New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 673259 = | 43 (0.830) | 4 (0.080) | 4/248 | NT | 7.6% | coding (261/777 nt) | PP_0574 | LuxR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 673325 = | 56 (1.140) | coding (195/777 nt) | PP_0574 | LuxR family transcriptional regulator |
TCCAGCAAAGCCGCTTCTTGCCGACGGACGCCTGCCAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCTCGATGGCTTCGTCGGTTGA > NC_002947/673125‑673405 | tCCAGCAAAGCCGCTTCTTGCCGACGGACGCCTGCCAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGt > 8:195390/1‑149 (MQ=255) cAGCAAAGCCGCTTCTTGCCGACGGACGCCTGCCAGCAGTTCATCAAGGTCAATCGGCTTATGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGACCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTgc > 5:154410/1‑149 (MQ=255) ttcttGCCGACGGACGCCTGCCAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGt > 3:313067/1‑149 (MQ=255) tcgaaaccaagggctatgcctgcgttacagccctctcaaccgacgaagccatcgagcactatgtggcagacccgaccatcggcttgctcatctgtgacctgcacatgcccgatcggGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGAt < 4:284297‑M1/33‑1 (MQ=255) ggacgCCTGCCAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTc < 6:304460/149‑1 (MQ=255) acgCCTGCCAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTc > 1:98532/1‑147 (MQ=255) gctatgcctgcgttacagccctctcaaccgacgaagccatcgagcactatgtggcagacccgaccatcggcttgctcatctgtgacctgcacatgcccgatcggGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGgc < 5:248313‑M1/45‑1 (MQ=255) cTGCCAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGgcg > 6:303250/1‑149 (MQ=255) ccAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGgcgc < 2:22551/147‑1 (MQ=255) ccAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATAAAAGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGgcgcg > 1:274455/1‑148 (MQ=255) agTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAg > 8:200947/1‑149 (MQ=255) atcaAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑Ga < 3:262264/149‑1 (MQ=255) tcaAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCTAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCTCGCCCTGTCAACATGATGGCGTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GAt < 6:154410/149‑1 (MQ=255) caAGGTCCTTCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATg > 5:151867/1‑149 (MQ=255) tCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCGCGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATc > 5:215653/1‑149 (MQ=255) tcaaccgacgaagccatcgagcactatgtggcagacccgaccatcggcttgctcatctgtgacctgcacatgcccgatcggGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATc > 6:248313‑M1/82‑147 (MQ=255) cATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCaa > 3:25919/1‑123 (MQ=255) cATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCaa < 4:25919/123‑1 (MQ=255) aaccgacgaagccatcgagcactatgtggcagacccgaccatcggcttgctcatctgtgacctgcacatgcccgatcggGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATcc > 3:284297‑M1/80‑146 (MQ=255) gtagtaATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCATCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCAt < 7:200947/147‑1 (MQ=255) gCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCt < 5:192379/97‑1 (MQ=255) gCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCt > 6:192379/1‑97 (MQ=255) aaaaCCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTca > 2:224877/1‑145 (MQ=255) aaaCCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGAt < 5:140926/149‑1 (MQ=255) aaaCCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGAt < 2:98532/149‑1 (MQ=255) aCCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCAGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATg < 1:224877/149‑1 (MQ=255) cTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAg > 5:135854/1‑148 (MQ=255) tCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTcac > 7:197268/1‑139 (MQ=255) tCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTcac < 8:197268/139‑1 (MQ=255) cgcgTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCGCGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCa < 6:215653/147‑1 (MQ=255) gcgTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGt > 8:269305/1‑77 (MQ=255) gcgTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGt < 7:269305/77‑1 (MQ=255) gcgTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGc < 7:195390/149‑1 (MQ=255) gCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGt > 6:215435/1‑149 (MQ=255) cccGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTc > 2:14823/1‑149 (MQ=255) gATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGt > 6:166465/1‑149 (MQ=255) tCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCt > 6:25940/1‑149 (MQ=255) aaGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGc < 5:215435/149‑1 (MQ=255) cTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCcaca > 2:85453/1‑148 (MQ=255) tttCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAg < 2:309740/148‑1 (MQ=255) tttCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGt > 2:172693/1‑149 (MQ=255) ctcGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCt > 6:270663/1‑149 (MQ=255) ctcGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCt > 6:275103/1‑149 (MQ=255) cGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCTc > 2:150881/1‑148 (MQ=255) gCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCTCGAt > 6:239597/1‑149 (MQ=255) gCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCTCGAt < 1:85453/149‑1 (MQ=255) tccTATCTACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCGGTTGATTTCGTTCAATGCGCGCAGCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTGACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCTCGATGGCt < 4:304045/147‑1 (MQ=255) aaCATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCTCGATGGCTTCGTCGGt > 4:220707/1‑149 (MQ=255) aCATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCTCGATGGCTTCGTCGGtt < 5:303250/149‑1 (MQ=255) cATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGCCTGCCGTTGATATCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GAAGCCATCCCGATCGGGCATGTGAAGGTCACAGATGAGCAAGCAGAAGGTCGCGAATGCCACATAGTGCTCGAAGGCt > 3:304045/1‑139 (MQ=255) GATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCTCGATGGCTTCGTCGGTTga < 4:132376‑M1/147‑1 (MQ=255) | TCCAGCAAAGCCGCTTCTTGCCGACGGACGCCTGCCAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTC‑GATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCTCGATGGCTTCGTCGGTTGA > NC_002947/673125‑673405 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |