New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3616748 = | 45 (0.760) | 3 (0.050) | 3/244 | NT | 6.8% | coding (1083/1266 nt) | codB | cytosine transporter |
? | NC_002947 | 3616788 = | 40 (0.720) | coding (1123/1266 nt) | codB | cytosine transporter |
CTGATCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTGGGCGCACGCCGCCGCGCGCCGGGCCAGGCGGGCGTCGAGCCGTGAGCCTG > NC_002947/3616641‑3616936 | cgtgcgcccagctccagaatgacgatgtagcacactgccgaggcggcgatgcccaccagcggcgcgacccacggtgaggcataggccagtacagcgcccacggcataGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTa > 7:42857‑M1/108‑149 (MQ=255) tGATCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTAt > 5:99013/1‑149 (MQ=255) gtgcgcccagctccagaatgacgatgtagcacactgccgaggcggcgatgcccaccagcggcgcgacccacggtgaggcataggccagtacagcgcccacggcataGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTAt > 5:165144‑M1/107‑149 (MQ=255) aTCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTAt < 6:218631/147‑1 (MQ=255) gTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTgg < 6:99013/149‑1 (MQ=255) gATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCt > 7:147223/1‑149 (MQ=255) ttCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTCACTTCAGGTATCGCCACCTCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGTCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCAGTTTGCCTATGCCGTGCGCGCTGTACTGGCCTATGCCAAACCg > 3:287975/1‑149 (MQ=255) cgccgGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTgg > 5:217844/1‑149 (MQ=255) gccgGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTggg > 8:181006/1‑149 (MQ=255) gtgggtggGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGc < 7:326667/134‑1 (MQ=255) gtgggtggGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGc > 8:326667/1‑134 (MQ=255) gtgggtggGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTcgc < 7:13577/149‑1 (MQ=255) tCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTggg > 1:169887/1‑148 (MQ=255) ggCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATcg > 3:204455/1‑149 (MQ=255) ttCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTc > 6:130862/1‑149 (MQ=255) ttCTGGTAACGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCCCTGGTGGGCATCGCCGCCTc > 1:42087/1‑149 (MQ=255) tGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCgg > 3:284087/1‑148 (MQ=255) aTCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAgtg > 5:374293/1‑149 (MQ=255) cGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAgtgt < 2:42087/148‑1 (MQ=255) gCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGtgtg < 8:147223/148‑1 (MQ=255) ccACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAATACCTGCCTCGCTACACCCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGc > 1:242517/1‑149 (MQ=255) cACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTa < 6:217844/149‑1 (MQ=255) cACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTa < 5:292243/149‑1 (MQ=255) aCCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATcgcc < 6:182938/131‑1 (MQ=255) aCCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTa > 1:158100/1‑148 (MQ=255) ccGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACa > 4:251542/1‑149 (MQ=255) gcgGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATc > 5:149620/1‑149 (MQ=255) aaaTACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCAt > 7:58320/1‑149 (MQ=255) aaaTACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCAt > 3:156793/1‑149 (MQ=255) aaTACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCAtt < 8:58320/149‑1 (MQ=255) cccGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTg > 1:348981/1‑148 (MQ=255) cccGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTg < 2:348981/148‑1 (MQ=255) ccACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTgg > 5:36385/1‑90 (MQ=255) ccACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTgg < 6:36385/90‑1 (MQ=255) ccACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCt < 7:181006/149‑1 (MQ=255) aCTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTgg < 2:169887/149‑1 (MQ=255) aCTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTgg < 3:251542/149‑1 (MQ=255) ataggcaaacagcccggtgaggttgtagcgaggcaggtttgccTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTGGGCGCAc > 5:165144‑M2/44‑149 (MQ=255) taggcaaacagcccggtgaggttgtagcgaggcaggtttgccTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTGGGCGCAcg > 7:42857‑M2/43‑149 (MQ=255) aaacagcccggtgaggttgtagcgaggcaggtttgccTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTGGGCGCAcgccgcc < 6:165144‑M2/112‑1 (MQ=255) cTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTGGGCGCACGCCGCcgcgc < 1:206911/149‑1 (MQ=255) cTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTGGGCGCACGCCGCCGCGCGCCg > 3:68322/1‑149 (MQ=255) cTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTGGGCGCACGCCGCCGCGCGCCg > 5:77110/1‑149 (MQ=255) cTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGa < 2:146854/113‑1 (MQ=255) cTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGa > 1:146854/1‑113 (MQ=255) cTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTGGGCGCACGCCGCCGCGCGCCGGGCCAggcggg < 5:130862/149‑1 (MQ=255) aCCGGGCGGTTAGCCTATGCCGGGCGCTCTGTACTGGCCTCTGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGGGGGCATCTCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTCTAGCTGGGCGCACGCCGCCGCGCGCCGGGCCAggcgggc < 5:204337/147‑1 (MQ=255) tttgccTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTGGGCGCACGCCGCCGCGCGCCGGGCCAGGCGGGCGTCGAGCCGt < 6:374293‑M2/142‑1 (MQ=255) tttgccTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTGGGCGCACGCCGCCGCGCGCCGGGCCAGGCGGGCGTCGAGCCGt > 7:163490‑M2/7‑148 (MQ=255) tgccTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTGGGCGCACGCCGCCGCGCGCCGGGCCAGGCGGGCGTCGAGCCGTGa < 6:77110‑M2/144‑1 (MQ=255) cTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTGGGCGCACGCCGCCGCGCGCCGGGCCAGGCGGGCGTCGAGCCGTGAGCCt < 2:158100‑M2/148‑1 (MQ=255) tATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTGGGCGCACGCCGCCGCGCGCCGGGCCAGGCGGGCGTCGAGCCGTGAGCCTg > 5:15216/1‑149 (MQ=255) | CTGATCCCGTTCCTGGTGCTGCTGGGGTCGATCATTCCGCCGGTGGGTGGGGTGATCATGGCTGACTTCTGGTATCGCCACCGCGGCAAATACCCGCCACTGTGTACGGCAA‑ACCTGCCTCGCTACAACCTCACCGGGCTGTTTGCCTATGCCGTGGGCGCTGTACTGGCCTATGCCTCACCGTGGGTCGCGCCGCTGGTGGGCATCGCCGCCTCGGCAGTGTGCTACATCGTCATTCTGGAGCTGGGCGCACGCCGCCGCGCGCCGGGCCAGGCGGGCGTCGAGCCGTGAGCCTG > NC_002947/3616641‑3616936 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |