New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4020885 = | 49 (0.860) | 3 (0.060) | 3/250 | NT | 6.4% | coding (1596/2067 nt) | PP_3546 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
? | NC_002947 | 4020924 = | 40 (0.730) | coding (1635/2067 nt) | PP_3546 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
GTAGCGGCATGTCGGCTGAAGTTGTCGAGCGCGCAGTCGAGCCGTTCTTCACCACCAAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCAAAACGCATTCTGTTGGTTGAAGACCAGACGGCCTTGCGCC > NC_002947/4020737‑4021033 | ccgatagcccagctcttccaacacttcgccaatcaccaggcgcaaggccgtctggtcttcaaccaacagaatgcgttttgcagcctcgctgcttctttgcaagagcgtgcgcggaggtttgctgattggcgcctgggcttgctcgtggt < 5:188422‑M1/1‑1 (MQ=255) cgatagcccagctcttccaacacttcgccaatcaccaggcgcaaggccgtctggtcttcaaccaacagaatgcgttttgcagcctcgctgcttctttgcaagagcgtgcgcggaggtttgctgattggcgcctgggcttgctcgtggtg > 7:138934‑M1/148‑149 (MQ=255) gatagcccagctcttccaacacttcgccaatcaccaggcgcaaggccgtctggtcttcaaccaacagaatgcgttttgcagcctcgctgcttctttgcaagagcgtgcgcggaggtttgctgattggcgcctgggcttgctcgtggtgg < 4:162702‑M1/3‑1 (MQ=255) gatagcccagctcttccaacacttcgccaatcaccaggcgcaaggccgtctggtcttcaaccaacagaatgcgttttgcagcctcgctgcttctttgcaagagcgtgcgcggaggtttgctgattggcgcctgggcttgctcgtggtgg < 1:97298‑M1/3‑1 (MQ=255) gCGGCATGTCGGCTGAAGTTGTCGAGCGCGCAGTCGAGCCGTTCTTCACCACCAAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGc < 4:9659/149‑1 (MQ=255) ggCATGTCGGCTGAAGTTGTCGAGCGCGCAGTCGAGCCGTTCTTCACCACCAAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGa < 3:340391/149‑1 (MQ=255) cccagctcttcgaacacttcgccaatcaccaggcgcaaggccgtctggtcttcaaccaacagaatgcgttttgcagcctcgctgcttctttgcaagagcgtgcgcggaggtttgctgattggcgcctgggcttgctcgtggt > 1:123287‑M1/142‑142 (MQ=255) cccagctcttccaacacttcgccaatcaccaggcgcaaggccgtctggtcttcaaccaacagaatgcgttttgcagcctcgctgcttctttgcaagagcgtgcgcggaggtttgctgattggcgcctgggcttgctcgtggt < 2:123287‑M1/1‑1 (MQ=255) cATGTCGGCTGAAGTTGTCGAGCGCGCAGTCGAGCCGTTCTTCACCACCAAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAgg < 8:112768/149‑1 (MQ=255) cATGTCGGCTGAAGTTGTCGAGCGCGCAGTCGAGCCGTTCTTCACCACCAAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAgg < 7:64386/149‑1 (MQ=255) ggCTGAAGTTGTCGAGCGCGCAGTCGAGCCGTTCTTCACCACCAAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTAccc > 7:120788/1‑149 (MQ=255) tCGAGCGCGCAGTCGAGCCGTTCTTCACCACCAAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAgct < 2:102637/148‑1 (MQ=255) gAGCGCGCAGTCGAGCCGTTCTTCACCACCAAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAgctgct < 1:315249/149‑1 (MQ=255) accaggcgcaaggccgtctggtcttcaaccaacagaatgcgttttgcagcctcgctgcttctttgcaagagcgtgcgcggaggtttgctgattggcgcctgggcttgctcgtggTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTAcccc > 1:135114‑M1/115‑149 (MQ=255) ccGTTCTTCACCACCAAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGccacca > 7:294792/1‑149 (MQ=255) ttgttcACGACCAAGCCGTTGGGCGAGGGTACCGGCGTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGcc < 4:319427/139‑1 (MQ=255) ttcttcACCACCAAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGcc > 3:319427/1‑142 (MQ=255) ttcACCACCAAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCAATGACCTATGGCTTCGTGTGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGc > 5:219155/1‑148 (MQ=255) tcACCACCAAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTAccc > 3:56610/1‑134 (MQ=255) tcACCACCAAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTAccc < 4:56610/134‑1 (MQ=255) caccacCAAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAg > 3:313244/1‑149 (MQ=255) ccaccaAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACGCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCaa < 6:11076/146‑1 (MQ=255) ccaccaAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCaa > 5:11076/1‑146 (MQ=255) caccaAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCCCGAGCAAGccc > 4:190499/1‑149 (MQ=255) accaAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGcc > 4:171141/1‑147 (MQ=255) gATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCaa < 3:171141/149‑1 (MQ=255) tGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCaa > 1:173506/1‑147 (MQ=255) tGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCaa < 2:173506/147‑1 (MQ=255) gCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGTGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGc < 6:219155/149‑1 (MQ=255) tACCGGCCTGGGGCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTc < 4:75307/149‑1 (MQ=255) gttttgcagcctcgctgcttctttgcaagagcgtgcgcggaggtttgctgattggcgcctgggcttgctcgtggTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGccacc < 8:213480‑M1/41‑1 (MQ=255) gttttgcagcctcgctgcttctttgcaagagcgtgcgcggaggtttgctgattggcgcctgggcttgctcgtggTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGccacc > 7:213480‑M1/75‑115 (MQ=255) cGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGtt > 8:297371/1‑102 (MQ=255) cGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGtt < 7:297371/102‑1 (MQ=255) cGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCcgc < 4:313244/149‑1 (MQ=255) tGGGTCTGTGCATGACCTATGGCTTCGTTCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGTGACCCGCATCGAGCGGCTGGTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCAc < 7:226953/148‑1 (MQ=255) gTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGctc > 6:18805/1‑149 (MQ=255) tCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGa < 2:77976/69‑1 (MQ=255) tCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGa > 1:77976/1‑69 (MQ=255) tCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGctct > 4:31750/1‑149 (MQ=255) tCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCtt < 8:120788/146‑1 (MQ=255) tCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCtt < 7:192502/146‑1 (MQ=255) cTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAaagaag > 1:249276/1‑147 (MQ=255) aTGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAagcagc > 3:197214/1‑149 (MQ=255) aTGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAagcagc > 3:162702/1‑149 (MQ=255) gTGCGGCAGTCGGGTTGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTg < 8:242333/148‑1 (MQ=255) ggCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCaaaa > 2:217269/1‑149 (MQ=255) gCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCAAAAc < 4:86882/149‑1 (MQ=255) aGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCAAAACg > 8:245609/1‑148 (MQ=255) gggTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCAAAACGCATTc > 5:175644/1‑149 (MQ=255) gTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCAAAACGCATTCTg > 1:260466/1‑149 (MQ=255) gTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCAAAACGCATTCTg < 5:18805/149‑1 (MQ=255) gggCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCCAAACGCATTCTgtt > 8:127656/1‑149 (MQ=255) gggCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCAAAACGCATTCTgtt < 3:31750/149‑1 (MQ=255) cAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCAAAACGCATTCTgttggt > 2:97298/1‑149 (MQ=255) aaTTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCAAAACGCATTCTgttggtt < 6:175644/149‑1 (MQ=255) aTTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCAAAACGCATTCTgttggttg < 8:294792/149‑1 (MQ=255) aCGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCAAAACGCATTCTGTTGGTTGaa < 2:249276/148‑1 (MQ=255) ggTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCAAAACGCATTCTGTTGGTTGAAGAcc < 7:245609/149‑1 (MQ=255) cTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCAAAACGCATTCTGTTGGTTGAAGACCAGACGGCCTTgcgc > 4:58461/1‑149 (MQ=255) TGGCGAGTGTTACCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCAAAACGCATTCTGTTGGTTGAAGACCAGACGGCCTTGCGcc > 4:197214‑M1/1‑149 (MQ=255) TGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCAAAACGCATTCTGTTGGTTGAAGACCAGACGGCCTTGCGcc < 3:112581‑M1/149‑1 (MQ=255) | GTAGCGGCATGTCGGCTGAAGTTGTCGAGCGCGCAGTCGAGCCGTTCTTCACCACCAAGCCGATGGGCCAGGGTACCGGCCTGGGTCTGTCCATGACCTATGGCTTCGTGCGGCAGTCGGGTGGGCAATTACGGGTGCTGTCGGTGCCTGGCGAGGGTACCCGCATCGAGCTGCTGTTACCCCGCCACCACGAGCAAGCCCAGGCGCCAATCAGCAAACCTCCGCGCACGCTCTTGCAAAGAAGCAGCGAGGCTGCAAAACGCATTCTGTTGGTTGAAGACCAGACGGCCTTGCGCC > NC_002947/4020737‑4021033 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |