New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4394498 = | 46 (0.810) | 3 (0.050) | 3/254 | NT | 5.9% | coding (474/1488 nt) | PP_3869 | sheath protein |
? | NC_002947 | 4394568 = | 50 (0.900) | coding (404/1488 nt) | PP_3869 | sheath protein |
CCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGACCAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTGCCGGCCGCCTTGGTACCGGTCGCCTTGAGCGGCAGGCACCAGACCTCGCC > NC_002947/4394421‑4394716 | gccacggagggtggccaggtcaacctgtacatcggcggccagcgcgtgcgcgctacggtagccagtggcgcctcggcGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTgccgc > 5:184980‑M1/78‑149 (MQ=255) tGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGACCAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTgccgcc > 2:164671/1‑147 (MQ=255) cggagggtggccaggtcaacctgtacatcggcggccagcgcgtgcgcgctacggtagccagtggcgcctcggcGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAg > 7:89184‑M1/74‑149 (MQ=255) aGTTCCAGGTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGACCAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCAc < 8:57171/148‑1 (MQ=255) ttCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGACCAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTgg > 1:39883/1‑149 (MQ=255) ttCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGACCAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTgg > 3:146582/1‑149 (MQ=255) gCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGACCAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTAcc > 8:276255/1‑149 (MQ=255) gCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGACCAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTAcc > 5:253150/1‑149 (MQ=255) ggATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGACCAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGTGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCg > 5:339188/1‑147 (MQ=255) gATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGACCAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAg > 7:160492/1‑149 (MQ=255) cGCTGAGGCCGGACCAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACgcgc < 7:276255/149‑1 (MQ=255) gAGGCCGGACCAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGTGCGCGCtacg < 7:86465/149‑4 (MQ=255) gAGGCCGGACCAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGgc > 7:159399/1‑149 (MQ=255) ggCCGGACCAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGgccg > 4:195626/1‑149 (MQ=255) cGGACCAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGgccgcc > 6:99195/1‑148 (MQ=255) aCCAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATg < 4:146582/149‑1 (MQ=255) cAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCTATACGACAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACAGTAGCGCGCCCGCGCTGGCCGCAGAGGTa > 8:267945/1‑149 (MQ=255) cAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTa > 7:145035/1‑149 (MQ=255) cAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTa < 3:195626/149‑1 (MQ=255) cAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTa > 3:292841/1‑149 (MQ=255) aGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTAc < 6:306619/149‑1 (MQ=255) gTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGAc < 5:99195/149‑1 (MQ=255) gggCCACTTCACCCGTGGCTGCAGGCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTgg < 8:191839/149‑1 (MQ=255) ggCCACTCCACCCGGGGCGGCAGGCGCCGAACCGCCAAGGCCGGCGGCGTTTCCCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGc < 2:354395/149‑1 (MQ=255) cTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCAccc > 5:244384/1‑149 (MQ=255) ctcggcggcagcggtggccactgcgctggcggcggcggtaaacgccgccggccttggcgtatcggcgactgcagccGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCg > 7:89184‑M2/77‑149 (MQ=255) cccGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTAc > 2:306040/1‑126 (MQ=255) ccGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGCCCTGGCCCCCCTCCGTg > 8:156875/1‑149 (MQ=255) ccGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACT‑GCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTgg > 3:307717/1‑149 (MQ=255) gcggcagcggtggccactgcgctggcggcggcggtaaacgccgccggccttggcgtatcggcgactgcagccGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGc > 5:184980‑M2/73‑149 (MQ=255) GGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCTCCAGCGCAGTGGCCACCGATGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCAcc < 7:133028‑M1/138‑1 (MQ=255) tCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTg < 6:339188/149‑1 (MQ=255) cGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGt > 5:55842/1‑135 (MQ=255) cGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGt < 6:55842/135‑1 (MQ=255) cGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGa < 1:164671/149‑1 (MQ=255) gCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCTCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCCCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGAt > 6:290008/1‑149 (MQ=255) ccGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATg < 6:253150/149‑1 (MQ=255) cGCCACGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCAc < 8:160492/148‑1 (MQ=255) cGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCAc < 8:159399/148‑1 (MQ=255) ccAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGc < 2:188014/133‑1 (MQ=255) ccAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCtt > 4:39409/1‑149 (MQ=255) cAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTg > 1:101177/1‑149 (MQ=255) aGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTgcc > 5:227644/1‑149 (MQ=255) cggcggcggtaaacgccgccggccttggcgtatcggcgactgcagccGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTgccg < 6:184980‑M2/102‑1 (MQ=255) gcggcgTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGAGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTGCCGgccgc > 5:280126/1‑149 (MQ=255) gcgTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTGCCGGCCGCCtt < 4:292841/149‑1 (MQ=255) tACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTGCCGGCCGCCTTGGTa < 6:244384/148‑1 (MQ=255) ccgccgccAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTGCCGGCCGCCTTGGTACCGGTc < 1:85980/149‑1 (MQ=255) cgccgccAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACT‑GCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTGCCGGCCGCCTTGGTACCGGTCGc < 4:307717/149‑1 (MQ=255) cAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACCGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTGCCGGCCGCCTTGGTACCGGTCGCCTTGa < 1:8578/149‑1 (MQ=255) aGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACCGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTGCCGGCCGCCTTGGTACCGGTCGCCtt > 2:8578/1‑146 (MQ=255) gcgcAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTGCCGGCCGCCTTGGTACCGGTCGCCTTGAGc < 6:227644/149‑1 (MQ=255) cgcAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTGCCGGCCGCCTTGGTACCGGTCGCCTTGAGCg < 8:145035/149‑1 (MQ=255) gCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGc > 1:149217/1‑89 (MQ=255) gCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGc < 2:149217/89‑1 (MQ=255) cACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTGTCGGCCGCCTTGGTACCGGTCGCCtt > 4:48283/1‑135 (MQ=255) cACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTGTCGGCCGCCTTGGTACCGGTCGCCtt < 3:48283/135‑1 (MQ=255) ccGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTGCCGGCCGCCTTGGTACCGGTCGCCTTGAGCGGCAGGCACCAGACCTCg > 7:304453‑M2/3‑149 (MQ=255) cGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTGCCGGCCGCCTTGGTACCGGTCGCCTTGAGCGGCAGGCACCAGACCTCGc < 8:89184‑M2/148‑1 (MQ=255) gccgAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTGCCGGCCGCCTTGGTACCGGTCGCCTTGAGCGGCAGGCACCAGACCTCGcc > 5:92186/1‑149 (MQ=255) | CCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGACCAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGCCGATACGCCAAGGCCGGCGGCGTTTACCGCCGCCGCCAGCGCAGTGGCCACCGCTGCCGCCGAGGCGCCACTGGCTACCGTAGCGCGCACGCGCTGGCCGCCGATGTACAGGTTGACCTGGCCACCCTCCGTGGCGGTGCCGGTGATGGTCACCTTGCCGGCCGCCTTGGTACCGGTCGCCTTGAGCGGCAGGCACCAGACCTCGCC > NC_002947/4394421‑4394716 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |