New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3214224 | 49 (0.860) | 3 (0.060) | 3/248 | NT | 5.9% | coding (139/3129 nt) | mexD | multidrug RND transporter MexD |
? | NC_002947 | = 3214263 | 49 (0.910) | coding (178/3129 nt) | mexD | multidrug RND transporter MexD |
CCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATGGCGCAGGTCGACGTG > NC_002947/3214120‑3214406 | ccTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTcggtg > 5:205516‑M2/1‑144 (MQ=255) cTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTcggtga > 4:25581‑M2/1‑143 (MQ=255) gggTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGAc > 6:71236/1‑148 (MQ=255) ggTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCGCAGTTCTCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCa < 2:285736/149‑1 (MQ=255) ggTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCa < 6:98479/149‑1 (MQ=255) cGTTGTTCATTTCACTGGCCGGGTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCatcatc < 2:129900/149‑1 (MQ=255) gttCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGaa > 6:154714/1‑148 (MQ=255) gttCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGaa < 2:122680/148‑1 (MQ=255) ttCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGaa > 5:62664/1‑147 (MQ=255) ttCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACa < 1:347114/149‑1 (MQ=255) cATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGt > 6:130063/1‑149 (MQ=255) tttCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCg > 7:145055/1‑149 (MQ=255) tttCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCg > 3:27195/1‑149 (MQ=255) tGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCTCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACAAGAATCATCGAACAGTCGCTCAAc > 3:237354/1‑149 (MQ=255) gCCGGTGTGCTGGTGATTCCTTCCTTGACAGTTGCCCATTACCCCAACGTGGCGCCACCTCAGATCTCCATCACCGCCTCCTAACCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTTGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACg < 8:152055/148‑1 (MQ=255) tccTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGTTCAATTACACCTAACTGGCGACAACGGAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCaa < 2:28974/146‑1 (MQ=255) tGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCaa < 5:71236/148‑1 (MQ=255) tGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGAACTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACa > 7:168782/1‑127 (MQ=255) tGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGAACTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACa < 8:168782/127‑1 (MQ=255) gTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCct > 8:265785/1‑149 (MQ=255) tgtttCCAGCCTTGCCCGTGTCCCAGTACCCCCACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCctg < 6:252527/146‑1 (MQ=255) aTTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCctgct < 3:289415/149‑1 (MQ=255) ttCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCctgctg < 5:154714/149‑1 (MQ=255) cTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGtactac < 8:145055/148‑1 (MQ=255) ttGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGtactac > 4:25770/1‑147 (MQ=255) gCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAg < 6:62664/148‑1 (MQ=255) cccAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACcaa > 2:13347/1‑148 (MQ=255) ccAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGtactac < 1:209496/136‑1 (MQ=255) ccAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGtactac > 2:209496/1‑136 (MQ=255) aGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCaacaac < 5:104704/149‑1 (MQ=255) aGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCaacaac < 5:215166/149‑1 (MQ=255) cccAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGTCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTcc > 1:266362/1‑148 (MQ=255) tGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTg < 5:130063/149‑1 (MQ=255) ggCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTcc > 4:216824/1‑127 (MQ=255) ccGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGt < 5:143828/149‑1 (MQ=255) ccGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGt < 4:27195/149‑1 (MQ=255) gCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGa < 7:265785/149‑1 (MQ=255) aGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATg < 3:25770/149‑1 (MQ=255) tctcCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGt < 5:7573/133‑1 (MQ=255) tctcCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGt > 6:7573/1‑133 (MQ=255) ctcCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGa > 3:7160/1‑149 (MQ=255) tcCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGAt < 5:132757/143‑1 (MQ=255) tcCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGAt > 6:132757/1‑143 (MQ=255) cATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTcggtgatggagatctgcggtggcgccacgttggggtactgggccacgggcaaggatggaatcaccagcaaaccggccagtgaaatgaacaacgccacgacc < 6:232644‑M2/148‑102 (MQ=255) cATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCt > 4:316901/1‑149 (MQ=255) aTCACCGCCTCCTACCCCGGAG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCAACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCtt > 1:313074/1‑149 (MQ=255) tCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTcggtgatggagatctgcgttggcgccactttggtttaatctgccacgggcaaggatggaatcaccagcaaaccggccagtgaaatgaacaacgccacgacccag < 6:95771‑M2/149‑105 (MQ=255) aCCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGACAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCGAACGGCGTGGCCTAAGTGATGGTGACCTTCGa < 4:237354/149‑1 (MQ=255) gCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTcggtgatggagatctgcggtggcgccacgttggggtactgggccacgggcaaggatggaatcaccagcaaaccggccagtgaaatgaacaacgccacgacccaggcgaa > 5:232644‑M2/1‑40 (MQ=255) aCCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCAcc > 3:297406/1‑149 (MQ=255) aCCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCAcc > 4:3458/1‑149 (MQ=255) cccGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGa > 5:99684/1‑149 (MQ=255) ccGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGAc < 1:13347/149‑1 (MQ=255) ttCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCAcc > 2:25676/1‑139 (MQ=255) ttCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCAcc < 1:25676/139‑1 (MQ=255) ggCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATg < 3:316901/148‑1 (MQ=255) tggAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATGGCGCAGGTCGACGTg < 4:297406/149‑1 (MQ=255) gAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATGGCGCAGGTCGACGTg > 6:102862/1‑147 (MQ=255) | CCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCG‑CTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATGGCGCAGGTCGACGTG > NC_002947/3214120‑3214406 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |