New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5583793 | 28 (1.090) | 5 (0.200) | 3/276 | 3.4 | 16.0% | coding (1939/2259 nt) | parC | DNA topoisomerase IV subunit A |
? | NC_002947 | = 5583844 | 26 (1.060) | coding (1888/2259 nt) | parC | DNA topoisomerase IV subunit A | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CAAATTCTTCACGGCTGGCCACCCGGTCACCCGGCACGCCAATGATCTTGTTGCCCTTGCCTTTACCCAGCTGTGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCGGCCTTGTTCTTGGCCTGCAGGTCTTCACCCTTGACCACGAAGCCGTAACCGGCATCCGAAGCCACCACGTACAGCGCAT > NC_002947/5583652‑5583939 | cAAATTCTTCACGGCTGGCCACCCGGTCACCCGGCACGCCAATGATCTTGTTGCCCTTGCCTTTACCCAGCTGTGGCAAGTCGCTGCCATTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGATCGCGATc > 7:65653/1‑148 (MQ=255) cAAATTCTTCACGGCTGGCCACCCGGTCACCCGGCACGCCAATGATCTTGTTGCCCTTGCCTTTACCCAGCTGTGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATc < 4:103870/148‑1 (MQ=255) ccACCCGGTCACCCGGCACGCCAATGATCTTGTTGCCCTTGCCTTTACCCAGCTGTGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCggg < 3:106803/146‑1 (MQ=255) aCCCGGCACGCCAATGATCTTGTTGCCCTTGCCTTTACCCAGCTGTGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTg > 1:17628/1‑148 (MQ=255) cccGGCACGCCAATGATCTTGTTGCCCTTGCCTTTACCCAGCTGTGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTgg < 1:94299/148‑1 (MQ=255) gCACGCCAATGATCTTCTTGCCCTTGCCTTTACCCAGCTGTGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCACGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGTcccc > 2:54681/1‑148 (MQ=255) ccAATGATCTTGTTGCCCTTGCCTTTACCCAGCTGTGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTgg < 6:109604/148‑1 (MQ=255) cAATGATCTTGTTGCCCTTGCCTTTACCCAGCTGTGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTgg > 6:117223/1‑147 (MQ=255) ttgCCCTTGCCTTTACCCAGCTGTGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAg < 5:22236/146‑1 (MQ=255) ttgCCCTTGCCTTTACCCAGCTGGGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGGCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGAGCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAg < 7:123951/146‑1 (MQ=255) ccTTGCCCTTACCCAGCTGTGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGc < 8:72288/147‑1 (MQ=255) tttACCCAGCTGTGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGCCCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCg > 8:57810/1‑148 (MQ=255) tttACCCAGCTGTGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCg < 5:63638/148‑1 (MQ=255) cccAGCTGTGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGGTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCGGcc < 4:3738/147‑1 (MQ=255) cAGCTGTGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCATCAGGCGGCCTTCTGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCGGCCTTg < 3:63594/148‑1 (MQ=255) aGCTGTGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCGGCCTTGt > 5:431/1‑148 (MQ=255) cTGTGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCGGCCTTGTTc > 8:45379/1‑148 (MQ=255) gCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCGGCCTTGTTCTTGGc > 1:43872/1‑148 (MQ=255) cGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCGGCCTTGTTCTTGGCCTGCAg < 8:34592/148‑1 (MQ=255) cTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCGGCCTTGTTCTTGGCCTGCAGGt < 3:22573/148‑1 (MQ=255) tGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCGGCCTTGTTCTTGGCCTGCAGGTc > 1:31780/1‑148 (MQ=255) tGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCGGCCTTGTTCTTGGCCTGCAGGTc < 8:24197/148‑1 (MQ=255) ttCGGTGGGCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCGGCCTTGTTCTTGGCCTGCAGGTCTTCACCCTTGACCACGAAGCCGTaa < 5:15605/148‑1 (MQ=255) gtggtCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCGGCCTTGTTCTTGGCCTGCAGGTCTTCACCCTTGACCACGAAGCCGTAACCg > 8:82833/1‑147 (MQ=255) cAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCGGCCTTGTTCTTGGCCTGCAGGTCTTCACCCTTGACCACGAAGCCGTAACCGGCATCCGAAGccacc > 3:11491/1‑148 (MQ=255) aCCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCGGCCTTGTTCTTGGCCTGCAGGTCTTCACCCTTGACCACGAAGCCGTAACCGGCATCCGAAGCcaccac < 7:45379/148‑1 (MQ=255) ccAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCGGCCTTGTTCTTGGCCTGCAGGTCTTCACCCTTGACCACGAAGCCGTAACCGGCATCCGAAGCcaccac > 8:113179/1‑147 (MQ=255) tCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCGGCCTTGTTCTTGGCCTGCAGGTCTTCACCCTTGACCACGAAGCCGTAACCGGCATCCGAAGCCACCACGTACAGCGCAt > 3:111543/1‑148 (MQ=255) | CAAATTCTTCACGGCTGGCCACCCGGTCACCCGGCACGCCAATGATCTTGTTGCCCTTGCCTTTACCCAGCTGTGGCAAGTCGCTGACCTTGAACACCAGCAGGCGGCCTTCGGTGGTCACCGCCGCCAACCAGTCCTGCTCGCGATCGGCCACCGGGCGCGGGGTCATGACCTTGGCCCCGTTGGGCAAGCTGAGCAGGCCTTTGCCGGCCTTGTTCTTGGCCTGCAGGTCTTCACCCTTGACCACGAAGCCGTAACCGGCATCCGAAGCCACCACGTACAGCGCAT > NC_002947/5583652‑5583939 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |