New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1437733 | 34 (0.580) | 3 (0.050) | 3/244 | NT | 9.2% | coding (300/927 nt) | prpA | 4‑hydroxyproline epimerase |
? | NC_002947 | = 1437768 | 27 (0.490) | coding (265/927 nt) | prpA | 4‑hydroxyproline epimerase |
GGGCACGTCCACCGCAACCTGTTGGCGGTAGCGGTAGGAGGGCACGTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTGGCGTCGGCCGACACTGGCGGGCAGTACAGTGCGCCAACCAGCACATCGTTGCCGCGTGGCTCC > NC_002947/1437589‑1437880 | gggCACGTCCACCGCAACCTGTTGGCGGTAGCGGTAGGAGGGCACGTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTa < 2:267732/149‑1 (MQ=255) aCGTCCACCGCAACCTGTTGGCGGTAGCGGTAGGAGGGCACGTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGc > 4:107883/1‑147 (MQ=255) aCGTCCACCGCAACCTGTTGGCGGTAGCGGTAGGAGGGCACGTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGa < 3:29390/149‑1 (MQ=255) ccACCGCAACCTGTTGGCGGTAGCGGTAGGAGGGCACGTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAg < 8:99540/146‑1 (MQ=255) ccACCGCAACCTGTTGGCGGTAGCGGTAGGAGGGCACGTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAg > 7:99540/1‑146 (MQ=255) ccTGTTGGCGGTAGCGGTAGGAGGGCACGTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGcc > 6:310577/1‑148 (MQ=255) cggtagcggtagGAGGGCACGTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGcc < 5:310577/149‑1 (MQ=255) ggtagcggtagGAGGGCACGTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCg > 2:94316/1‑149 (MQ=255) gcggtagGAGGGCACGTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGc < 8:76723/149‑1 (MQ=255) gTAGGAGGGCACGTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCg < 5:113901‑M2/148‑2 (MQ=255) ggaggGCACGTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCgcaca < 3:341035‑M2/149‑6 (MQ=255) gggCACGTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGCCCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGt > 6:216187/1‑149 (MQ=255) gggCACGTTGGCGACGGTGATGGCGCCAGCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCggccacggcaccatcggcctggtcgcctcgctacagcacatgg < 6:207669‑M1/149‑44 (MQ=255) ggCACGTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGtt < 2:218745/149‑1 (MQ=255) aCGTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAg < 3:107883/149‑1 (MQ=255) gTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGt < 3:59665/131‑1 (MQ=255) gTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGt > 4:59665/1‑131 (MQ=255) ttGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGt > 8:240467/1‑148 (MQ=255) gACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGTGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGcc < 6:286676/123‑1 (MQ=255) gACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGTGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGcc > 5:286676/1‑123 (MQ=255) gcgcCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGTGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTga < 8:250050/148‑1 (MQ=255) aTCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTg < 8:66502/81‑1 (MQ=255) aTCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTg > 7:66502/1‑81 (MQ=255) ttCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCggccacggcaccatcggcctggtcgcctcgctacagcacatgggc < 4:220271‑M1/121‑46 (MQ=255) ttCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCggccacggcaccatcggcctggtcgcctcgctacagcacatgggc > 3:220271‑M1/1‑76 (MQ=255) tGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGt < 6:45044/103‑1 (MQ=255) tGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGt > 5:45044/1‑103 (MQ=255) tGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTg < 7:240467/149‑1 (MQ=255) tGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTg < 3:3391/149‑1 (MQ=255) cgcTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTg < 5:312244/146‑1 (MQ=255) cgcTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTg > 6:312244/1‑146 (MQ=255) aCCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTGGCGTCGGc < 1:94316/149‑1 (MQ=255) cttggcGACCGGGTTGTCGATCTTGTGAACCCCTGGCGTGATCAGGCCCATGTTCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTg < 8:40818/134‑1 (MQ=255) cTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGAGTGATCAGGCCCATGTGATGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAAACGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTg > 7:40818/1‑139 (MQ=255) gCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTGGCGTCGGCCGaca < 3:177835/149‑1 (MQ=255) ccGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTGGCGTCGGCCGacac < 4:341035/149‑1 (MQ=255) ccGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTGGCGTCGGCCGACACTGGc < 6:113901/149‑1 (MQ=255) cGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTGGCGTCGGCCGACACTGGCg > 2:57504/1‑149 (MQ=255) tgtCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTGGCGTCGGCCGCCACTGGCGGGCAg > 5:124877/1‑149 (MQ=255) gCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTGGCGTCGGCCGACACTGGCGGGCAGTACAGTGCGcc > 3:249186/1‑148 (MQ=255) aCCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTGGCGTCGGCCGACACTGGCGGGCAGTACAGTGCGCCAAc > 7:212089/1‑149 (MQ=255) tCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGCCCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACAAGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTGGCGTCGGCCGACACTGGCGGGCAGTACAGTGCGCCACCCAGCACATCGTTg > 2:362226/1‑149 (MQ=255) gCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCgcacatgggcctgatcacgcccggggtgcacaagatcgacaccccggtcggccaggtcagcgccaccttgcatgaa > 3:220271‑M2/1‑45 (MQ=255) gCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCgcacatgggcctgatcacgcccggggtgcacaagatcgacaccccggtcggccaggtcagcgccaccttgcatgaa < 4:220271‑M2/121‑77 (MQ=255) ccATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCgcacatgggcctgatcacgcccggggtgcacaagatcgacaccccggtcggccaggtcagcgccaccttgcatgaagctggcgccatcaccgtcgccaacgtgccc < 6:207669‑M2/149‑107 (MQ=255) tgtgCggccacggcaccatcggcctggtcgcctcgctacagcacatgggcctgatcacgcccggggtgcacaagatcgacaccccggtcggccaggtcagcgccaccttgcatgaagatggcgccatcaccgtcgccaacgtgccctcc < 3:341035‑M1/149‑145 (MQ=255) gtgCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTGGCGTCGGCCGACACTGGCGGGCAGTACAGTGCGCCAACCAGCACATCGTTGCCGCGTGGCt > 2:62221/1‑149 (MQ=255) cggccacggcaccatcggcctggtcgcctcgctacagcacatgggcctgatcacgcccggggtgcacaagatcgacaccccggtcggccaggtcagcgccaccttgcatgaagatggcgccatcaccgtcgccaacgtgccctcctac < 5:113901‑M1/148‑148 (MQ=255) | GGGCACGTCCACCGCAACCTGTTGGCGGTAGCGGTAGGAGGGCACGTTGGCGACGGTGATGGCGCCATCTTCATGCAAGGTGGCGCTGACCTGGCCGACCGGGGTGTCGATCTTGTGCACCCCGGGCGTGATCAGGCCCATGTGCTGTAGCGAGGCGACCAGGCCGATGGTGCCGTGGCCGCACATGTTCAGGTAACCGGCGTTGTTGAAGAAGATCACCCCGCAGGTGGCGTCGGCCGACACTGGCGGGCAGTACAGTGCGCCAACCAGCACATCGTTGCCGCGTGGCTCC > NC_002947/1437589‑1437880 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |