New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3729852 = | 28 (0.490) | 4 (0.070) | 4/246 | NT | 12.6% | coding (341/435 nt) | PP_3296 | putative transporter |
? | NC_002947 | 3729887 = | 29 (0.540) | coding (376/435 nt) | PP_3296 | putative transporter |
CAGGCGCGACATCGACCGTCGACTCGTCGGGGGGAGCCTGGTTTTCGGCATAGGCTGGGGGCTTGCCGGCGTATGTCCGGGGCCGGTGCTGGTGTTACTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAGGCACTTACTGAGTGTAACTCTACTAAATGAATATTTAGCGTAGTTATTCC > NC_002947/3729739‑3730033 | cAGGCGCGACATCGACCGTCGACTCGTCGGGGGGAGCCTGGTTTTCGGCATAGGCTGGGGGCTTGCCGGCGTATGTCCGGGGCCGGTGCTGGTGTTCCTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCg < 5:45991/149‑1 (MQ=255) gcgACATCGACCGTCGACTCGTCGGGGGGAGCCTGGTTTTCGGCATAGGCTGGGGGCTTGCCGGCGTATGTCCGGGGCCGGTGCTGGTGTTACTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATg > 3:248319/1‑149 (MQ=255) cgACATCGACCGTCGCCGCGTCGGGGGGAGCCTGGTTTTCGGCATAGGCTGGGGGCTTGCCGGCGTATGTCCGGGGCCGGTGCTGGGGTTACTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATgg < 3:359099/149‑1 (MQ=255) aTCGACCGTCGACTCGTCGGGGGGAGCCTGGTTTTCGGCATAGGCTGGGGGCTTGCCGGCGTATGTCCGGGGCCGGTGCTGGTGTTACTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAgt < 2:253262/149‑1 (MQ=255) cttattctgatatcgatcagaactcaattgtttaccgtcaaaccctgccctgatgacggctgcgaaacgcttccgcaacattaaacactcccataccGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTaa > 6:113149‑M1/98‑149 (MQ=255) cGTCGACTCGTCGGGGGGAGCCTGGTTTTCGGCATAGGCTGGGGGCTTGCCGGCGTATGTCCGGGGCCGGTGCTGGTGTTACTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTaa < 8:3463/149‑1 (MQ=255) aCTCGTCGGGGGGAGCCTGGTTTGCGGCATCGGCGGGGGGCTTGCCGGCGAATGTCCGGGGCCGGTGCTGGTGTTCCTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTg < 3:112969/149‑1 (MQ=255) tatcgatcagaactcaattgtttaccgtcaaaccctgccctgatgacggctgcgaaacgcttccgcaacattaaacactcccataccGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATg > 5:327255‑M1/88‑141 (MQ=255) tatcgatcagaactcaattgtttaccgtcaaaccctgccctgatgacggctgcgaaacgcttccgcaacattaaacactcccataccGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATg < 6:327255‑M1/54‑1 (MQ=255) gggAGCCTGGTTTTCGGCATAGGCTGGGGGCTTGCCGGCGTATGTCCGGGGCCGGTGCTGGTGTTACTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGtt > 4:107115/1‑149 (MQ=255) ccTGGTTTTCGGCATAGGCTGGGGGCTTGCCGGCGTATGTCCGGGGCCGGTGCTGGTGTTACTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGTAGCGTTTCg > 6:99066/1‑147 (MQ=255) gCATAGGCTGGGGGCTTGCCGGCGTATGTCCGGGGCCGGTGCTGGTGTTACTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATcag > 2:167747/1‑149 (MQ=255) ggCTTGCCGGCGTATGTCCGGGGCCGGTGCTGGTGTTACTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGa < 4:190414/149‑1 (MQ=255) ggCTGGCCGGCGTATGGCCGGGGCCGGGGCGGGGGGTACTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGa < 4:248319/149‑1 (MQ=255) gCCGGCGTCCGTCCGGCGCCGGTGCTGGTGTCACTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGt < 4:41928/148‑1 (MQ=255) gCGTATGTCCGGGGCCGGTGCTGGTGTTACTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATcaggg > 1:325534/1‑130 (MQ=255) gTATGTCCGGGGCCGGTGCTGGTGTTACTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAAt > 2:57256/1‑149 (MQ=255) tATGTCCGGGGCCGGTGCTGGTGTTACTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAAtt < 3:107115/149‑1 (MQ=255) tGTCCGGGGCCGGTGCTGGTGTTACTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGa < 4:177775/149‑1 (MQ=255) gTGCGGGTGTTACTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGat < 6:73924/149‑1 (MQ=255) cattaaacactcccataccggcaagcatcgcgagcacgaatagccaggcttgccGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGata < 6:327255‑M2/87‑1 (MQ=255) cattaaacactcccataccggcaagcatcgcgagcacgaatagccaggcttgccGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGata > 5:327255‑M2/55‑141 (MQ=255) ttaaacactcccataccggcaagcatcgcgagcacgaatagccaggcttgccGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAg > 6:113149‑M2/53‑149 (MQ=255) aCTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGTAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATaa < 5:99066/148‑1 (MQ=255) aCTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAg > 6:202708/1‑149 (MQ=255) cTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAg < 1:167747/148‑1 (MQ=255) gCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAGGCAc > 2:14032/1‑149 (MQ=255) ggTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAGGCACTTACTGa < 1:57256/149‑1 (MQ=255) aCTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAGGCACTTACTGAgtg > 1:308570/1‑149 (MQ=255) cagggaaGCCTGGCGATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATTGGTGTGTTTAATTTTGTGGAATCGTTTTGCAGCTTAGGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAGGCACTTACTGAg < 1:293505/144‑1 (MQ=255) tGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTg > 6:308927/1‑109 (MQ=255) tGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTg < 5:308927/109‑1 (MQ=255) GGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAGGCACTTACTGAGTGTaa < 4:81952‑M1/149‑1 (MQ=255) AAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAGGCACTTACTGAGTGTAActc > 5:154370‑M1/1‑149 (MQ=255) cTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATaa < 2:186847/120‑1 (MQ=255) tATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAGGCACTTACTGAGTGTAACTCTACTAAAt > 8:41291/1‑148 (MQ=255) gTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGatat < 7:208057/106‑1 (MQ=255) gTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGatat > 8:208057/1‑106 (MQ=255) tagccaggcttgccGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAGGCACTTACTGAGTGTAACTCTACTAAATGAATATTTAg < 5:113149‑M2/135‑1 (MQ=255) aTGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAGGCACTTACTGAGTGTAACTCTACTAAATGAATATTTAGCGTAg > 6:101089/1‑149 (MQ=255) aTGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAGGCACTTACTGAGTGTAACTCTACTAAATGAATATTTAGCGTAg < 5:202708/149‑1 (MQ=255) tGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAGGCACTTACTGAGTGTAACTCTACTAAATGAATATTTAGCGTAGt < 2:308570/149‑1 (MQ=255) ttgccGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAGGCACTTACTGAGTGTAACTCTACTAAATGAATATTTAGCGTAGGTAt > 4:40753‑M2/6‑149 (MQ=255) ccGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAGGCACTTACTGAGTGTAACTCTACTAAATGAATATTTAGCGTAGTTATTcc < 3:81952‑M2/147‑1 (MQ=255) | CAGGCGCGACATCGACCGTCGACTCGTCGGGGGGAGCCTGGTTTTCGGCATAGGCTGGGGGCTTGCCGGCGTATGTCCGGGGCCGGTGCTGGTGTTACTCGCCGGGGGGTACTGGCAAGCCTGGCTATTCGTGCTCGCGATGCTTGCCGGTATGGGAGTGTTTAATGTTGCGGAAGCGTTTCGCAGC‑‑‑CGTCATCAGGGCAGGGTTTGACGGTAAACAATTGAGTTCTGATCGATATCAGAATAAGGCACTTACTGAGTGTAACTCTACTAAATGAATATTTAGCGTAGTTATTCC > NC_002947/3729739‑3730033 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |