New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4399806 = | 54 (0.950) | 3 (0.050) | 3/252 | NT | 6.3% | coding (84/972 nt) | PP_3878 | minor capsid protein C |
? | NC_002947 | 4399876 = | 37 (0.670) | coding (14/972 nt) | PP_3878 | minor capsid protein C |
AACATCGATGGATTGGCTGCAGCGCCGCCCATGTTCAGATTGACGATGTTCAGGCTCATGGTCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATGTCGGGCAGGTCATTGGCTACGTCGGTCATGTTGAGCGGCTGCAGATAACTGTCGCCGTTGG > NC_002947/4399732‑4400019 | aaCATCGATGGATTGGCTGCAGCGCCGCCCATGTTCAGATTGACGATGTTCAGGCTCTTGGTCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCTAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAAt < 1:102426/148‑1 (MQ=255) aaCATCGATGGATTGGCTGCAGCGCCGCCCATGTTCAGATTGACGATGTTCAGGCTCTTGGTCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAAt > 2:102426/1‑148 (MQ=255) tCGATGGATTGGCTGCAGCGCCGCCCATGTTCAGATTGACGATGTTCAGGCTCATTGTCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGt < 2:325075/149‑1 (MQ=255) aTGGATTGGCTGCAGCGCCGCCCATGTTCAGATTGACGATGTTCAGGCTCATGGTCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGATCAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTc < 4:343078/149‑1 (MQ=255) gATTGGCTGCAGCGCCGCCCATGTTCAGATTGACGATGTTCAGGCTCATGGTCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCAt < 6:118724/148‑1 (MQ=255) cgccCATGTTCAGATTGACGATGTTCAGGCTCATGGTCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCt > 3:178509/1‑147 (MQ=255) ccATGTTCAGATTGACGATGTTCAGGCTCATGGTCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑a < 7:205123/149‑1 (MQ=255) ccATGTTCAGATTGACGATGTTCAGGCTCATGGTCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑a > 4:117048/1‑149 (MQ=255) cATGTTCAGATTGACGATGTTCAGGCTCATGGTCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑At > 8:47074/1‑149 (MQ=255) gTTCAGATTGACGATGTTCAGGCTCATGGTCT‑GTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATgtcg > 2:276166/1‑149 (MQ=255) aCGATGTTCAGGCTCATGGTCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCa < 1:37222/132‑1 (MQ=255) aCGATGTTCAGGCTCATGGTCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCa > 2:37222/1‑132 (MQ=255) ttCAGGCTCATGGTCT‑GTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCGCCGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTc < 1:276166/148‑1 (MQ=255) gCTCATGGTCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTg > 4:309112/1‑149 (MQ=255) cTCATGGTCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTgg < 7:81606/149‑1 (MQ=255) cATGGTCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCTGCAAGCa < 7:88013/112‑1 (MQ=255) cATGGTCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCa > 8:88013/1‑112 (MQ=255) tCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGa > 8:315783/1‑149 (MQ=255) cGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTgg < 7:47074/148‑1 (MQ=255) gCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTgggg < 3:309112/149‑1 (MQ=255) cccAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTggg < 5:321147/147‑1 (MQ=255) cccAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTggg > 6:321147/1‑147 (MQ=255) cccAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGt > 1:100743/1‑149 (MQ=255) ccAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTggg > 8:188023/1‑133 (MQ=255) ccAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTggg < 7:188023/133‑1 (MQ=255) ccAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGtt > 1:61350/1‑149 (MQ=255) gcgctgccagcttgctgttcaaccagccgctactgactacacccgacatgctggacctggcagtgcgcAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCa < 3:42597‑M2/81‑1 (MQ=255) gcgctgccagcttgctgttcaaccagccgctactgactacacccgacatgctggacctggcagtgcgcAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCa > 4:42597‑M2/69‑149 (MQ=255) CACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCAt > 7:315783‑M1/1‑149 (MQ=255) CACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCAt > 2:100743‑M1/1‑149 (MQ=255) gctgccagcttgctgttcaaccagccgctactgactacacccgacatgctggacctggcagtgcgcAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATg > 6:24988‑M2/67‑149 (MQ=255) cAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATGTCggg > 5:332239/1‑149 (MQ=255) cAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTATCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGGTAATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATGTCGGGCAg < 1:285650/148‑1 (MQ=255) cAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATGTCGGGCAGGt > 6:131835/1‑148 (MQ=255) aTGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATGTCGGGCAGGTCATTg > 1:197296/1‑149 (MQ=255) tCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATGTCGGGCAGGTCATTGGCt < 3:117048/149‑1 (MQ=255) gggTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATGTCGGGCAGGTCATTGGCTAc > 6:340808/1‑149 (MQ=255) aGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATGTCGGGCAGGTCATTGGCTACGTCGGt > 3:354470/1‑149 (MQ=255) gTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATGTCGGGCAGGTCAtt > 6:351958/1‑122 (MQ=255) gTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATGTCGGGCAGGTCATTGGCTACGTCGGTCATGTTGAGCGGCt < 6:332239/148‑1 (MQ=255) gAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATGTCGGGCAGGTCATTGGCTACGTCGGTCATGTTGAGCGGCTg > 7:159885/1‑146 (MQ=255) cAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATGTCGGGCAGGTCATTGGCTACATCGGTCATGTTGAGCGGCTGCAGAt > 4:179222/1‑148 (MQ=255) aGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATGTCGGGCAGGTCATTGGCTACGTCGGTCATGTTGAGCGGCTGCAGATa > 2:207482/1‑148 (MQ=255) aGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATGTCGGGCAGGTCATTGGCTACGTCGGTCATGTTGAGCGGCTGCAGATa > 8:75158/1‑148 (MQ=255) aGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATGTCGGGCAGGTCATTGGCTACGTCGGTCATGTTGAGCGGCTGCAGATAACTGTCGCCGtt > 6:294188/1‑149 (MQ=255) cg‑cgcAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATGTCGGGCAGGTCATTGGCTACGTCGGTCATGTTGAGCGGCTGCAGATAACTGTCGCCGTTgg < 2:197296/149‑1 (MQ=255) | AACATCGATGGATTGGCTGCAGCGCCGCCCATGTTCAGATTGACGATGTTCAGGCTCATGGTCTGGTTCGCCCAGCGCACTGCCAGGTCCAGCATGTCGGGTGTAGTCAGTAGCGGCTGGTTGAACAGCAAGCTGGCAGCG‑CGCAAATGTCGTTTCATGCGGCAAGCATCCTCAGG‑‑ATGTCGTCGCGCTGCTGTTCCAGCTGGGCGCGGACGTTGGGGTTAGTCATGTCGGGCAGGTCATTGGCTACGTCGGTCATGTTGAGCGGCTGCAGATAACTGTCGCCGTTGG > NC_002947/4399732‑4400019 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |