAAGCGCACTGTATTGCCAGAAAGGGTGCG > NC_002947/1221630‑1221925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |