New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1579919 | 47 (0.830) | 4 (0.080) | 4/242 | NT | 8.3% | coding (1478/3153 nt) | ttgB | efflux pump membrane protein TtgB |
? | NC_002947 | = 1579940 | 45 (0.850) | coding (1457/3153 nt) | ttgB | efflux pump membrane protein TtgB |
AGATGGCGCCTACACTGCGCTCGTAGCCGTTGACGCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCGAGAGCACCAGGGCGATACCCACCAGGGCGCCCTGGAT > NC_002947/1579794‑1580085 | aGATGGCGCCTACACTGCGCTCGTAGCCGTTGACGCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAgc > 3:170292‑M2/1‑147 (MQ=255) ggCGCCTACACTGCGCTCGTAGCCGTTGACGCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAgcgcaa < 8:6487‑M2/149‑7 (MQ=255) gcCTACACTGCGCTCGTAGCCGTTGACGCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCAAGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAgcgcaac < 3:279236‑M2/147‑8 (MQ=255) ccTACACTGCGCTCGTAGCCGTTGACGCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTAGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAg > 4:283746/1‑149 (MQ=255) tACACTGCGCTCGTAGCCGTTGACGCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCa > 4:253398/1‑137 (MQ=255) tACACTGCGCTCGTAGCCGTTGACGCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCa < 3:253398/137‑1 (MQ=255) tGCGCTCGTAGCCGTTGACGCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGa > 1:280121/1‑148 (MQ=255) tGCGCTCGTAGCCGTTGACGCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGa > 2:297697/1‑148 (MQ=255) tAGCCGTTGACGCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCAt < 1:362431/149‑1 (MQ=255) tAGCCGTTGACGCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCAt > 1:46186/1‑149 (MQ=255) cGTTGACGCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGcc < 2:46186/149‑1 (MQ=255) cGTTGACGCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGc < 3:44310/148‑1 (MQ=255) gTTGACGCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCg < 3:283746/149‑1 (MQ=255) ttGACGCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCga < 4:158080/149‑1 (MQ=255) gCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGa < 1:342577/149‑1 (MQ=255) gCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGa < 1:322777/149‑1 (MQ=255) tGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGATGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATg > 1:266971/1‑149 (MQ=255) ggTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGc < 2:280121/149‑1 (MQ=255) ggTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGc < 7:6487/149‑1 (MQ=255) ggTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGc < 4:283667/149‑1 (MQ=255) gTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGcc > 1:148877/1‑149 (MQ=255) aCCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCgg > 6:333111/1‑146 (MQ=255) ccAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGc < 4:77203/117‑1 (MQ=255) ccAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGc > 3:77203/1‑117 (MQ=255) ccAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCgg > 2:183592/1‑145 (MQ=255) gCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATca < 4:279236/149‑1 (MQ=255) aagaagCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACAcc > 3:187912/1‑149 (MQ=255) cACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAg > 3:139063/1‑149 (MQ=255) ggtgCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGc > 6:295395/1‑148 (MQ=255) gtgCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCa < 2:266971/149‑1 (MQ=255) cttcttCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGgcag > 4:232857/1‑147 (MQ=255) gCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGcc > 5:151452/1‑149 (MQ=255) tttGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGACCGCCATGGGCAGCAGTACGGCCga > 8:66527/1‑147 (MQ=255) gAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAgcgcaaccatgctcaaaccgctgaagaagggcgagcaccacaccgccaaaggtggcttcttcggctggttcaaccgcaacttcgaccgcagcgtcaacggctacgagcgcagtg < 4:39236‑M2/149‑115 (MQ=255) aGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCaaa > 2:62115/1‑116 (MQ=255) gCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCGAGAGCAc > 8:25563/1‑148 (MQ=255) cATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAgcgcaaccatgctcaaaccgctgaagaagggcgagcaccacaccgccaaaggtggcttcttcggctggttcaac > 5:150441‑M2/1‑32 (MQ=255) cATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAgcgcaaccatgctcaaaccgctgaagaagggcgagcaccacaccgccaaaggtggcttcttcggctggttcaac < 6:150441‑M2/106‑75 (MQ=255) cATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTg > 7:144848/1‑103 (MQ=255) cATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTg < 8:144848/103‑1 (MQ=255) aTGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCgg > 5:111125/1‑87 (MQ=255) aTGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCgg < 6:111125/87‑1 (MQ=255) ggTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCga < 1:186681/138‑1 (MQ=255) ggTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCga > 2:186681/1‑138 (MQ=255) ggTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCAGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCGAGAGCACCAggg > 2:243394/1‑149 (MQ=255) gTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAgcgcaaccatgctcaaaccgctgaagaagggcgagcaccacaccgccaaaggtggcttcttcggctggttcaaccgcaacttcgaccgcagcgtcaacggctacgagcgcagtgtaggcgc < 8:232861‑M2/149‑122 (MQ=255) gTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCGAGAGCACCAggg < 5:333111/148‑1 (MQ=255) gTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCGAGAGCACCAGGGc < 1:183592/149‑1 (MQ=255) gcgcAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCGAGAGCACCAGGGCGa < 2:148877/148‑1 (MQ=255) agagCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCGAGAGCACCAGGGCGATAccc < 6:151452/149‑1 (MQ=255) gggTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCGAGAGCACCAGGGCGATACCCACCAGGgcg > 8:107402/1‑149 (MQ=255) ggTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCTGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCGAGAGCACCAGGGCGATACCCACCAGGgcgc < 5:295395/149‑1 (MQ=255) gTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCGAGAGCAcc < 1:321514/126‑1 (MQ=255) gTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCGAGAGCAcc > 2:321514/1‑126 (MQ=255) aaGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCGAGAGCACCAGGGCGATACCCACCAGGGCGCCCTg > 2:225320/1‑149 (MQ=255) aTCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCGAGAGCACCAGGGCGATAACCACCAGGGCGCCCTGGAt > 8:244061/1‑149 (MQ=255) cAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCGAGAGCACCAGGGCGATACCCACCAGGGCGCCCTGGAt > 6:262792/1‑147 (MQ=255) cAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCGAGAGCACCAGGGCGATACCCACCAGGGCGCCCTGGAt < 5:262792/147‑1 (MQ=255) | AGATGGCGCCTACACTGCGCTCGTAGCCGTTGACGCTGCGGTCGAAGTTGCGGTTGAACCAGCCGAAGAAGCCACCTTTGGCGGTGTGGTGCTCGCCCTTCTTCAGCGGTTTGAGCATGGTTGCGCAGAGCGCCGGGGTGAAGATCAGCGCAACCAGCACCGACAGGCCCATGGCCGAGACGATGGTGATGGAGAACTGCCGGTAGATCACACCCGTGGAGCCGCCAAAGAACGCCATGGGCAGCAGTACGGCCGAGAGCACCAGGGCGATACCCACCAGGGCGCCCTGGAT > NC_002947/1579794‑1580085 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |