New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4147192 = | 48 (0.850) | 3 (0.050) | 3/252 | NT | 6.3% | coding (1275/2184 nt) | PP_3651 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
? | NC_002947 | 4147238 = | 42 (0.760) | coding (1321/2184 nt) | PP_3651 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
GGCCGAGGAGCGCCGCGAGCGCTACCTCAAGACCATGTCCGACACGGTCGACCGTGGTGCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCAGTTGGAAACCGCGATAATCAACCTGATGCTCAACGGCCGCGATGCCATGGCTGG > NC_002947/4147093‑4147386 | catctggctgaggtcggcgcggatgtggcagggcgcttgcggtaactgcagctcgacccggatgcgcgcgccagtgacggtgtcgagcatgtcggccatGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATgg > 3:57091‑M1/100‑149 (MQ=255) ccGAGGAGCGCCGCGAGCGCTACCTCAAGACCATGTCCGACACGGTCGACCGTGGTGCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGcc < 1:139851/149‑1 (MQ=255) gaggagCGCCGCGAGCGCTACCTCAAGACCATGTCCGACACGGTCGACCGTGGTGCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGa < 8:260808/149‑1 (MQ=255) aggagCGCCGCGAGCGCTACCTCAAGACCATGTCCGACACGGTCGACCGTGGTGCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGAc < 7:123896/149‑1 (MQ=255) ccgcGAGCGCTACCTCAAGACCATGTCCGACACGGTCGACCGTGGTGCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTc > 6:198779/1‑148 (MQ=255) gACCATGTCCGACACGGTCGACCGTGGTGCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGgcgcgc < 2:215989/149‑1 (MQ=255) cacGGTCGACCGTGGTGCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTc < 6:206419/148‑1 (MQ=255) atctgTCGCCCGGGGTGCCAAACTGACCGGTCAGCTCCTGGCCTGCGCCCGCCGCCCGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGCGGCCATGGCCGACATGCGCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCg < 8:235232/145‑1 (MQ=255) acGGTCGACCGTGGTGCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATg < 8:104228/105‑1 (MQ=255) acGGTCGACCGTGGTGCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATg > 7:104228/1‑105 (MQ=255) tCGACCGTGGTGCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCGCAGCCCCCAGGGGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCCGGGCCGACATGCTCGCCCCCGTCCCTGGCGCGCGCATCCGGGGCg > 7:235232/1‑144 (MQ=255) tCGACCGGGGTGCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCGTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTg < 2:359178/149‑1 (MQ=255) gACCGTGGTGCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCa < 6:292993/149‑1 (MQ=255) aCCGTGGTGCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAg < 5:198779/149‑1 (MQ=255) ccGTGGTGCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGgcgcg < 5:251202/127‑1 (MQ=255) ccGTGGTGCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGgcgcg > 6:251202/1‑127 (MQ=255) tggtgCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTAc < 3:70941/149‑1 (MQ=255) gtgCAAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCg < 6:28867/149‑1 (MQ=255) gCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGc > 5:52016/1‑148 (MQ=255) ccGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGc < 4:35237/149‑1 (MQ=255) gTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGTCCGGGCCTCGGCTGAAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAgcgttgcggg > 5:251884/1‑140 (MQ=255) tGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGcc > 5:320305/1‑149 (MQ=255) gCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGa > 6:61625/1‑149 (MQ=255) gCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGa > 6:199500/1‑149 (MQ=255) gCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGa > 7:79810/1‑149 (MQ=255) ttCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGCTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCt > 4:152599/1‑149 (MQ=255) gCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGCTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCa < 3:152599/148‑1 (MQ=255) cccGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGc > 4:185606/1‑149 (MQ=255) cccGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGc > 5:286418/1‑149 (MQ=255) cccGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGc > 2:286766/1‑149 (MQ=255) cccGACGCCAGGCCCTCAGCCAACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCTCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGc > 4:196930/1‑149 (MQ=255) aCGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCaat < 6:52016/149‑3 (MQ=255) aCGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCAGt > 7:131560/1‑149 (MQ=255) cGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCAGtt < 8:79810/149‑1 (MQ=255) cGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCAGtt < 5:199500/149‑1 (MQ=255) ccatggcctccagccgaggcccggcctcgaacacctgtgggctgagggccATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCAGATg > 3:57091‑M2/51‑149 (MQ=255) aGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCAGTTGGa > 1:153554/1‑148 (MQ=255) cctccagccgaggcccggcctcgaacacctgtgggctgagggccATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCAGTTGGa > 1:316593‑M2/45‑145 (MQ=255) cctccagccgaggcccggcctcgaacacctgtgggctgagggccATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCAGTTGGa < 2:316593‑M2/101‑1 (MQ=255) CCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTc > 5:275427‑M1/1‑133 (MQ=255) CCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTc < 6:275427‑M1/133‑1 (MQ=255) aGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCAGTTGGAAACCGCGa < 5:247414/148‑1 (MQ=255) ccACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGGCATGCTCGac > 7:123658/1‑54 (MQ=255) ccACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGGCATGCTCGac < 8:123658/54‑1 (MQ=255) aGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCAGTTGGAAACCGCGATAATCAAc < 5:61625/149‑1 (MQ=255) gtgtTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCAGTTGGAAACCGCGATAATCAACCt < 2:153554/149‑1 (MQ=255) tCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCAGTTGGAAACCGCGATAATCAACCTGATg > 7:14331/1‑149 (MQ=255) gAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCAGTTGGAAACCGCGATAATCAACCTGATGc < 8:14331/148‑1 (MQ=255) aGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCTCATCCgg < 2:165307/65‑1 (MQ=255) cTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCAGTTGGAAACCGCGATAATCAACCTGATGCTCAACGGCcgc > 1:2392/1‑149 (MQ=255) gAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCAGTTGGAAACCGCGATAATCAACCTGATGCTCAACGGCCGCGATGCCAt > 7:183764/1‑149 (MQ=255) aTGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCAGTTGGAAACCGCGATAATCAACCTGATGCTCAACGGCCGCGATGCCAtggctgg < 6:320305/149‑1 (MQ=255) | GGCCGAGGAGCGCCGCGAGCGCTACCTCAAGACCATGTCCGACACGGTCGACCGTGGTGCCAAACTGACCGGTCAGCTACTGGCCTTCGCCCGACGCCAGGCCCTCAGCCCACAGGTGTTCGAGGCCGGGCCTCGGCTGGAGGCCATGGCCGACATGCTCGACACCGTCACTGGCGCGCGCATCCGGGTCGAGCTGCAGTTACCGCAAGCGCCCTGCCACATCCGCGCCGACCTCAGCCAGTTGGAAACCGCGATAATCAACCTGATGCTCAACGGCCGCGATGCCATGGCTGG > NC_002947/4147093‑4147386 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |