New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3092861 = | 43 (0.760) | 3 (0.060) | 3/246 | NT | 6.6% | coding (822/939 nt) | PP_2701 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 3092943 = | 44 (0.820) | coding (904/939 nt) | PP_2701 | LysR family transcriptional regulator |
GGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAGGCGTCCATAAAGGGCCCAGCGG > NC_002947/3092796‑3093090 | aggcgggcgataacccaagcaacgtctcactaggcatgtactaccacttctgaccccacggggcgGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGAccc > 4:254206‑M1/66‑148 (MQ=255) tATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCAACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGcc > 4:213344/1‑149 (MQ=255) ttCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAg > 8:336462/1‑148 (MQ=255) tcgCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTg < 3:20718/149‑1 (MQ=255) gCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTgg < 7:336462/148‑1 (MQ=255) ccATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGgta < 5:231596/149‑1 (MQ=255) aTGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGgtagt < 4:214254/149‑1 (MQ=255) ggATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCtt < 3:213344/149‑1 (MQ=255) ccccATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTa < 3:125759/149‑1 (MQ=255) ccATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGCCGTTGCTTGGGTTATc > 8:90059/1‑149 (MQ=255) cATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGtt > 5:364586/1‑136 (MQ=255) cATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGtt < 6:364586/136‑1 (MQ=255) cATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATcg > 3:168598/1‑149 (MQ=255) cATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTACACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATcg > 6:29626/1‑149 (MQ=255) tCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATcgcc < 5:29626/149‑1 (MQ=255) gggtctgcttgagcacctgcccgcgcaagctgtggaacagctcctgggcaggcgccgtgaggctgtggcggtcgatgcagaccCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCt > 4:254206‑M2/84‑148 (MQ=255) ggtctgcttgagcacctgcccgcgcaagctgtggaacagctcctgggcaggcgccgtgaggctgtggcggtcgatgcagaccCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGTGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGa > 7:166979‑M2/83‑149 (MQ=255) GTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATcgcccgcc > 2:255056‑M1/1‑145 (MQ=255) aTCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTg < 2:62138/141‑1 (MQ=255) aTCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTg > 1:62138/1‑141 (MQ=255) aCCGCCACAGCCTCAGTGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCggg < 5:222679/147‑1 (MQ=255) aCCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCg > 3:335244/1‑145 (MQ=255) aCCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCg < 4:335244/145‑1 (MQ=255) aCCGCCACAGACTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGAGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGACTAGTGAGACGTTTCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACAggg > 6:222679/1‑147 (MQ=255) ccACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACTTGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCg > 1:295372/1‑149 (MQ=255) cacaGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTgg < 6:52559/117‑1 (MQ=255) cacaGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTgg > 5:52559/1‑117 (MQ=255) cacaGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCgg > 5:331923/1‑149 (MQ=255) cTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAgg > 1:39264/1‑149 (MQ=255) tCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCt < 4:291787/107‑1 (MQ=255) tCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCt > 3:291787/1‑107 (MQ=255) aCGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAt < 7:66784/125‑1 (MQ=255) aCGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAt > 8:66784/1‑125 (MQ=255) ggCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCtt < 5:355633/104‑1 (MQ=255) ggCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCtt > 6:355633/1‑104 (MQ=255) cccAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAg < 4:168598/147‑1 (MQ=255) ctgggcaggcgccgtgaggctgtggcggtcgatgcagaccCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTgg < 3:254206‑M2/109‑1 (MQ=255) tGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGtt > 8:715/1‑149 (MQ=255) ccACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGATCCCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTgg < 1:69167/148‑1 (MQ=255) ccACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTgg > 2:69167/1‑147 (MQ=255) ccACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGc > 5:318930/1‑148 (MQ=255) gCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGGGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCAt < 2:295372/149‑1 (MQ=255) cTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATg > 2:74470/1‑149 (MQ=255) gcgGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAg < 6:331923/149‑1 (MQ=255) gcgGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAg < 7:715/149‑1 (MQ=255) cgGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTGCCCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAg < 1:74470/149‑1 (MQ=255) cgGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAgg > 7:48518/1‑149 (MQ=255) gTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAGGCGTCCa > 6:241214/1‑148 (MQ=255) gTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGAAGCAGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAGGCGTCCa > 1:302594/1‑148 (MQ=255) tGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAGGCGTCCAt > 5:122657/1‑148 (MQ=255) cTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAGGCGTCCATa > 7:44944/1‑147 (MQ=255) aaGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAGGCGTCCATAAAggg < 6:318930/149‑1 (MQ=255) aGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAGGCGTCCATAAAGGGc < 6:122657/149‑1 (MQ=255) cCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAGGCGTCCATAAAGGGCCCAGCgg > 5:334354‑M2/2‑149 (MQ=255) cCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAGGCGTCCATAAAGGGCCCAGCgg > 5:339728‑M2/2‑149 (MQ=255) cCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAGGCGTCCATAAAGGGCCCAGCgg > 3:210477‑M2/2‑149 (MQ=255) cCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAGGCGTCCATAAAGGGCCCAGCgg > 6:152423‑M2/2‑149 (MQ=255) | GGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGAT‑CCACCGGGGTG‑CCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAGGCGTCCATAAAGGGCCCAGCGG > NC_002947/3092796‑3093090 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |