New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3962198 | 38 (0.650) | 4 (0.070) | 3/238 | NT | 10.0% | coding (396/1152 nt) | PP_3492 | acyl‑CoA dehydrogenase |
? | NC_002947 | = 3962291 | 37 (0.680) | coding (489/1152 nt) | PP_3492 | acyl‑CoA dehydrogenase |
CCACCGGGGCGATGATGAGCATCCACAACTCGGTAGGTTGCGGCCCGCTGCTGGCCTACGGTACCGCCGAACAGCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGTCTTCGCAGTGACCGACCCGGAGCTGGGCAAGAAAGGC > NC_002947/3962050‑3962345 | ccACCGGGGCGATGATGAGCATCCACAACTCGGTAGGTTGCGGCCCGCTGCTGGCCTACGGTACCGCCGAACAGCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGC < 8:226913‑M1/149‑1 (MQ=255) gggCGATGATGAGCATCCACAACTCGGTAGGTTGCGGCCCGCTGCTGGCCTACGGTACCGCCGAACAGCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAg < 5:192149/149‑1 (MQ=255) gatgatGAGCATCCACAACTCGGTAGGTTGCGGCCCGCTGCTGGCCTACGGTACCGCCGAACAGCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGgcg > 5:371852/1‑148 (MQ=255) tgaGCATCCACAACTCGGTAGGTTGCGGCCCGCTGCTGGCCTACGGTACCGCCGAACAGCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAAc < 2:353866/149‑1 (MQ=255) acaACTCGGTAGGTTGCGGCCCGCTGCTGGCCTACGGTACCGCCGAACAGCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCAcc > 1:245657/1‑149 (MQ=255) caACTCGGTAGGTTGCGGCCCGCTCCTGGCCTACGGTACCGCCGAACACCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGTCGAGGTCATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGCCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCAccc > 5:80725/1‑149 (MQ=255) cGGTAGGTTGCGGCCCGCTGCTGGCCTACGGTACCGCCGAACAGCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCACGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGcc > 8:18194/1‑149 (MQ=255) ggTAGGTTGCGGCCCGCTGCTGGCCTACGGTACCGCCGAACAGCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGcc < 7:244324/148‑1 (MQ=255) gTTGCGGCCCGCTGCTGGCCTACGGTACCGCCGAACAGCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCtg > 7:229832/1‑149 (MQ=255) ttGCGGCCCGCTGCTGGCCTACGGTACCGCCGAACAGCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCtgg < 4:259732/149‑1 (MQ=255) gCGGCCCGCTGCTGGCCTACGGTACCGCCGAACAGCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCtggt < 4:93350/148‑1 (MQ=255) gCGGCCCGCTGCTGGCCTACGGTACCGCCGAACAGCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCtggt < 3:288553/148‑1 (MQ=255) ggCCCGCTGCTGGCCTACGGTACCGCCGAACAGCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCGGGTAGCCGAGCtggtg > 1:312406/1‑149 (MQ=255) cGCTGCTGGCCTACGGTACCGCCGAACAGCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGc < 6:371852/149‑1 (MQ=255) cgccgAACAGCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCT‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTg < 7:18194/149‑1 (MQ=255) gccgAACAGCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGc > 6:174036/1‑149 (MQ=255) aacagcaacagcAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCacggcgggcgttgctgacgaactgcttggcaccgttgatgacccactggccatccaccagctcggcgcg > 5:363863‑M1/1‑80 (MQ=255) cagcaacagcaGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCAc > 4:263427/1‑101 (MQ=255) cagcaacagcaGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCAc < 3:263427/101‑1 (MQ=255) agcaacagcaGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCacggcgggcgttgctgacgaactgcttggcaccgttgatgacccactggccatccaccagctcggcgcgggt > 3:298313‑M1/1‑77 (MQ=255) agcaacagcaGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAg > 3:2079/1‑149 (MQ=255) gCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAAcg > 6:329638/1‑149 (MQ=255) cTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAAcgcccgc > 4:113054/1‑149 (MQ=255) cTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTgc > 2:245657‑M2/1‑147 (MQ=255) ccAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGTGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTTGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTgccggc > 3:171555‑M2/1‑143 (MQ=255) ccAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTgccggc > 3:233178‑M2/1‑143 (MQ=255) cAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTgccggcc < 3:161647‑M2/149‑8 (MQ=255) cggcgAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCacggcgggcgttgctgacgaactgcttggcaccgttgatgacccactggccatccaccagctcggcgcgggtgcgcaggttgtgcgcctcggagccggcctgg < 4:298313‑M1/149‑104 (MQ=255) cggcgAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCacggcgggcgttgctgacgaactgcttggcaccgttgatgacccactggccatccaccagctcggcgcgggtgcgcaggttgtgcgcctcggagccggcctgg < 6:363863‑M1/149‑104 (MQ=255) cggcgAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTgccggcctgg > 8:229832‑M2/1‑139 (MQ=255) gTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCGGAGTCGGACAACCTGCGCACCCT‑‑CGCCTAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCTTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGt < 6:80725/149‑1 (MQ=255) tGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGTc > 7:31037/1‑149 (MQ=255) aTTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGTCtt > 2:111987/1‑149 (MQ=255) gctgctTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGt < 5:310354/81‑1 (MQ=255) gctgctTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGt > 6:310354/1‑81 (MQ=255) gctgctTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGTCTTCg > 6:357158/1‑147 (MQ=255) cTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGTCTTCGCAGTgac < 3:113054/147‑1 (MQ=255) aCCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGTCTTCGCAGTGACCGACCCgg < 5:329638/148‑1 (MQ=255) cGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTgc < 6:301135‑M2/111‑3 (MQ=255) cGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGTCTTCGCAGTGACCGACCCGGAGc > 6:174438/1‑149 (MQ=255) gAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGTCTTCGCAGTGACCGACCCGGAGCt < 7:43833/149‑1 (MQ=255) gCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGTCTTCGCAGTGACCGACCCGGAGCTgg < 4:2079/149‑1 (MQ=255) ccccAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGTCTTCGCAGTgac < 1:277018/134‑1 (MQ=255) ccccAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGTCTTCGCAGTgac > 2:277018/1‑134 (MQ=255) ccccAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGTCTTCGCAGTGACCGACCCGGAGCTggg < 5:174438/149‑1 (MQ=255) cccAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCa > 3:247393/1‑90 (MQ=255) cccAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCa < 4:247393/90‑1 (MQ=255) cccAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGTCTTCGCAGTGACCGACCCGGAGCTggg > 7:77443/1‑148 (MQ=255) cccAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGTCTTCGCAGTGACCGACCCGGAGCTGGGc < 2:312406/149‑1 (MQ=255) ccAGGCCGGCacggcgggcgttgctgacgaactgcttggcaccgttgatgacccactggccatccaccagctcggcgcgggtgcgcaggttgtgcgcctcggagccggcctggggctcggtcaggcagaagcagccaatcacctcgccg > 8:229832‑M1/1‑10 (MQ=255) ccAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTgccggcctggggctcggtcaggcagaagcagccaatcacctcgccg < 6:363863‑M2/149‑47 (MQ=255) ccAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTgccggcctggggctcggtcaggcagaagcagccaatcacctcgccg < 4:298313‑M2/149‑47 (MQ=255) ggCCGGCacggcgggcgttgctgacgaactgcttggcaccgttgatgacccactggccatccaccagctcggcgcgggtgcgcaggttgtgcgcctcggagccggcctggggctcggtcaggcagaagcagccaatcacctcgccgctg < 3:161647‑M1/149‑143 (MQ=255) gCCGGCacggcgggcgttgctgacgaactgcttggcaccgttgatgacccactggccatccaccagctcggcgcgggtgcgcaggttgtgcgcctcggagccggcctggggctcggtcaggcagaagcagccaatcacctcgccgctgg > 3:233178‑M1/1‑6 (MQ=255) gCCGGCacggcgggcgttgctgacgaactgcttggcaccgttgatgacccactggccatccacaagctcggcgcgggtgcgcaggttgtgcgcctcggagccggcctggggcacggtcaggcagaagcagccaatcacctcgccgctgg > 3:171555‑M1/1‑6 (MQ=255) gCacggcgggcgttgctgacgaactgcttggcaccgttgatgacccactggccatccaccagctcggcgcgggtgcgcaggttgtgcgcctcggagccggcctggggctcggtcaggcagaagcagccaatcacctcgccgctggccag > 2:245657‑M1/1‑2 (MQ=255) gCacggcgggcgttgctgacgaactgcttggcaccgttgatgacccactggccatccaccagctcggcgcgggtgcgcaggttgtgcgcctcggagccggcctggggctcg < 6:301135‑M1/111‑110 (MQ=255) gCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGTCTTCGCAGTGACCGACCCGGAGCTGGGCAAGAAAGGc < 4:161647/149‑1 (MQ=255) gCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGTCTTCGCAGTGACCGACCCGGAGCTGGGCAAGAAAGGc < 5:357158/149‑1 (MQ=255) | CCACCGGGGCGATGATGAGCATCCACAACTCGGTAGGTTGCGGCCCGCTGCTGGCCTACGGTACCGCCGAACAGCAACAGCAGTGGCTGCCTCGCCTGGCCAGCGGCGAGGTGATTGGCTGCTTCTGCCTGACCGAGCCCCAGGCCGGCTCCGAGGCGCACAACCTGCGCACCCG‑‑CGCCGAGCTGGTGGATGGCCAGTGGGTCATCAACGGTGCCAAGCAGTTCGTCAGCAACGCCCGCCGTGCCGGCCTGGCGATCGTCTTCGCAGTGACCGACCCGGAGCTGGGCAAGAAAGGC > NC_002947/3962050‑3962345 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |