New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3616748 = | 45 (0.760) | 3 (0.050) | 3/244 | NT | 6.8% | coding (1083/1266 nt) | codB | cytosine transporter |
? | NC_002947 | 3616788 = | 40 (0.720) | coding (1123/1266 nt) | codB | cytosine transporter |
GGGTTGGCATTGTGCTGGCGATGGGTGGCATGTACGAAATGCTGATCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTGG > NC_002947/3616600‑3616887 | aggctcacggctcgacgcccgcctggcccggcgcgcggcggcgtgcgcccagctccagaatgacgatgtagcacactgccgaggcggcgatgcccaccagcggcgcgacccacggtgaggcataggccagtacagcgcccacggcatag < 2:158100‑M1/1‑1 (MQ=255) gTTGGCATTGTGCTGGCGATGGGTGGCATGTACGAAATGCTGATCCCGTTCCTGGTGCTGCAGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGAGTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATCCACGCCACTGTGTACgg > 6:204337/1‑148 (MQ=255) tcacggctcgacgcccgcctggcccggcgcgcggcggcgtgcgcccagctccagaatgacgatgtagcacactgccgaggcggcgatgcccaccagcggcgcgacccacggtgaggcataggccagtacagcgcccacggcataGGCa < 6:77110‑M1/4‑1 (MQ=255) acggctcgacgcccgcctggcccggcgcgcggcggcgtgcgcccagctccagaatgacgatgtagcacactgccgaggcggcgatgcccaccagcggcgcgacccacggtgaggcataggccagtacagcgcccacggcataGGCaa‑a < 6:374293‑M1/6‑1 (MQ=255) acggctcgacgcccgcctggcccggcgcgcggcggcgtgcgcccagctccagaatgacgatgtagcacactgccgaggcggcgatgcccaccagcggcgcgacccacggtgaggcataggccagtacagcgcccacggcataGGCaa‑a > 7:163490‑M1/143‑148 (MQ=255) gtgCTGGCGATGGGTGGCATGTACGAAATGCTGATCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCt > 3:77612/1‑146 (MQ=255) gtgCTGGCGATGGGTGGCATGTACGAAATGCTGATCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCt < 4:77612/146‑1 (MQ=255) tgCTGGCGATGGGTGGCATGTACGAAATGCTGATCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCt > 3:263005/1‑149 (MQ=255) cTGGCGATGGGTGGCATGTACGAAATGCTGATCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCg > 8:13577/1‑149 (MQ=255) tGGCGATGGGTGGCATGTACGAAATGCTGATCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGc > 4:28823/1‑149 (MQ=255) aTGGGTGGCATGTACGAAATGCTGATCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACaa < 4:263005/149‑1 (MQ=255) gggTGGCATGTACGAAATGCTGATCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAAc < 3:28823/148‑1 (MQ=255) aTGTACGAAATGCTGATCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCgg > 3:101349/1‑149 (MQ=255) ggcggcgtgcgcccagctccagaatgacgatgtagcacactgccgaggcggcgatgcccaccagcggcgcgacccacggtgaggcataggccagtacagcgcccacggcataGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGttt < 6:165144‑M1/37‑1 (MQ=255) aaaTGCTGATCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATTGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGttt < 1:145068/149‑1 (MQ=255) aTGCTGATCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGc < 4:101349/149‑1 (MQ=255) cgtgcgcccagctccagaatgacgatgtagcacactgccgaggcggcgatgcccaccagcggcgcgacccacggtgaggcataggccagtacagcgcccacggcataGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTa > 7:42857‑M1/108‑149 (MQ=255) tGATCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTAt > 5:99013/1‑149 (MQ=255) gtgcgcccagctccagaatgacgatgtagcacactgccgaggcggcgatgcccaccagcggcgcgacccacggtgaggcataggccagtacagcgcccacggcataGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTAt > 5:165144‑M1/107‑149 (MQ=255) aTCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTAt < 6:218631/147‑1 (MQ=255) gTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTgg < 6:99013/149‑1 (MQ=255) gATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCt > 7:147223/1‑149 (MQ=255) ttCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTCACTTCAGGTATCGCCACCTCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGTCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCAGTTTGCCTATGCCGTGCGCGCTGTACTGGCCTATGCCAAACCg > 3:287975/1‑149 (MQ=255) cgccgGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTgg > 5:217844/1‑149 (MQ=255) gccgGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTggg > 8:181006/1‑149 (MQ=255) gtgggtggGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGc > 8:326667/1‑134 (MQ=255) gtgggtggGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGc < 7:326667/134‑1 (MQ=255) gtgggtggGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTcgc < 7:13577/149‑1 (MQ=255) tCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTggg > 1:169887/1‑148 (MQ=255) ggCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATcg > 3:204455/1‑149 (MQ=255) ttCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTc > 6:130862/1‑149 (MQ=255) ttCTGGTAACGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCCCTGGTGGGCATCGCCGCCTc > 1:42087/1‑149 (MQ=255) tGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCgg > 3:284087/1‑148 (MQ=255) aTCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAgtg > 5:374293/1‑149 (MQ=255) cGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAgtgt < 2:42087/148‑1 (MQ=255) gCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGtgtg < 8:147223/148‑1 (MQ=255) ccACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAATACCTGCCTCGCTACACCCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGc > 1:242517/1‑149 (MQ=255) cACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTa < 6:217844/149‑1 (MQ=255) cACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTa < 5:292243/149‑1 (MQ=255) aCCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATcgcc < 6:182938/131‑1 (MQ=255) aCCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTa > 1:158100/1‑148 (MQ=255) ccGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACa > 4:251542/1‑149 (MQ=255) gcgGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATc > 5:149620/1‑149 (MQ=255) aaaTACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCAt > 7:58320/1‑149 (MQ=255) aaaTACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCAt > 3:156793/1‑149 (MQ=255) aaTACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCAtt < 8:58320/149‑1 (MQ=255) cccGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTg < 2:348981/148‑1 (MQ=255) cccGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTg > 1:348981/1‑148 (MQ=255) ccACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTgg < 6:36385/90‑1 (MQ=255) ccACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTgg > 5:36385/1‑90 (MQ=255) ccACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCt < 7:181006/149‑1 (MQ=255) aCTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTgg < 3:251542/149‑1 (MQ=255) aCTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTgg < 2:169887/149‑1 (MQ=255) | GGGTTGGCATTGTGCTGGCGATGGGTGGCATGTACGAAATGCTGATCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTGG > NC_002947/3616600‑3616887 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |