New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4973886 = | 54 (0.920) | 3 (0.050) | 3/240 | NT | 6.0% | coding (1718/2043 nt) | flgK | flagellar hook‑associated protein FlgK |
? | NC_002947 | 4973962 = | 44 (0.800) | coding (1642/2043 nt) | flgK | flagellar hook‑associated protein FlgK |
TGCCGGAATTGGTGCCCACGGTCGACTTGGTCTGCAGGTCCAGCAGCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTGGGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCT > NC_002947/4973815‑4974108 | tGCCGGAATTGGTGCCCACGGTCGACTTGGTCTGCAGGTCCAGCAGCGCTTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAg < 2:98342/149‑1 (MQ=255) gtccatcgccgtgccgatgctggatgcggccggcgacccgattctggatggtagcggtaacccgcgtacctTTGCCGTCGGCATTGATCGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCaaa > 2:104178‑M1/72‑148 (MQ=255) catcgccgtgccgatgctggatgcggccggcgacccgattctggatggtagcggtaacccgcgtacctTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGt > 7:311809‑M1/69‑148 (MQ=255) ttGGTGCCCACGGTCGACTTGGTCTGCAGGTCCAGCAGCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCCTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCgg < 7:178549/149‑1 (MQ=255) gTGCCCACGGTCGACTTGGTCTGCAGGTCCAGCAGCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGt < 7:319454/148‑1 (MQ=255) gCCCACGGTCGACTTGGTCTGCAGGTCCAGCAGCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTAc < 2:31145/149‑1 (MQ=255) gCCCACGGTCGACTTGGTCTGCAGGTCCAGCAGCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTAc > 4:302404/1‑149 (MQ=255) ccACGGTCGACTTGGTCTGCAGGTCCAGCAGCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCg > 3:261773/1‑149 (MQ=255) cACGGGAGACTTCGTCTGCAGGTCCATCAGCGCGTTGGCATTGCGGTTGTACGCGTTTCAGTCGGCATTCAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCTGGGCTGCCACCGATTTTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTAcctc < 8:73578/149‑3 (MQ=255) aCGGTCGACTTGGTCTGCAGGTCCAGCAGCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCCCCGAGTGTGGTGTCGACGGCAAAGGTACGCGGGGTACCGCt > 2:326238/1‑149 (MQ=255) gACTTGGTCTGCAGGTCCAGCAGCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGCACGCGGGTTACCGCTACCATc > 2:298593/1‑149 (MQ=255) aCTTGGTCTGCAGGTCCAGCAGCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATcc < 4:261773/149‑1 (MQ=255) aCTTGGTCTGCAGGTCCAGCAGCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATcc < 3:302404/149‑1 (MQ=255) gCAGGTCCAGCAGCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCggg > 1:372549/1‑149 (MQ=255) cAGGTCCAGCAGCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTCACCGCTACCATCCAGAATCgg < 6:335811/147‑1 (MQ=255) gTCCAGCAGCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAg < 5:265137/112‑1 (MQ=255) gTCCAGCAGCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAg > 6:265137/1‑112 (MQ=255) tCCAGCAGCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCgcc > 8:10744/1‑149 (MQ=255) cagcagCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAg < 1:246266/109‑1 (MQ=255) cagcagCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAg > 2:246266/1‑109 (MQ=255) gcagcGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCgccggcc > 2:347531/1‑149 (MQ=255) agcGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGc < 2:203043/149‑1 (MQ=255) gTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTc > 1:224644/1‑135 (MQ=255) gTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTc < 2:224644/135‑1 (MQ=255) gCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCAt < 2:372549/149‑1 (MQ=255) gCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCAt > 6:107120/1‑149 (MQ=255) aTTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAATGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCgg > 3:115134/1‑126 (MQ=255) aTTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAATGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCgg < 4:115134/126‑1 (MQ=255) cGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATcc < 7:321375/138‑1 (MQ=255) cGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATcc > 8:321375/1‑138 (MQ=255) ccGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATg > 1:33904/1‑149 (MQ=255) cGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATg < 8:231751/148‑1 (MQ=255) acctttgccgtcgagaccacaatcggtggcagccctgcggccaatgacagctttaccctgtcgttcaatgccgacggcaaAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATg > 7:311809‑M2/81‑148 (MQ=255) tttgccgtcgagaccacaatcggtggcagccctgcggccaatgacagctttaccctgtcgatcaatgccgacggcaaAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGAc > 2:104178‑M2/78‑148 (MQ=255) cTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTAc < 7:354126/92‑1 (MQ=255) cTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTAc > 8:354126/1‑92 (MQ=255) GTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACttgt < 4:346880‑M1/149‑1 (MQ=255) TCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACttgtt > 5:107120‑M1/1‑149 (MQ=255) GGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTtgttgt > 1:326238‑M1/1‑149 (MQ=255) gCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGCACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTc < 1:298593/149‑1 (MQ=255) aTTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATc < 2:229435/90‑1 (MQ=255) aaCGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGcc > 6:174518/1‑148 (MQ=255) cGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTAcg < 7:10941/66‑1 (MQ=255) cGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTAcg > 8:10941/1‑66 (MQ=255) aGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGcac > 1:303987/1‑149 (MQ=255) gCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGc < 2:33904/149‑1 (MQ=255) cTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGGCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGcc < 5:193651/149‑1 (MQ=255) tGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCg > 3:158345/1‑149 (MQ=255) cggccaatgacagctttaccctgtcgttcaatgccgacggcaaAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGt < 8:311809‑M2/106‑1 (MQ=255) aTTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTa < 3:346880/148‑1 (MQ=255) gCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTAc < 7:78519/145‑1 (MQ=255) gCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTAc > 8:78519/1‑145 (MQ=255) cAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTgg < 3:94941/149‑1 (MQ=255) tGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGcaccac > 7:228129/1‑124 (MQ=255) tGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGcaccac < 8:228129/124‑1 (MQ=255) ccACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTGGGTACCCt < 1:347531/148‑1 (MQ=255) cACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCCAGATTGGTAccggca < 2:303987/149‑5 (MQ=255) gacggcaaAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTGGGTAcc < 7:17549‑M2/121‑1 (MQ=255) gacggcaaAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACCGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCAGCCCGTACCAATCTGGCTAcc > 8:17549‑M2/9‑129 (MQ=255) caaAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTGGGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGccc > 3:276939‑M2/4‑149 (MQ=255) aaAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTGGGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCt > 1:266232‑M2/3‑149 (MQ=255) aaAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTGGGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCt > 8:114198‑M2/3‑149 (MQ=255) aaAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTGGGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCt > 6:278640‑M2/3‑149 (MQ=255) aaAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTGGGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCt > 6:272232‑M2/3‑149 (MQ=255) | TGCCGGAATTGGTGCCCACGGTCGACTTGGTCTGCAGGTCCAGCAGCGCGTTGGCATTGCGGTTGTCCGCCTTGCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTGGGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCT > NC_002947/4973815‑4974108 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |