| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1686020 = | 53 (0.940) | 4 (0.080) | 4/242 | NT | 8.1% | coding (759/1425 nt) | patD | medium chain aldehyde dehydrogenase |
| ? | NC_002947 | 1686099 = | 42 (0.800) | coding (680/1425 nt) | patD | medium chain aldehyde dehydrogenase | |||||
TTTACCCAGGCGTTCGACAAAGCGCTCGTAGATCCCGTCCTGCACATACAGGCGGCAGGCTGCGGTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCT > NC_002947/1685873‑1686165 | gctgacggccctgcgcctgggcgagctggcccaggacttgctgccgccgggggtgctgaacattctcttcggccgcggccagacggtcggcaacccgttgataacccaccccaaggtgcgcatggtgtcgctgaccggctcgatcccCa < 5:234206‑M1/2‑1 (MQ=255) aCCCAGGCGTTCGACAAAGCGCTCGTAGATCCCGTCCTGCACATACAGGCGGCAGGCTGCGGTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCg > 4:145291/1‑149 (MQ=255) ccAGGCGTTCGACAAAGCGCTCGTAGATCCCGTCCTGCACATACAGGCGGCAGGCTGCGGTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCCGCGTCATCGACCACCAGCACCGgc > 4:97539/1‑149 (MQ=255) cAGGCGTTCGACAAAGCGCTAGTAGATCCCGTCCTGCACATACAGGCGGCAGGCTGCGGTGCAGTCCTGGCCCGCGTTGTAGAACCCGAAGGTGCGGATGCCGACGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGACCACCAGCACCcgc‑g > 7:341673/1‑149 (MQ=255) cggtCGACAAAGCGCTCGTAGATCCCGTCCTGCACATACAGGCGGCAGGCTGCGGTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGATGCCGAAGGTGCGGATGGCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGGGTGATCGAACACCAGGACCGGC‑GCCtt < 8:99501/146‑1 (MQ=38) gTAGATCCCGTCCTGCACATACAGGCGGCAGGCTGCGGTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCAtgt < 2:58459/149‑1 (MQ=255) aGATCCCGTCCTGCACATACAGGCGGCAGGCTGCGGTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCAtgtg > 8:331446/1‑148 (MQ=255) cGTCCTGCACATACAGGCGGCAGGCTGCGGTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGt > 7:334522/1‑149 (MQ=255) cTGCACATACAGGCGGCAGGCTGCGGTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCAGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTc < 1:226034/149‑1 (MQ=255) tGCACATACAGGCGGCAGGCTGCGGTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCAGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCAc > 2:34230/1‑149 (MQ=255) cacaTACAGGCGGCAGGCTGCGGTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACg < 8:334522/148‑1 (MQ=255) cacaTACAGGCGGCAGGCTGCGGTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACg < 2:158759/148‑1 (MQ=255) aTACAGGCGGCAGGCTGCGGTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑t > 7:277923/1‑149 (MQ=255) gcAGGCTGCGGTGCAGTCCTGGGCGGCGTTGTAGAAGCCGATGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCTGCGTCATCGAACTGGAGCTCCGGC‑GCCTTGGCGCCCAGCTCCATTTGGATGCGTTTGACGCTT‑TCGGCTGTgg < 8:341673/149‑1 (MQ=255) cAGGCTGCGGTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGgc < 4:52208/149‑1 (MQ=255) aGGCTGCGGTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGgcg > 8:191830/1‑149 (MQ=255) gCTGCGGTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑Tcggcgg > 7:165339/1‑142 (MQ=255) gCTGCGGTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑Tcggcgg < 8:165339/142‑1 (MQ=255) aacattctcttcggccgcggccagacggtcggcaacccgttgataacccaccccaaggtgtgcatggtgtcgctgaccggctcgatcccCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCt < 8:42533‑M1/60‑1 (MQ=255) gTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTgatgat < 3:239622/149‑1 (MQ=255) gTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTgatgat < 7:191830/149‑1 (MQ=255) cAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGACGAtgt < 7:331446/148‑1 (MQ=255) ccGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGt < 3:145291/149‑1 (MQ=255) ggCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTgg > 8:197151/1‑149 (MQ=255) ggCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCACCACCGGC‑GCCATGCCGCCCATCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGAGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTgg < 1:34230/149‑1 (MQ=255) cagacggtcggcaacccgttgataacccaccccaaggtgtgcatggtgtcgctgaccggctcgatcccCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTggg > 7:42533‑M1/69‑149 (MQ=255) gTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGAtgt < 4:338475/134‑1 (MQ=255) gTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGAtgt > 3:338475/1‑134 (MQ=255) gTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGa > 4:100868/1‑149 (MQ=255) tcggcaacccgttgataacccaccccaaggtgcgcatggtgtcgctgaccggctcgatcccCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTg < 4:178693‑M1/79‑1 (MQ=255) tcggcaacccgttgataacccaccccaaggtgcgcatggtgtcgctgaccggctcgatcccCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTg > 3:178693‑M1/62‑140 (MQ=255) aaGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGcc < 8:277923/149‑1 (MQ=255) gTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑Tcggcgg > 6:29115/1‑103 (MQ=255) gTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑Tcggcgg < 5:29115/103‑1 (MQ=255) gTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGa > 5:333465/1‑149 (MQ=255) tGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGac < 1:110463/149‑1 (MQ=255) aTGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCAt > 6:234206/1‑149 (MQ=255) ccGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGc < 3:227119/138‑1 (MQ=255) ccGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGc > 4:227119/1‑138 (MQ=255) gATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTGCTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCgg < 1:78770/129‑1 (MQ=255) gATGGCGGCATCGATGTCAGAGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTACCGCCCAGCTCCATGAGCATGCGTATCACCCTG‑ACGGCGGTGGCGCTGATCATATGCGCGCCGCTGGGGATCGAGCCgg > 2:78770/1‑128 (MQ=255) ggcggcATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTgg > 6:218103/1‑149 (MQ=255) ggcATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGCTGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGgggt < 5:218103/149‑1 (MQ=255) ggcATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGgggt > 4:153955/1‑149 (MQ=255) ggcATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGgggt > 2:68734/1‑149 (MQ=255) gcATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGgggtg > 7:273130/1‑149 (MQ=255) cATCGATGTCAGCGGCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGgggtgg < 3:97539/149‑1 (MQ=255) aTGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTAt > 4:48918/1‑149 (MQ=255) cAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGAtgt > 5:32589/1‑87 (MQ=255) cAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGAtgt < 6:32589/87‑1 (MQ=255) aGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACg > 7:62972/1‑149 (MQ=255) gCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACgg < 8:62972/149‑1 (MQ=255) cGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACggg > 6:170365/1‑149 (MQ=255) cATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTg > 8:17199/1‑149 (MQ=255) cATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTg > 8:22492/1‑149 (MQ=255) aTCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGc > 7:214775/1‑149 (MQ=255) tCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGgggt > 5:256081/1‑130 (MQ=255) tCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGgggt < 6:256081/130‑1 (MQ=255) tCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGcc > 7:1197/1‑149 (MQ=255) cAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCt > 7:126658/1‑149 (MQ=255) cAGCACCGGC‑GACTAGCCGCCCAGCTCGATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑GCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCAGCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCt < 4:75748/149‑1 (MQ=255) | TTTACCCAGGCGTTCGACAAAGCGCTCGTAGATCCCGTCCTGCACATACAGGCGGCAGGCTGCGGTGCAGTCCTGGCCGGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGC‑GCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCT > NC_002947/1685873‑1686165 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |