New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1686020 = | 53 (0.940) | 4 (0.080) | 4/242 | NT | 8.1% | coding (759/1425 nt) | patD | medium chain aldehyde dehydrogenase |
? | NC_002947 | 1686099 = | 42 (0.800) | coding (680/1425 nt) | patD | medium chain aldehyde dehydrogenase |
GGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAGCGG > NC_002947/1685951‑1686247 | ggCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTgg > 8:197151/1‑149 (MQ=255) ggCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCACCACCGGCGCCATGCCGCCCATCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGAGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTgg < 1:34230/149‑1 (MQ=255) cagacggtcggcaacccgttgataacccaccccaaggtgtgcatggtgtcgctgaccggctcgatcccCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTggg > 7:42533‑M1/69‑149 (MQ=255) gTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGa > 4:100868/1‑149 (MQ=255) aaGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGcc < 8:277923/149‑1 (MQ=255) gTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGa > 5:333465/1‑149 (MQ=255) tGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGac < 1:110463/149‑1 (MQ=255) aTGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCAt > 6:234206/1‑149 (MQ=255) ccGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGc > 4:227119/1‑138 (MQ=255) ccGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGc < 3:227119/138‑1 (MQ=255) gATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTGCTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCgg < 1:78770/129‑1 (MQ=255) gATGGCGGCATCGATGTCAGAGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTACCGCCCAGCTCCATGAGCATGCGTATCACCCTG‑ACGGCGGTGGCGCTGATCATATGCGCGCCGCTGGGGATCGAGCCgg > 2:78770/1‑128 (MQ=255) ggcggcATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTgg > 6:218103/1‑149 (MQ=255) ggcATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGCTGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGgggt < 5:218103/149‑1 (MQ=255) ggcATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGgggt > 2:68734/1‑149 (MQ=255) ggcATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGgggt > 4:153955/1‑149 (MQ=255) gcATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGgggtg > 7:273130/1‑149 (MQ=255) cATCGATGTCAGCGGCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGgggtgg < 3:97539/149‑1 (MQ=255) aTGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTAt > 4:48918/1‑149 (MQ=255) aGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACg > 7:62972/1‑149 (MQ=255) gCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACgg < 8:62972/149‑1 (MQ=255) cGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACggg > 6:170365/1‑149 (MQ=255) cATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTg > 8:17199/1‑149 (MQ=255) cATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTg > 8:22492/1‑149 (MQ=255) aTCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGc > 7:214775/1‑149 (MQ=255) tCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGgggt > 5:256081/1‑130 (MQ=255) tCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGgggt < 6:256081/130‑1 (MQ=255) tCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGcc > 7:1197/1‑149 (MQ=255) cAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCt > 7:126658/1‑149 (MQ=255) cAGCACCGGCGACTAGCCGCCCAGCTCGATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑GCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCAGCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCt < 4:75748/149‑1 (MQ=255) cccaccggcgcgcacatcatcagcgccaccgccgacagcgtgaaacgcatgcacatggagctgggcggcaaggcgccggtgGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCACACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTg > 7:42533‑M2/82‑149 (MQ=255) caccggcgcgcacatcatcagcgccaccgccgacagcgtgaaacgcatgcacatggagctgggcggcaaggcgccggtgGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGa < 4:178693‑M2/61‑1 (MQ=255) caccggcgcgcacatcatcagcgccaccgccgacagcgtgaaacgcatgcacatggagctgggcggcaaggcgccggtgGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGa > 3:178693‑M2/80‑140 (MQ=255) CCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCcg < 5:84834‑M1/149‑1 (MQ=255) GCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGgggtggg < 6:360091‑M1/117‑1 (MQ=255) GCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGgggtggg > 5:360091‑M1/1‑117 (MQ=255) GCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCgg > 6:84834‑M1/1‑149 (MQ=255) GCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGGCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCgg > 7:197151‑M1/1‑149 (MQ=255) CGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGc > 8:214775‑M1/1‑149 (MQ=255) gccgccCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGaa < 7:22492/147‑1 (MQ=255) cccAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAAt < 5:170365/149‑1 (MQ=255) agcgccaccgccgacagcgtgaaacgcatgcacatggagctgggcggcaaggcgccggtgGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCACACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGtt < 8:42533‑M2/89‑1 (MQ=255) cTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCa < 3:100868/149‑1 (MQ=255) ccATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGc > 4:188705/1‑149 (MQ=255) cATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGc < 3:153955/148‑1 (MQ=255) gCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGgggtggg > 2:115654/1‑89 (MQ=255) aCGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGgcagc < 2:91053/147‑1 (MQ=255) aCGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGgcagc > 1:91053/1‑147 (MQ=255) aCGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCaa < 3:188705/149‑1 (MQ=255) tCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTg < 8:126658/149‑1 (MQ=255) ggcggTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTgg < 6:333465/148‑1 (MQ=255) ggcggTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTgg < 7:17199/148‑1 (MQ=255) ggcggTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCATggg > 7:259121/1‑149 (MQ=255) gcggTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGc > 8:319858/1‑149 (MQ=255) gcTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGc > 5:153257/1‑149 (MQ=255) gatgTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAgg < 6:153257/148‑1 (MQ=255) cgcgcCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAgg < 7:319858/148‑1 (MQ=255) tgGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAGc < 5:234206‑M2/147‑1 (MQ=255) gggATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAgcgg > 1:274655/1‑149 (MQ=255) | GGCGTTGTAGAAGCCGAAGGTGCGGATGCCGTCGATGGCGGCATCGATGTCAGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTG‑TCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAGCGG > NC_002947/1685951‑1686247 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |