New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4146453 = | 64 (1.130) | 3 (0.060) | 3/244 | NT | 5.3% | coding (536/2184 nt) | PP_3651 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
? | NC_002947 | 4146516 = | 47 (0.880) | coding (599/2184 nt) | PP_3651 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
AGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAGCCGCCTGCGCAGCGGCCTGGCCCTGGTGATCAAT > NC_002947/4146368‑4146655 | aGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGa > 7:335811/1‑149 (MQ=255) catgcaggtgatagtggcccaccaggcgtggtgaaccgggggtcactgcatcgccgcaaatggtgaaaccgtcctcgtcggggtCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGa > 8:223646‑M1/85‑148 (MQ=255) gTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATCCCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGAccc < 6:303771/149‑1 (MQ=255) accaaccaGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCcgacga < 4:124528/149‑1 (MQ=255) caaccaGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAgg < 2:361278/149‑1 (MQ=255) cTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCAc > 7:292208/1‑149 (MQ=255) tGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCAc > 1:238056/1‑148 (MQ=255) aCTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCAtt < 5:360222/149‑1 (MQ=255) tttCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTCTCCAGCTCCGCCTATGCGGTTATGGACCCCGACGAGCACGGTTTAACCATTTg > 8:275845/1‑149 (MQ=255) tctcGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTg < 7:275845/147‑1 (MQ=255) tctcGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTAAGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTgcg > 5:294094/1‑149 (MQ=255) gATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTgcggc < 2:40334/147‑1 (MQ=255) gATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGa < 5:181113/149‑1 (MQ=255) aTACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGAt > 5:87469/1‑149 (MQ=255) tACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATg < 4:55145/149‑1 (MQ=255) cccTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCa < 8:292208/149‑1 (MQ=255) ccTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGAGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAg > 3:67482/1‑149 (MQ=255) gggCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGAc < 4:67482/149‑1 (MQ=255) gAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGAccccc > 8:172623/1‑149 (MQ=255) gCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCgg > 8:79665/1‑149 (MQ=255) ccGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTcacca > 4:20481/1‑149 (MQ=255) ccGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTcacca > 6:158055/1‑149 (MQ=255) cGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTca > 3:33842/1‑145 (MQ=255) cGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTca < 4:33842/145‑1 (MQ=255) accgtccCGGACCAGATACTTTCCATCACCACCCGCAAGCTGGTCGTGCACATTGGCCTGTCCTGCTGCGCCTATGCGGTGCTGGACGCCGACGAGGAGGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCt‑ggt < 6:309624/149‑1 (MQ=255) cgaccCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCt‑ggtgg < 2:238056/149‑1 (MQ=255) ccGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGtt > 4:129928/1‑130 (MQ=255) ccGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGtt < 3:129928/130‑1 (MQ=255) ggACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCAc > 3:179177/1‑148 (MQ=255) gACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTa > 5:277726/1‑149 (MQ=255) gACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATCCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTa < 5:151947/149‑1 (MQ=255) gATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCAcc < 3:20481/149‑1 (MQ=255) tCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGt < 8:16908/109‑1 (MQ=255) tCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGt > 7:16908/1‑109 (MQ=255) aTGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGc < 6:277726/148‑1 (MQ=255) tGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCa > 8:340970/1‑136 (MQ=255) tGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCa < 7:340970/136‑1 (MQ=255) tGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGCAt < 3:122537/149‑1 (MQ=255) tccatcaccgcataggcgcagctggacaggccaaggtgctcgaccagcatgcgggtggtgatggACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGCATg > 8:223646‑M2/65‑148 (MQ=255) catcaccgcataggcgcagctggacaggccaaggtgctcgaccagcatgcgggtggtgatggACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGCATGACt > 1:11059‑M2/63‑149 (MQ=255) CATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGCATGACt > 4:179177‑M1/1‑149 (MQ=255) TCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTc > 5:158055‑M1/1‑149 (MQ=255) TCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTc > 8:335811‑M1/1‑149 (MQ=255) accgcataggcgcagctggacaggccaaggtgctcgaccagcatgcgggtggtgatggACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCg < 2:11059‑M2/90‑1 (MQ=255) ACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCgg > 7:172623‑M1/1‑149 (MQ=255) CACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCAc < 7:140648‑M1/78‑1 (MQ=255) CACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCAc > 8:140648‑M1/1‑78 (MQ=255) cccGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGgccgc < 1:140417/149‑1 (MQ=255) cTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTCAGAGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTg > 1:302209/1‑149 (MQ=255) gAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAgccg > 3:211927/1‑149 (MQ=255) aGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAgccgc < 5:28491/149‑1 (MQ=255) gCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGAc < 3:123087/81‑1 (MQ=255) gCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGAc > 4:123087/1‑81 (MQ=255) ccTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGAAGGTTTAACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCGACTATCAGCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAGCCGACTgc > 7:247825/1‑149 (MQ=255) cTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCa > 4:200365/1‑104 (MQ=255) cTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCa < 3:200365/104‑1 (MQ=255) ccTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTc < 4:307751/118‑1 (MQ=255) ccTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTc > 3:307751/1‑118 (MQ=255) tGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAGCCGCCTGCGCAGCGGc > 2:161138/1‑149 (MQ=255) cGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAGCCGCCTGCGCAGCGGCCTGGCCCTGGTGATCAAt < 1:161138/149‑1 (MQ=255) ggtgatggACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTCGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTCTCAGCCGCCTGCGCAGCCGCCTGGCCCTGGTGATCAAt > 4:342056‑M2/9‑148 (MQ=255) | AGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCT‑GGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAGCCGCCTGCGCAGCGGCCTGGCCCTGGTGATCAAT > NC_002947/4146368‑4146655 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |