New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4233848 | 57 (1.010) | 4 (0.070) | 4/248 | NT | 6.9% | coding (1217/1512 nt) | PP_3711 | diguanylate cyclase |
? | NC_002947 | = 4233885 | 53 (0.980) | coding (1180/1512 nt) | PP_3711 | diguanylate cyclase |
CCAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGCAAACTCGTCGCCACCCAGGCGGGCCAAGGTGTCGTGCT > NC_002947/4233741‑4234025 | ccAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTAGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAActga < 1:253424‑M2/149‑5 (MQ=255) cAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAActgat > 1:32479‑M2/1‑144 (MQ=255) cAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAActga > 5:366191‑M2/1‑144 (MQ=255) aGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGAATACGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAActgatg < 8:327543‑M2/149‑7 (MQ=255) cATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTc > 7:176622/1‑148 (MQ=255) aaGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCg > 3:286726/1‑149 (MQ=255) aTAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAAcggcg > 4:4228/1‑149 (MQ=255) tAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGAATGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGGCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCGGATGCTGACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAAcggcgg > 7:151769/1‑149 (MQ=255) gATTACGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCt > 7:345254/1‑148 (MQ=255) ttACGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGAt > 3:124919/1‑149 (MQ=255) cGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGc > 3:55438/1‑149 (MQ=255) ggCCGTTACGCTTGGCCTTGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCTTCAGTTGCTCTGCCTGTTCATGGTCATCACGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGcc < 8:151769/149‑1 (MQ=255) ggCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGcc > 2:263760/1‑149 (MQ=255) ggCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGcc > 2:258788/1‑149 (MQ=255) gTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGa < 7:327543/149‑1 (MQ=255) tACGCTTGGCCTGGTACAGCTCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCGGGGTCATGTTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGAt < 3:30727/148‑1 (MQ=255) cGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAg < 8:176622/149‑1 (MQ=255) gCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCt > 1:23074/1‑141 (MQ=255) gCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCt < 2:23074/141‑1 (MQ=255) gCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTACCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAgg > 1:134127/1‑149 (MQ=255) gCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTAAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAgg < 6:259024/149‑1 (MQ=255) ttGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTATGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATCCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTAGATCCGGAACGGCGGGCTGAAGGCCTTGATCAGgcg > 2:167719/1‑149 (MQ=255) gCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCt < 2:253424/148‑1 (MQ=255) gTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGATCTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCgg > 8:219851/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTa < 4:55438/148‑1 (MQ=255) aGCGCCATGTCAGGGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGGCTGGTCATGGTGATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCAACCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTAtt < 4:239454/149‑1 (MQ=255) aGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTAtt < 3:339708/149‑1 (MQ=255) aGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTCATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTAtt < 4:251314/149‑1 (MQ=255) ccATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCAc > 1:223286/1‑149 (MQ=255) gTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAAGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCgg > 1:252620/1‑149 (MQ=255) gCCCAGCAGTTGCTCTGCGTGGTCATGGTCATGAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGGCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATACCGc < 1:167719/148‑1 (MQ=255) ccAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATg < 3:335262/104‑1 (MQ=255) ccAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATg > 4:335262/1‑104 (MQ=255) gcagTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTcc < 5:318082/149‑1 (MQ=255) ttGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGc < 1:86850/149‑1 (MQ=255) ctctGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCg > 1:248297/1‑149 (MQ=255) tcatggtcatCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGcaccac > 1:1184/1‑149 (MQ=255) tggtcatCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGc < 4:286726/149‑1 (MQ=255) ggtcatCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAActgatgaccatgaccaggcagagcaactgctgggctacgctgacatggcgctgtaccaggccaagcgtaacggccgtaatcgttatgaatgcttc > 7:336433‑M2/1‑46 (MQ=255) ggtcatCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAActgatgaccatgaccaggcagagcaactgctgggctacgctgacatggcgctgtaccaggccaagcgtaacggccgtaatcgttatgaatgcttc < 8:336433‑M2/141‑96 (MQ=255) gtcatCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAActgatgaccatgaccaggcagagcaactgctgggctacgctgacatggcgctgtaccaggccaagcgtaacggccgtaatcgttatgaatgcttcgatgtcgaa < 1:333992‑M2/149‑105 (MQ=255) tcatcaGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGCaaa < 2:134127/149‑1 (MQ=255) catcaGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGCAAAc > 3:170101/1‑149 (MQ=255) tcaGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGAGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCCCCCCGGCAAACtc > 8:28386/1‑149 (MQ=255) ggCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGATCTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGCAAACtcgtc < 7:219851/149‑1 (MQ=255) gcgcGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGCAAACtcgtcg > 5:320516/1‑149 (MQ=255) gatggcgatgCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCCGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCGGGCCCGTCAGCACCACGGCAAACTCGTCGCCAc < 1:263760/149‑1 (MQ=255) gatggcgatgCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCGGGCCCGTCAGCACCACGGCAAACTCGTCGCCAc < 1:258788/149‑1 (MQ=255) ccgatgcTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGCAAACTCGTCGCCACCCAGGCggg < 3:4228/148‑1 (MQ=255) atgcTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGCAAACTCGTCGCCACCCAGGCGGGcc > 5:88906/1‑147 (MQ=255) atgcTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGCAAACTCGTCGCCACCCAGGCGGGCCaa < 2:252620/149‑1 (MQ=255) tgcTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGCAAACTCTTCGCCACCCAGGCGGGCCAAg < 2:223286/149‑1 (MQ=255) tgcTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGCAAACTCGTCGCCACCCAGGCGGGCCAAg < 6:88906/149‑1 (MQ=255) tCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGCAAACtcgtc > 4:97935/1‑127 (MQ=255) tCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGCAAACtcgtc < 3:97935/127‑1 (MQ=255) aCCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGAGGCATCCCGCCCCTCCATGCCCGTCAGCACCACGGCAAACTCGTCGCCACCCAGGCGGGCCAAGGTGTc < 8:345254/149‑1 (MQ=255) cccccACCGCGAActgatgaccatgaccaggcagagcaactgctgggctacgctgacatggcgctgtaccaggccaagcgtaacggccgtaatcgttatgaatgcttcgatgtcgaactggacgttgccgcccgccagcgccgcctggt > 2:333992‑M2/1‑13 (MQ=255) cACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGCAAACTCGTCGCCACCCAGGCGGGCCAAGGTGTTGTGCt > 8:270539/1‑149 (MQ=255) aCCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGCAAACTCGTCGCCACCCAGGCGGGCCAAg > 4:107102/1‑138 (MQ=255) aCCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGCAAACTCGTCGCCACCCAGGCGGGCCAAg < 3:107102/138‑1 (MQ=255) cgcgAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGCAAACTCGTCGCCACCCAGGCGGGCCAAGGTGTc < 3:357988/141‑1 (MQ=255) | CCAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAGCCCAGCAGTTGCTCTGCCTGGTCATGGTCATCAGGCGCGATGGCGATGCCGATGCTCACCCCCACCGCGAACTGATGCCCTTCGATCCGGAACGGCGGGCTGATGGCCTTGATCAGGCGCTGCGCGGTATTGCACGCGGCATCCCGCCCCTCCAGGCCCGTCAGCACCACGGCAAACTCGTCGCCACCCAGGCGGGCCAAGGTGTCGTGCT > NC_002947/4233741‑4234025 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |