New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2344137 = | 84 (1.480) | 5 (0.100) | 5/240 | NT | 5.8% | coding (169/456 nt) | soxR | DNA‑binding transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2344209 = | 86 (1.640) | coding (97/456 nt) | soxR | DNA‑binding transcriptional regulator |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
AGTGTGCGAATGCGGGCATTCAGGTCTTCGCGCCAGGCCGTGGACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGA > NC_002947/2343989‑2344280 | aGTGTGCGAATGCGGGCATTCAGGTCTTCGCGCCAGGCCGTGGACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGAT > 2:171149‑M1/1‑149 (MQ=255) aGTGTGCGAATGCGGGCATTCAGGTCTTCGCGCCAGGCCGTGGACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGAT > 3:38115‑M1/1‑149 (MQ=255) aGTGTGCGAATGCGGGCATTCAGGTATTCGCGCCAGGCCTTGGACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACTGCTGAAGGCTTTTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGAT < 1:209441‑M1/149‑1 (MQ=255) ttttgCGAATTCGGGCATTCAGGTCTTCGCGCCATGCCTTTGAAATCTCGCTCCATTTTGCGGCCGTGAGTTTGCTTTTGGGTGCATAACGGCTGAATGCTTGTTTGATTTCCTCAATCGGAATTTTCGTGCGCTGGGCTACCTtgatg < 7:54576/146‑1 (MQ=255) ccgaccgggccggcttataaaagctcaacttaactttaggtcgaacatatatggcagcggacaacacacggatgctcacagtgggtgaagtggccaagcgcagcggcgtggcggtgtctgcgctgcacttctacgaaaccaaggggcTg > 2:11738‑M1/148‑149 (MQ=255) gaccgggccggcttataaaagctcaacttaactttaggtcgaacatatatggcagcggacaacacacggatgctcacagtgggtgaagtggccaagcgcagcggcgtggcggtgtctgcgctgcacttctacgaaaccaaggggcTGAt < 2:223166‑M1/4‑1 (MQ=255) tgCGAATGCGGGCATTCAGGTCTTCGCGCCAGGCCGTGGACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATC < 7:27311‑M1/149‑1 (MQ=255) tgCGAATGCGGGCATTCAGGTCTTCGCGCCAGGCCGTGGACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGAT < 3:167083‑M1/148‑1 (MQ=255) accgggccggcttataaaagctcaacttaactttaggtcgaacatatatggcagcggacaacacacggatgctcacagtgggtgaagtggccaagcgcagcggcgtggcggtgtctgcgctgcacttctacgaaaccaaggggcTGATc > 1:223166‑M1/145‑149 (MQ=255) cctgacggctaataaaagcgcaacttaactttaggtcgaacatatatggcagcggacaacacacggatgctcacagtgggtgaagtggccaagcgcagcggcgtggcggtgtctgcgctgcacttctacgaaacctaggggcTGATCGc > 6:251021‑M1/143‑149 (MQ=255) cGAATGCGGGCATTCAGGTCTTCGCGCCAGGCCGTGGACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCACGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATC > 8:27311‑M1/1‑147 (MQ=255) cggcttataaaagctcaacttaactttaggtcgaacatatatggcagcggacaacacacggatgctcacagtgggtgaagtggccaagcgcagcggcgtggcggtgtctgcgctgcacttctacgaaaccaaggggcTGATCGCCa > 8:251535‑M1/138‑146 (MQ=255) gggCATTCAGGTCTTCGCGCCAGGCCGTGGACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTa < 1:117568/149‑1 (MQ=255) gggCATTCAGGTCTTCGCGCCAGGCCGTGGACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAG < 3:140094‑M1/145‑1 (MQ=255) aTTCAGGTCTTCGCGCCAGGCCGTGGACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGACTTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACgca < 5:254283/149‑1 (MQ=255) tCAGGTCTTCGCGCCAGGCCGTGGACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACgcag > 8:300093/1‑148 (MQ=255) cAGGTCTTCGCGCCAGGCCGTGGACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACgcagca > 7:199541/1‑149 (MQ=255) cAGGTCTTCGCGCCAGGCCGTGGACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACgcagca > 5:128866/1‑149 (MQ=255) 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aTCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTg > 7:99558/1‑146 (MQ=255) gCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAg > 5:286851/1‑149 (MQ=255) gCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAg > 3:10003/1‑149 (MQ=255) gCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAAGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGATCGCCAg > 3:144018/1‑149 (MQ=255) tCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGcc > 8:157957/1‑149 (MQ=255) tCCAGTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAGCGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTGCTCACGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACGTTGATGATCGCCAGGGTGCGCAGCGCCCGCGGGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGcc > 4:68848/1‑149 (MQ=255) accATTCTGCGGCCCAGAGCTTGCTGTTGCGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCATCAAGCGGAATTCCAGTCACCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGAACCAGCGAGCTATAGAGGCCCTGGTTGCCAg > 4:225588/2‑147 (MQ=255) cATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGG‑TCCCAGCCGTg > 2:310780/1‑149 (MQ=255) gCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTC‑AGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGtt > 2:82188/1‑130 (MQ=255) gCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTC‑AGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGtt < 1:82188/130‑1 (MQ=255) ccGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGctg > 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> 5:265015‑M1/79‑149 (MQ=255) gCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGcgtccgcacggctggcaaccagcgccgctatccctcgctggtgctgcgtaccctggcgatc < 4:38115‑M1/149‑62 (MQ=255) gCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGctggcgat > 4:10003‑M2/1‑140 (MQ=255) gCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGctggcgat < 6:344505‑M2/148‑9 (MQ=255) atgctcacagcgggtgaagtggccaagcgcagcggcgtggcggtgtctgcgctgcacttctacgaaaccaaggggcTGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAg > 6:63110‑M1/77‑149 (MQ=255) tgctcacagtgggtgaagtggccaagcgcagcggcgtggcggtgtctgcgctgcacttctacgaaaccaaggggcTGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGc > 6:38357‑M1/76‑149 (MQ=255) 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aTTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGc > 7:217450/1‑149 (MQ=255) cTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCAcgc > 8:94368/1‑149 (MQ=255) cTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCAcgc > 2:26529/1‑149 (MQ=255) tCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCAcgcc > 6:188134/1‑149 (MQ=255) tCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCAcgcc > 4:98872/1‑149 (MQ=255) gCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTg > 5:16040/1‑149 (MQ=255) gCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCATGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTg > 1:8828/1‑149 (MQ=255) ggAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCAcgcc > 4:321083/1‑143 (MQ=255) ttCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTg < 8:199541/149‑1 (MQ=255) ttCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTg < 5:48787/149‑1 (MQ=255) ttCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAAACACCGCCACGCCGCTGCGCTTg < 6:286851/149‑1 (MQ=255) cccGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTgg < 4:75466/148‑1 (MQ=255) ccGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTgcgc < 3:90353/143‑1 (MQ=255) ccGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGc > 8:178096/1‑148 (MQ=255) gcTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCa > 5:327609/1‑149 (MQ=255) gcTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCa < 7:106544/149‑1 (MQ=255) tACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACtg > 1:251446/1‑149 (MQ=255) aCCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCAcgc < 4:60038/121‑1 (MQ=255) aCCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCAcgc > 3:60038/1‑121 (MQ=255) ccTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACtgt < 8:140661/148‑1 (MQ=255) cTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGa < 5:188134/149‑1 (MQ=255) cTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGa < 3:98872/149‑1 (MQ=255) | AGTGTGCGAATGCGGGCATTCAGGTCTTCGCGCCAGGCCGTGGACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGGACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGA > NC_002947/2343989‑2344280 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |