| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5634606 = | 44 (0.780) | 3 (0.060) | 3/242 | NT | 7.6% | intergenic (+182/+201) | putA/PP_5718 | proline dehydrogenase/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase/membrane protein |
| ? | NC_002947 | 5634672 = | 32 (0.610) | intergenic (+248/+135) | putA/PP_5718 | proline dehydrogenase/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase/membrane protein | |||||
CGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCTACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCACCACCGTATTAAGGCAAGTGGAAGCGCGGG > NC_002947/5634458‑5634751 | accaatggtttgagcaacttttggccggagctctgtctgaggggagctccggatagtccccgatccaacccgcgcttccacttgccttaatacggtggtggcggcaacagtgaacggcgggtagaaattggccagcaggtccggcctct < 4:287997‑M1/1‑1 (MQ=255) caatggtttgagcaacttttggccggagctctgtctgaggggagctccggatagtccccgatccaacccgcgcttccacttgccttaatacggtggtggcggcaacagtgaacggcgggtagaaattggccagcaggtccggcctcTTc < 5:309979‑M1/3‑1 (MQ=255) tctcCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTcgc > 7:118393/1‑149 (MQ=255) atggtttgagcaacttttggccggagctctgtctgaggggagctccggatagtccccgatccaacccgcgcttccacttgccttaatacggtggtggcggcaacagtgaacggcgggtagaaattggccagcaggtccggcctcTTcgc < 6:19666‑M1/5‑1 (MQ=255) tggagtgagcaacttttggccggagctctgtctgaggggagctccggatagtccccgatccaacccgcgcttccacttgccttaatacggtggtggcggcaacagtgaacggcgggtagaaattggccagcaggtccggcctcTTcgcg > 6:280099‑M1/144‑149 (MQ=255) gtttgagcaacttttggccggagctctgtctgaggggagctccggatagtccccgatccaacccgcgcttccacttgcctttatacggtggtggcggcaacagtgaacggcggctagaaattcgcctgcaggtccggcctcTTCGCggg < 2:347278‑M1/8‑1 (MQ=255) gtttgagcaacttttggccggagctctgtctgaggggagctccggatagtccccgatccaacccgcgcttccacttgccttaatacggtggtggcggcaacagtgaacggcgggtagaaattggccagcaggtccggcctcTTCGCgg > 2:67806‑M1/142‑148 (MQ=255) gtttgagcaacttttggccggagctctgtctgaggggagctccggatagtccccgatccaacccgcgcttccacttgccttaatacggaggtggcggcaacagtgaagggcgggtagaaattggccagcaggtccggcctcTTCGCggg < 2:352846‑M1/8‑1 (MQ=255) cTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCgg < 1:275359/147‑1 (MQ=255) cTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCgg < 8:118393/147‑1 (MQ=255) ttttttATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGt > 4:154589/1‑148 (MQ=255) tGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGc < 3:154589/149‑1 (MQ=255) cGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGccc < 4:64836/149‑1 (MQ=255) gTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGTCGGCCTGGGCAGTTCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTacac > 3:15596/1‑148 (MQ=255) gTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTacacg > 3:10725/1‑148 (MQ=255) gTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATaca > 5:78009/1‑149 (MQ=255) cTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACAt < 1:125450/149‑1 (MQ=255) tGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATg > 8:75043/1‑149 (MQ=255) gAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATg > 1:335760/1‑148 (MQ=255) aGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCATAACGAGCTCATGCCAACGGTGACTTTGGTGTCTTCTGTAGTTACAGTTTATCCCATGGAAATACTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCCGGTAAACCCGCCCCTATACACATCCACAgc > 2:250350/1‑148 (MQ=255) tGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCcgtcg > 1:364393/1‑149 (MQ=255) ggACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCcgtcgt > 2:304922/1‑149 (MQ=255) tAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCgg < 2:120384/109‑1 (MQ=255) tAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAg > 7:186755/1‑149 (MQ=255) aCAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAg > 3:52963/1‑147 (MQ=255) aGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGc < 2:325546/149‑1 (MQ=255) gTGCTCACCAGACCGTGGTCAGGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGGTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCgg < 4:52963/149‑1 (MQ=255) agtccccgatccaaaccgcgcttccacttgccttaatactgtggtggcggcaacagtgaaaggcgggtagaaattggccagcaggtccggcctcTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACTTGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCggg > 2:320407‑M1/95‑148 (MQ=255) aCCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTcgc > 4:258317/1‑95 (MQ=255) aCCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTcgc < 3:258317/95‑1 (MQ=255) aCCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAg > 5:189301/1‑137 (MQ=255) aCCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAg < 6:189301/137‑1 (MQ=255) aCCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCCTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCgtgt < 3:343992/135‑1 (MQ=255) aCCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCCTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCgtgt > 4:343992/1‑135 (MQ=255) cAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCcgtc < 6:39164/129‑1 (MQ=255) cAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCcgtc > 5:39164/1‑129 (MQ=255) aaCGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCcgc > 4:90105/1‑148 (MQ=255) aacccgcgcttccacttgccttaatacggtggtggcggcaacagtgaacggcgggtagaaattggccagcaggtccggcctcTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCcgcg < 3:251846‑M1/64‑1 (MQ=255) aacccgcgcttccacttgccttaatacggtggtggcggcaacagtgaacggcgggtagaaattggccagcaggtccggcctcTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGaa > 4:251846‑M1/83‑148 (MQ=255) cATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGcc < 7:75043/149‑1 (MQ=255) aTGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGcc < 6:346395/148‑1 (MQ=255) aTGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCg < 2:364393/149‑1 (MQ=255) aaCGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGACct > 6:239480/1‑149 (MQ=255) gTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGACctgctg < 6:78009/149‑1 (MQ=255) ttGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGACCTGCTGGCCaa < 8:186755/149‑1 (MQ=255) ttGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGACCTGCTGGCCaa > 8:337070/1‑149 (MQ=255) gggTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGACCTGCTGGCCAAtt > 4:35256/1‑149 (MQ=255) ttctGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCTAccc > 3:287997/1‑149 (MQ=255) ctGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTACGAGCGCGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCTACccgc > 1:347278/1‑149 (MQ=255) ctGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCCGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGACGGACCTGCTGGCCAATTTCTAccctc > 1:352846/1‑147 (MQ=255) tgttgtTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAag > 7:326315/1‑117 (MQ=255) tgttgtTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAag < 8:326315/117‑1 (MQ=255) aCCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACACGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCTACCCGCCGTTCACt > 7:204978/1‑149 (MQ=255) aTCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCTACCCGCCGTTCACTGTTgcc < 5:239480/148‑1 (MQ=255) gCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCTACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCACCACCGTATTAAgg > 2:150837/1‑148 (MQ=255) tGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACAAATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGTTTCACCCGCGAAGAGGCCGGACCGGATGGCAAATTTATAACCGCCGTAAACTGTTGCCGCCACCACCGAATTAAGGCaa > 6:309979/1‑149 (MQ=255) tgCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCTCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCTACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCACCACCGTATTAAGGCAAGTgg < 2:335760/146‑1 (MQ=255) cTTTCGCGGGTAAACCCGCCCGTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGATCGGGTTCACACGCGAAGAGGCATGACCTGCTGGCCAATTTCTACCCGCCGTTCACTGTTGCCTCCACCACCGTAt < 1:60159/127‑1 (MQ=255) cTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCAGAGGCCGTCGTGTAGGATCTGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCTACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCACCACCGTATTAAGGc < 3:8604/133‑1 (MQ=255) cTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCTACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCACCACCGTATTAAGGCAAGTGGAAGCGCggg < 1:304922/148‑1 (MQ=255) cTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTAGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGACATGCTGGCCAATTTCTACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCACCACCGTAt > 2:60159/1‑127 (MQ=255) | CGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCCTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTATACACATGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGACCTGCTGGCCAATTTCTACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCACCACCGTATTAAGGCAAGTGGAAGCGCGGG > NC_002947/5634458‑5634751 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |