New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5684080 = | 39 (1.510) | 3 (0.120) | 3/276 | 3.4 | 7.6% | coding (2813/4941 nt) | PP_4988 | signal transduction histidine kinase CheA/CheY‑like receiver |
? | NC_002947 | 5684118 = | 36 (1.470) | coding (2775/4941 nt) | PP_4988 | signal transduction histidine kinase CheA/CheY‑like receiver | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TCAAGCATATGCGCCAGCCGGTCGTGGCAGTTCTGCAGCAGTGCGAACAGTGGCGCACTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCAGCGCGCCAGGGCCGCCGCGGCGCTCTCGACGATGTCCGAGCTTTCTTCCAGGAACACTT > NC_002947/5683939‑5684218 | tCAAGCATATGCGCCAGCCGGTCGTGGCAGTTCTGCAGCAGTGCGAACAGTGGCGCACTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATgcgcg > 7:77555/1‑148 (MQ=255) gCATATGCGCCAGCCGGTCGTGGCAGTTCTGCAGCAGTGCGAACAGTGGCGCACTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCAc > 4:50605/1‑148 (MQ=255) gcCAGCCGGTCGTGGCAGTTCTGCAGCAGTGCGAACAGTGTCGCACTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTg < 7:38836/147‑1 (MQ=255) gcCAGCCGGTCGTGGCAGTTCTGCAGCAGTGCGAACAGTGGCGCACTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGa < 7:31835/148‑1 (MQ=255) cAGCCGGTCGTGGCAGTTCTGCAGCAGTGCGAACAGTGGCGCACTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAgg < 1:4730/148‑1 (MQ=255) aGCCGGTCGTGGCAGTTCTGCAGCAGTGCGAACAGTGGCGCACTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAggg < 1:98892/148‑1 (MQ=255) gTCGTGGCAGTTCTGCAGCAGTGCGAACAGTGGCGCACTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGc < 7:94659/148‑1 (MQ=255) tCGTGGCAGTTCTGCAGCAGTGCGAACAGTGGCGCACTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGGTTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCa > 3:77465/1‑148 (MQ=255) tGCAGCAGTGCGAACAGTGGCGCACTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCa > 6:98615/1‑148 (MQ=255) gcagTGCGAACAGTGGCGCACTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGtt < 3:31758/148‑1 (MQ=255) gcagTGCGAACAGTGGCGCACTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGGGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGtt < 8:88384/148‑1 (MQ=255) gcagGGCGAACAGTGGCGCACTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGtt < 3:29949/148‑1 (MQ=255) gAACAGTGGCGCACTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCAcc > 2:5165/1‑148 (MQ=255) aaCAGTGGCGCACTTGTCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTTGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTTCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCt < 3:65286/148‑1 (MQ=255) gcgcACTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTGTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACgct > 6:136964/1‑148 (MQ=255) cgcACTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACgctg > 6:125948/1‑148 (MQ=255) aCTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGctgctg > 2:147400/1‑148 (MQ=255) ttGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTgcg > 4:115465/1‑148 (MQ=255) cggcAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCggg < 3:61691/148‑1 (MQ=255) ggcAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAg > 2:35351/1‑107 (MQ=255) ggcAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGt > 5:14271/1‑148 (MQ=255) cAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGAGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCg > 1:48351/1‑148 (MQ=255) aTCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGc > 6:6005/1‑148 (MQ=255) ccGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCa < 2:68236/148‑1 (MQ=255) ccGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACGCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCa < 8:58128/148‑1 (MQ=255) tCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGCTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCAGCGCGCCAGGgccg > 5:6996/1‑148 (MQ=255) agGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCAGCGCGCCAGGGCCGCCgcgg > 8:85165/1‑148 (MQ=255) ggAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCAGCGCGCCAGGGCCGCCgcggc > 5:98762/1‑148 (MQ=255) aaCTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCAGCGCGCCAGGGCCGCCGCGgcgc > 4:131801/1‑148 (MQ=255) tCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCAGCGCGCCAGGGCCGCCGCGGCGctct > 2:29100/1‑148 (MQ=255) cAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCAGCGCGCCAGGGCCGCCGCGGCGCTCTcg > 4:99576/1‑148 (MQ=255) aGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCAGCGCGCCAGGGCCGCCGCGGCGCgctc < 8:87875/146‑1 (MQ=255) aGTTCGTGGGCCAGGGCGCCGATCGGGGGGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCAGCGCGCCAGGGCCGCCGCGGCGCTCTcga < 5:133853/148‑1 (MQ=255) ccAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCAGCGCGCCAGGgc > 3:128703/1‑121 (MQ=255) cAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCAGCGCGCCAGGgcc < 4:128703/121‑1 (MQ=255) aGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCAGCGCGCCAGGGCCGCCGCGGCGCTCTCGACGATGTCCGAGc < 1:145978/148‑1 (MQ=255) aTCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCAGCGCGCCAGGGCCGCCGCGGCGCTCTCGACGATGTCCGAGCTTTCTTCCa < 1:2590/148‑1 (MQ=255) tGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCAGCGCGCCAGGGCCGCCGCGGCGCTCTCGACGATGTCCGAGCTTTCTTCCAGGAacac > 2:135392/1‑148 (MQ=255) tttCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCAGCGCGCCAGGGCCGCCGCGGCGCTCTCGACGATGTCCGAGCTTTCTTCCAGGAACACtt > 2:76433/1‑147 (MQ=255) | TCAAGCATATGCGCCAGCCGGTCGTGGCAGTTCTGCAGCAGTGCGAACAGTGGCGCACTTGGCGGCAATCTACCCGCAGCCAACAGCTCGTAGAGGAACTCCAGTTCGTGGGCCAGGTCGCCGATCGGGGTGATTTCGACCATGCGCGCCACGCCTTTGAGGGTGTGCAGGTCGCGCATCAGGTTGTCCACCTCGACGCTGCTGCGCGGGTCGGCCTGCCAGCGCGCCAGGGCCGCCGCGGCGCTCTCGACGATGTCCGAGCTTTCTTCCAGGAACACTT > NC_002947/5683939‑5684218 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |