New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2747226 | 34 (0.580) | 4 (0.070) | 4/246 | NT | 10.1% | coding (543/1287 nt) | PP_2402 | sensor histidine kinase |
? | NC_002947 | = 2747251 | 39 (0.700) | coding (518/1287 nt) | PP_2402 | sensor histidine kinase |
CAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTGGCGC > NC_002947/2747082‑2747369 | cAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAGGTGGGCAGTAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGc > 3:316954/1‑147 (MQ=255) cAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGc > 7:149360/1‑147 (MQ=255) aCTGCATGCGTTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACgg < 2:295229/149‑1 (MQ=255) cgttcgttGAGG‑GGGCAGGAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCgg < 4:200607/148‑1 (MQ=255) gTTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGccatcggcccgctaaccc > 3:221635‑M1/1‑131 (MQ=255) cTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGa < 7:354682/149‑1 (MQ=255) gAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGAt < 2:326242/147‑1 (MQ=255) ggCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGccaggc > 1:104045‑M2/1‑143 (MQ=255) gcagcaATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGccatcggcccgctaacccgtctggcccaggca < 4:221635‑M1/149‑33 (MQ=255) caATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGTGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTAcc > 6:148937/1‑149 (MQ=255) cgcCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCgccagcc < 6:212901/149‑1 (MQ=255) gcCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGccatcggcccgctaacccgtctggcccaggcagtg > 6:111265‑M1/1‑105 (MQ=255) gcCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGccatcggcccgctaacccgtctggcccaggcagtg < 5:111265‑M1/140‑36 (MQ=255) gcCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGAt > 6:46524/1‑128 (MQ=255) gcCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGAt < 5:46524/128‑1 (MQ=255) cAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTa < 8:149360/148‑1 (MQ=255) gggCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTacac < 5:3014/149‑1 (MQ=255) ccACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAacagcaca < 4:316954/149‑1 (MQ=255) aaggCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAacagcacagc > 6:367645/3‑149 (MQ=255) cAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCAcagccagc < 5:148937/149‑1 (MQ=255) gCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACacagcaa < 4:172460/127‑1 (MQ=255) gCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACacagcaa > 3:172460/1‑127 (MQ=255) tCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAAAAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGcac > 6:242919/1‑149 (MQ=255) gcgTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGcacca > 3:288088/1‑149 (MQ=255) ggCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACgg < 7:80252/147‑1 (MQ=255) ggCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACgg > 8:80252/1‑147 (MQ=255) tCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACg > 4:19205/1‑149 (MQ=255) tCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGc > 1:221940/1‑149 (MQ=255) ccAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGc > 8:315741/1‑148 (MQ=255) gTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTAcc > 2:134777/1‑149 (MQ=255) cGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCgg > 5:328400/1‑145 (MQ=255) cGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCgg < 6:328400/145‑1 (MQ=255) ccGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCgg < 5:100631/149‑1 (MQ=255) gCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCt < 5:367645/149‑1 (MQ=255) tGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTgg > 3:20600/1‑149 (MQ=255) tGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTgg > 5:187370/1‑149 (MQ=255) gTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGt < 7:315741/149‑1 (MQ=255) gTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGt > 8:183334/1‑149 (MQ=255) gAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGa < 2:221940/149‑1 (MQ=255) cACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGccaggcagtggacaacctcgacccggaccagcccggcgttcaactggatgaaagcggcccacgcgaggtgcgttacgctgccgtggccttcaacgccctgcaggc > 6:111265‑M2/1‑35 (MQ=255) cACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGccaggcagtggacaacctcgacccggaccagcccggcgttcaactggatgaaagcggcccacgcgaggtgcgttacgctgccgtggccttcaacgccctgcaggc < 5:111265‑M2/140‑106 (MQ=255) cACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTg < 4:288088/149‑1 (MQ=255) cACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTg < 1:134777/149‑1 (MQ=255) tGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGccaggcagtggacaacctcgacccggaccagcccggcgttcaactggatgaaagcggcccacgcgaggtgcgttacgctgccgtggccttcaacgccctgcaggcgcgcattgctgc < 4:221635‑M2/149‑118 (MQ=255) gCCTGGccatcggcccgctaacccgtctggcccaggcagtggacaacctcgacccggaccagcccggcgttcaactggatgaaagcggcccacgcgaggtgcgttacgctgccgtggccttcaacgccctgcaggcgcgcattgctgcc > 1:104045‑M1/1‑6 (MQ=255) | CAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTGGCGC > NC_002947/2747082‑2747369 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |