New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1532482 | 49 (0.860) | 4 (0.070) | 4/250 | NT | 7.8% | coding (493/2820 nt) | secA | protein translocase subunit SecA |
? | NC_002947 | = 1532501 | 47 (0.860) | coding (512/2820 nt) | secA | protein translocase subunit SecA |
CTGATTGGCGGCATGACCCTGCACGAGGGTATGATCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATGCAGCCGACATCACCTACGGCACCAACAACGAATTCGGGTTCGACT > NC_002947/1532335‑1532629 | cTGATTGGCGGCATGACCCTGCACGAGGGTATGATCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGgcgcg > 6:88354/1‑149 (MQ=255) aTTGGCGGCATGACCCTGCACGAGGGTATGATCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCg > 3:91420/1‑149 (MQ=255) ggcggcATGACCCTGCACGAGGGTATGATCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCatccagt > 2:107228‑M1/1‑142 (MQ=255) gcggcATGACCCTGCACGAGGGTATGATCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGAc < 5:88354/149‑1 (MQ=255) aTGACCCTGCACGAGGGTATGATCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCaa > 5:152470/1‑149 (MQ=255) gACCCTGCACGAGGGTATGATCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTGAGTCGGTACATTGGCCTTATACATCAAAGCATTTTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTACCCGTCAACGACTACATGGCGCGCCGTGCCGCAAAc > 1:99012/1‑149 (MQ=255) aCCCTGCACGAGGGTATGATCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTg > 1:328468/1‑149 (MQ=255) ccTGCACGAGGGTATGATCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGa > 2:345500/1‑149 (MQ=255) ccTGCACGAGGGTATGATCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATCTGCTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGa > 5:249739/1‑149 (MQ=255) cTGCACGAGGGTATGCTCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGAt < 7:287912/149‑1 (MQ=255) aCGAGGGTATGATCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGa < 6:315582/133‑1 (MQ=255) aCGAGGGTATGATCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGa > 5:315582/1‑133 (MQ=255) tGATCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTACATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCatccagttggcgtcacggcgcgccaggtagtc < 1:107228‑M1/149‑33 (MQ=255) tCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCatccagttggcgtcacggcgcgccaggta > 6:246230‑M1/1‑114 (MQ=255) tCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCatccagttggcgtcacggcgcgccaggta < 5:246230‑M1/143‑30 (MQ=255) tCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAg < 8:39277/149‑1 (MQ=255) cACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACTCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTgt < 5:34945/149‑1 (MQ=255) cACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTgt < 2:145113/149‑1 (MQ=255) gCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGt < 3:39720/134‑1 (MQ=255) gCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGt > 4:39720/1‑134 (MQ=255) gCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATc > 5:59026/1‑149 (MQ=255) gCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATc < 4:91420/149‑1 (MQ=255) cAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCg > 1:23810/1‑149 (MQ=255) cTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCAGGCGCGCCGTAACGCCAACTGGATGCGCCAGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCTGTCGGTATCGTCTCGTCCTTCCAgccgc > 4:235281/1‑149 (MQ=255) ttGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAgccgcc > 8:118042/1‑149 (MQ=255) ccGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGgaa < 2:328468/149‑1 (MQ=255) cGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTTGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGgaag < 1:345500/149‑1 (MQ=255) tCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGATGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCAGCCTTCCAGCCGCCGgaaga > 4:233894/1‑148 (MQ=255) ccTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCt > 7:145230/1‑105 (MQ=255) ccTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCt < 8:145230/105‑1 (MQ=255) tCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAgcgc > 7:226406/1‑149 (MQ=255) aaCGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGGCAGCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGGGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTGCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAgcgcgc < 6:249739/149‑1 (MQ=255) cGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGcgccg > 8:273336/1‑149 (MQ=255) gCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGcgccgc > 3:102723/1‑149 (MQ=255) cATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCgccgcc > 5:332688/1‑149 (MQ=255) gTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTAt < 7:118042/148‑1 (MQ=255) ccGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATg > 4:308707/1‑147 (MQ=255) ccGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATg < 3:308707/147‑1 (MQ=255) ggCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATGCAGc < 2:23810/149‑1 (MQ=255) aaGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATGCAGCCGa < 6:152470/149‑1 (MQ=255) aaGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATGCAGCCGa < 4:102723/149‑1 (MQ=255) gtgGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATGCAGCCGACATCACCTACgg > 6:138249/1‑149 (MQ=255) aCCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATGCAGCCGACATCACCTACGGCACcaa > 4:225375/1‑149 (MQ=255) gTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCTTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATGCAGCCGACATCACCTa < 1:281766/137‑1 (MQ=255) gTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGAACGAGTTCCACGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCCGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCCCCAATGCACCCGACATCACCTa > 2:281766/1‑137 (MQ=255) tCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATGCAGCCGACATCACCTACGGCACCaacaac < 3:225375/149‑1 (MQ=255) aaCGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATGCAGCCGACATCACCTACGGCACCAACAACg < 7:273336/148‑1 (MQ=255) cGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCtt > 7:99010/1‑84 (MQ=255) cGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCtt < 8:99010/84‑1 (MQ=255) gACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATgcgccaggtagtcgttgacggtgaccacatgtacgcccttgccggacaatgcgttgaggtagacggccaaggtaccgaccaaggtcttgccttcaccggtgcgcatttctgcgatca < 1:107228‑M2/149‑118 (MQ=255) cTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCTCCGCCTATGCAGCCGACATCACCTACGGCACCAACAACGAATTCg < 2:99012/149‑1 (MQ=255) tACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATgcgccaggtagtcgttgacggtgaccacatgcacgcccttgccggacaatgcgttgaggtagacggccaaggtaccgaccaaggtcttgccttcaccggtgcgcatttctgcga > 6:246230‑M2/1‑29 (MQ=255) tACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATgcgccaggtagtcgttgacggtgaccacatgcacgcccttgccggacaatgcgttgaggtagacggccaaggtaccgaccaaggtcttgccttcaccggtgcgcatttctgcga < 5:246230‑M2/143‑115 (MQ=255) tACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATGCAGCCGACATCACCTACGGCACCAACAACGAATTCgg > 2:36019/1‑149 (MQ=255) ccTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGACGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATGCAGCCGACATCACCTACGGCACCaacaac < 2:334234/139‑1 (MQ=255) ccTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGACGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATGCAGCCGACATCACCTACGGCACCaacaac > 1:334234/1‑139 (MQ=255) tGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATGCAGCCGACATCACCTACGGCACCAACAACGAATTCgg > 2:126332/1‑145 (MQ=255) tGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATGCAGCCGACATCACCTACGGCACCAACAACGAATTCgg < 1:126332/145‑1 (MQ=255) cgcgcCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATGCAGCCGACATCACCTACGGCACCAACAACGAATTCGGGTTCGAc < 6:332688/149‑1 (MQ=255) gcgcCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATGCAGCCGACATCACCTACGGCACCAACAACGAATTCGGGTTCGACt < 6:59026/149‑1 (MQ=255) | CTGATTGGCGGCATGACCCTGCACGAGGGTATGATCGCAGAAATGCGCACCGGTGAAGGCAAGACCTTG‑GTCGGTACCTTGGCCGTCTACCTCAACGCATTGTCCGGCAAGGGCGTGCATGTGGTCACCGTCAACGACTACCTGGCGCGCCGTGACGCCAACTGGATGCGCCCGCTGTACGAGTTCCTCGGTCTGTCGGTCGGTATCGTCTCGGCCTTCCAGCCGCCGGAAGAAAAGCGCGCCGCCTATGCAGCCGACATCACCTACGGCACCAACAACGAATTCGGGTTCGACT > NC_002947/1532335‑1532629 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |