New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5534108 = | 44 (0.750) | 3 (0.050) | 3/248 | NT | 7.0% | coding (367/1137 nt) | PP_4867 | BraC‑like branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
? | NC_002947 | 5534150 = | 37 (0.650) | coding (325/1137 nt) | PP_4867 | BraC‑like branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
AGTCGCCAGCGACGATACCCTGCTGGTCGTCACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCGGTTCACAGGCGTCATCGCCTTTGACCAGGACGATTTTCTCGCCATTCACGCCACCAGCGG > NC_002947/5534003‑5534293 | aGTCGCCAGCGACGATACCCTGCTGGTCGTCACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCgtg > 4:335177/1‑149 (MQ=255) gTCGCCAGCGACGATACCCTGCTGGTCGTCACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCgtgt < 3:335177/149‑1 (MQ=255) gTCGCCAGCGACGATACCCTGCTGGTCGTCACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCgtgt < 3:118530/149‑1 (MQ=255) tCGCCAGCGACGATACCCTGCTGGTCGTCACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGtt < 6:354014/149‑1 (MQ=255) gatgacgcctgtgaaccgaagcaagccgtggccgtggccaaccgcctggtcgatcaggacaaggtgattggcgtggtgggccacttctgttcctccaacaCGATCACGCCCGCCTCGTCATACACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTgga > 4:290980‑M1/101‑149 (MQ=255) cgaGCGACGATACCCTGCTGGTCGTCACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTgga < 3:75387/147‑1 (MQ=255) cAGCGACGATACCCTGCTGGTCGTCACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTggag < 5:244373/149‑1 (MQ=255) cAGCGACGATACCCTGCTGGTCGTCACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTggag < 3:175071/149‑1 (MQ=255) gacgaTACCCTGCTGGTCGTCACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAAc < 7:250700/149‑1 (MQ=255) gaTACCCTGCTGGTCGTCACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAg > 2:110155/1‑148 (MQ=255) ccTGCTGGTCGTCACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTgg > 5:141540/1‑149 (MQ=255) ccTGCTGGTCGTCACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGGTGGAGGAACAGAAGTgg > 4:286112/1‑149 (MQ=255) ctgctgGTCGTCACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGc > 7:211777/1‑149 (MQ=255) ccgaagcaagccgtggccgtggccaaccgcctggtcgatcaggacaaggtgattggcgtggtgggccacttctgttcctccaacaCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGtt > 2:140601‑M1/86‑131 (MQ=255) ccgaagcaagccgtggccgtggccaaccgcctggtcgatcaggacaaggtgattggcgtggtgggccacttctgttcctccaacaCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGtt < 1:140601‑M1/46‑1 (MQ=255) tcgtcACGGCCGCACATGCGGAACATGGCAATCAGGCCGCGATCAGTGAGCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACCCCCGCCTCGTCATATACGTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCcaccac > 8:235304/1‑149 (MQ=255) gtcACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTggag < 7:26651/127‑1 (MQ=255) gtcACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTggag > 8:26651/1‑127 (MQ=255) gtcACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGc < 5:191283/149‑1 (MQ=255) gtcACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGGGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCCGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGATGTGGCCCACCACg < 8:114893/148‑1 (MQ=255) aCGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTgga > 7:58439/1‑123 (MQ=255) aCGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTgga < 8:58439/123‑1 (MQ=255) aCGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCaa > 8:167446/1‑149 (MQ=255) cGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCAcc > 5:283006/1‑149 (MQ=255) gCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCt > 6:29264/1‑149 (MQ=255) ggAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGa < 1:110155/149‑1 (MQ=255) gAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTgg > 1:330487/1‑107 (MQ=255) gAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTgg < 2:330487/107‑1 (MQ=255) aGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCgg < 6:141540/147‑1 (MQ=255) gcTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTggccacg > 8:164923/1‑149 (MQ=255) tgtgGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGTACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAAACACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGgcttc > 5:139674/1‑148 (MQ=255) tgGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGgcttgct > 1:74260/1‑149 (MQ=255) ggtggAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCGGt < 8:14963/148‑1 (MQ=255) tGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCGGTTCACAGGCg > 7:274287/1‑148 (MQ=255) tccaacacgatcccggcgtccgaggtgtatgacgaggcgggcgtgatcgTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCGGTTCACAGGCGTCATc > 4:290980‑M2/50‑149 (MQ=255) aacacgatcccggcgtccgaggtatatgacgaggcgggcgtgatcgTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCgg > 2:140601‑M2/47‑131 (MQ=255) aacacgatcccggcgtccgaggtatatgacgaggcgggcgtgatcgTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCgg < 1:140601‑M2/85‑1 (MQ=255) ggCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCGGTTCACAGGCGTCATCGCCtt > 4:256144/1‑149 (MQ=255) gccacCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCCGACGCCGGGTTCGTGTTGGAGGATCAGAAGTGGCCCTCCACGCCAATCACCTTGTCCTGTTCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCGGTTCACAGGCGTCATCGCCtt > 7:235304‑M1/6‑148 (MQ=255) gCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCGGTTCACAGGCGTCATCGCCtt < 7:167446/148‑1 (MQ=255) gcccgccTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCATGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCGGTTCACAGGCGTCATCGCCTTTGACCAGGa > 2:279653/1‑149 (MQ=255) gTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCGGTTCACAGGCGTCATCGCCTTTGACCAGGACGATTTtc < 6:283006/148‑1 (MQ=255) tCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCCCGGCTGGCTTCGGTTCACAGGCGTCCTCTCCGTTGACCCGGCCCAGTTtctc > 8:126103/1‑149 (MQ=255) cATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCGGTTCACAGGCGTCATCGCCTTTGACCAGGACGATTTTCTCg > 4:150810/1‑149 (MQ=255) atatACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCGGTTCACAGGCGTCATCg > 7:260509/1‑124 (MQ=255) atatACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCGGTTCACAGGCGTCATCg < 8:260509/124‑1 (MQ=255) cTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCGGTTCACAGGCGTCATCGCCTTTGACCAGGACGATTTTCTCGCCATTCa < 6:181793/149‑1 (MQ=255) ggACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCGGTTCACAGGCGTCATCGCCTTTGACCAGGACGATTTTCTCGCCATTCACGc > 2:110743/1‑149 (MQ=255) ccGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGAt > 5:216082/1‑57 (MQ=255) ccGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGAt < 6:216082/57‑1 (MQ=255) cGGGATCGTGTTCGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGTCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCGGTTCACAGGCGTCATCGCCTATGACCAGGACGAATATCTCGCCATTCACGCAACCAg > 6:135248/1‑149 (MQ=255) gatcgTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCGGTTCACAGGCGTCATCGCCTTTGACCAGGACGATTTTCTCGCCATTCACGCCACCAgcgg < 5:29264‑M2/144‑1 (MQ=255) | AGTCGCCAGCGACGATACCCTGCTGGTCGTCACGGCCGCACATGCGGAACATGGCACTCAGGCCGCGCTCAGTGACCTGTGGGTTGGTGGAGCCTGGGGTGATGGCGATCACGCCCGCCTCGTCATATACCTCGGACGCCGGGATCGTGTTGGAGGAACAGAAGTGGCCCACCACGCCAATCACCTTGTCCTGATCGACCAGGCGGTTGGCCACGGCCACGGCTTGCTTCGGTTCACAGGCGTCATCGCCTTTGACCAGGACGATTTTCTCGCCATTCACGCCACCAGCGG > NC_002947/5534003‑5534293 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |