New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 230329 = | 49 (0.830) | 3 (0.050) | 3/244 | NT | 6.2% | coding (862/876 nt) | PP_0178 | efflux pump |
? | NC_002947 | 230365 = | 44 (0.790) | coding (26/1419 nt) | PP_0179 | putative efflux transporter |
TCAGCTGGGTACGCCTGGCCCAGCGCATTCCGGTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGCCGACAGCGTCGTGTCAGCGCCGGTCCCCGAGGACTGGTGG > NC_002947/230219‑230510 | tCAGCTGGGTACGCCTGGCCCAGCGCATTCCGGTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGgcctgt > 1:193312/1‑149 (MQ=255) tcggcatcctggcgcagcgggccgttcaggtcattgcgttgcacggccgcatccccaggcacctcatagtcgggccccaccatcatgcaggcccccatcgacaggcacaGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGgcctg > 5:378657‑M1/110‑147 (MQ=255) cAGCTGGGTACGCCTGGCCCAGCGCATTCCGGTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGgcctgt < 1:208539/148‑1 (MQ=255) aGCTGGGTACGCCTGGCCCAGCGCATTCCGGTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGgcctgtgc < 2:28560/149‑1 (MQ=255) cTGGGTACGCCTGGCCCAGCGCATTCCGGTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGgcctgtgcct > 3:54981/1‑149 (MQ=255) ggTACGCCTGGCCCAGCGCATTCCGGTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGgcctgtgcctgt < 4:54981/148‑1 (MQ=255) gTACGCCTGGCCAAGCGCATTCCGGTGAGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGCGCGTACTGCGAAGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCAGATCCTGGCTGgcctgtgcatgtag > 8:349151/1‑147 (MQ=255) cGCCTGGCCCAGCGCATTCCGGTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTg > 8:338864/1‑149 (MQ=255) ccTGGCCCAGCGCATTCCGGTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGCCGTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCAGGAAACCGCTGAGGCTGGCTGGCCTGTGCCGGGCGCTggg > 8:78209/1‑149 (MQ=255) cTGGCCCAGCGCATTCCGGTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCATGACTTCCGCATGATCGCCGTGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAATCTGCTGAACCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTgggg < 4:224463/149‑1 (MQ=255) cTGGCCCAGCGCATTCCGGTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTgggg < 2:296144/149‑1 (MQ=255) cccAGCGCATTCCGGTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCt < 5:335402/149‑1 (MQ=255) cAGCGCATTCCGGTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTg > 5:228378/1‑148 (MQ=255) cATTCCGGTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCatgat < 4:314872/149‑1 (MQ=255) aTTCCGGTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGAGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCatgatg > 6:232885/1‑149 (MQ=255) cGGTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTgg > 1:14741/1‑131 (MQ=255) cGGTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTgg < 2:14741/131‑1 (MQ=255) ggTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTggg < 7:338864/149‑1 (MQ=255) ggTGAGCATCGGCGTTGACGAAGGGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTTCGAGGGGGTCGTTCATCGATGTCCAGCGCCCATGACACAGCTGATCCTGGCGGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTTCATGATGGTggg < 7:160604/149‑1 (MQ=255) gTGGGCATGGCCTTTGACTAAGTGCCGCAAGACTTCAGCATGATCGCCGGGGGTACTGCGAGGGTGTCGATGATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTgggt < 4:244346/149‑2 (MQ=255) cgcATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGccc < 8:295507/149‑1 (MQ=255) cgcATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGcc < 5:320168/148‑1 (MQ=255) gttgcacggccgcatccccaggcacctcatagtcgggccccaccatcatgcaggcccccagcgacaggcacaGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGgcctgtgcctgt > 8:203516‑M1/73‑117 (MQ=255) gttgcacggccgcatccccaggcacctcatagtcgggccccaccatcatgcaggcccccagcgacaggcacaGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGgcctgtgcctgt < 7:203516‑M1/45‑1 (MQ=255) cTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGa < 6:228378/149‑1 (MQ=255) cTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGa < 2:193312/149‑1 (MQ=255) gCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGc > 4:134513/1‑149 (MQ=255) cTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGt < 2:341067/149‑1 (MQ=255) cATGATCGCCGGGCGTACTGCGCCGGTGTCGATCTTCGAGGGCCTGCGCCCATGAAACAGGTGATCCTGGCTGGCCTTTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGATTATGTGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACg < 7:235994/149‑1 (MQ=255) cATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACg < 3:134513/149‑1 (MQ=255) gATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCaa > 3:183578/1‑149 (MQ=255) tCGCCCGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAAt > 1:344409/1‑148 (MQ=255) cGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGc > 3:22112/1‑149 (MQ=255) cGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGc > 7:324197/1‑149 (MQ=255) atcatcGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGa > 2:165050/1‑85 (MQ=255) acaggcacaggccagccaggatcagctgtttcatgggcgctggccTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAAc > 8:203516‑M2/46‑117 (MQ=255) acaggcacaggccagccaggatcagctgtttcatgggcgctggccTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAAc < 7:203516‑M2/72‑1 (MQ=255) atcGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGcc > 4:160748/1‑149 (MQ=255) atcGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCGGTGCCGGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGc < 7:78209/148‑1 (MQ=255) caggccagccaggatcagctgtttcatgggcgctggccTGTGCCTGTCGATGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGCCGa > 5:378657‑M2/39‑147 (MQ=255) aGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGCCGa > 8:147519/1‑147 (MQ=255) CAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGCCGACAGcgtc > 5:232885‑M1/1‑149 (MQ=255) CAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGCCGACAGcgtc > 7:349151‑M1/1‑149 (MQ=255) cATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGCCGACAGCGTCGTGTCAg > 3:76173/1‑149 (MQ=255) aTGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGCCGACAGcgtcgt < 2:291444/143‑1 (MQ=255) aTGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGCCGACAGcgtcgt > 1:291444/1‑143 (MQ=255) aTGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATCCCGACAGCGACGTGACAgc > 8:233078/1‑149 (MQ=255) aaCAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTggg > 7:160950/1‑55 (MQ=255) aaCAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTggg < 8:160950/55‑1 (MQ=255) aaCAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGCCGACAGCGTCGTGTCAGCGCCg < 8:324197/149‑1 (MQ=255) cTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTACATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGCCGACAGCGTCGTGTCAGCGCCGGTccc > 1:158768/1‑149 (MQ=255) tGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGCCGACAGCGTCGTGTCAGCGCCGGTcccc > 6:181587/1‑149 (MQ=255) gATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGCCGACAGCGTCGTGTCAGCGCCGGTcccc > 2:263007/1‑148 (MQ=255) gATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGCCGACAGCGTCGTGTCAGCGCCGGTcccc > 8:44176/1‑148 (MQ=255) aTCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGCCGACAGCGTCGTGTCAGCGCCGGTCCCCGa < 7:147519/149‑1 (MQ=255) tggccTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGcc > 2:258023‑M2/6‑112 (MQ=255) tggccTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGcc < 1:258023‑M2/107‑1 (MQ=255) ggccTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGCCGACAGCGTCGTGTCAGCGCCGGTCCCCGAGGACtggtg > 8:256730‑M2/5‑149 (MQ=255) cTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGCCGACAGCGTCGTGTCAGCGCCGGTCCCCGAGGACtggtgg > 4:149027‑M2/2‑147 (MQ=255) | TCAGCTGGGTACGCCTGGCCCAGCGCATTCCGGTGCGCATCGCCTTTGACGAAGTGCCGCAAGACTTCCGCATGATCGCCGGGCGTACTGCGACGGTGTCGATCATCGAGGGCCAGCGCCCATGAAACAGCTGATCCTGGCTGGCCTGTGCCTGTCGCTGGGGGCCTGCATGATGGTGGGGCCCGACTATGAGGTGCCTGGGGATGCGGCCGTGCAACGCAATGACCTGAACGGCCCGCTGCGCCAGGATGCCGACAGCGTCGTGTCAGCGCCGGTCCCCGAGGACTGGTGG > NC_002947/230219‑230510 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |