| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 2303099 = | 86 (1.670) | 5 (0.100) | 3/246 | NT | 5.6% | intergenic (‑184/+111) | PP_mr30/PP_2027 | C4 ncRNA/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 2303144 = | 86 (1.760) | intergenic (‑229/+66) | PP_mr30/PP_2027 | C4 ncRNA/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CCGGTCACCGAAGCGACCCGGAAACGTTATCCGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTC > NC_002947/2302953‑2303245 | ccGGTCACCGAAGCGACCCGGAAACGTTATCCGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTgc < 1:151344/149‑1 (MQ=255)ccGGTCACCGAAGCGACCCGGAAACGTTATCCGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTgc < 3:121066/149‑1 (MQ=255)ccGGTCACCGAAGCGACCCGGAAACGTTATCCGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTgc > 4:260403/1‑149 (MQ=255)ccGGTCACCGAAGCGACCCGGAAACGTTATCCGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTgc < 8:151350/149‑1 (MQ=255) ggtaccattccgccagctgagcaggtgttgctgccggcgggcgagaacggcagcttgccgccgctctatcccaagtaagtggttgcctgtgcgggcctcttcgcgggcatgcccgctcccactgaccgcgtacgccgagaacctTgcgc < 1:6151‑M1/5‑1 (MQ=255) tCACCGAAGCGACCCGGAAACGTTATCCGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCg > 4:149332/1‑149 (MQ=255) accattccgccagctgagcaggtgttgctgccggcgggcgagaacggcagcttgccgccgctctatcccaagtaagtggttgcctgtgcgggcctcttcgcgggcatgcccgctcccactgaccgcgtacgccgagaacctTGCGCCg < 5:35294‑M1/7‑1 (MQ=255) aCCGAAGCGACCCGGAAACGTTATCCTTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCATCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGgt < 6:301414/149‑1 (MQ=255) ccGAAGCGACCCGGAAACGTTATCCGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGgtg > 4:281851/1‑149 (MQ=255) cGAAGCGACCCGGAAACGTTATCCGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGgtgt > 7:275389/1‑149 (MQ=255) gACCCGGAAACGTTATCCGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCgg < 5:316822/149‑1 (MQ=255) aCCCGGAAACGTTATCCGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGAGATAGTTCGGCAGAGCGCGTAGGGTAATTCATAAGAGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATGTTAGGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCggg > 8:49412/1‑149 (MQ=255) cccGGAAACGTTATCCGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCggg > 3:266024/1‑148 (MQ=255) gctgagcaggtgttgctgccggcgggcgagaacggcagcttgccgccgctctatcccaagtaagtggttgcctgtgcgggcctcttcgcgggcatgcccgctcccactgaccgcgtacgccgagaacctTgcgc < 1:89941‑M1/5‑1 (MQ=255) gctgagcaggtgttgctgccggcgggcgagaacggcagcttgccgccgctctatcccaagtaagtggttgcctgtgcgggcctcttcgcgggcatgcccgctcccactgaccgcgtacgccgagaacctTgcgc > 2:89941‑M1/130‑134 (MQ=255) ttttCCGTGATGTGTTTCCCCGTCAACTGCCTTAGTTCTGCATCGCGCTTAGGGTTATTCCTAAGTGGTTTGATTCTTAATCATTTGTTTGCAGGTTCATAAATATATTACGGTGGTAGCTGCGCCTGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTc < 7:49412/146‑1 (MQ=255) ttATCCGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTc > 1:17939/1‑149 (MQ=255) aTCCGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TAGCGGGCACGCCCTCTcc > 3:210221/1‑148 (MQ=255) tCCGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCca > 1:218900/1‑149 (MQ=255) cGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTccc > 4:23954/1‑146 (MQ=255) cGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTccc < 3:23954/146‑1 (MQ=255) cGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCca > 7:221306/1‑147 (MQ=255) cGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGAGCCGGTGT‑TCGCGGGCACCCCCGCTCCca > 7:105051/1‑147 (MQ=255) gTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGCGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 8:52687/149‑1 (MQ=255) gtgtTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTc < 2:282392/138‑1 (MQ=255) gagaacggcagcttgccgccgctctatcccaagtaagtggttgcctgtgcgggcctcttcgcgggcatgcccgctcccactgaccgcgtacgccgagaacctTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAg > 2:265443‑M1/103‑149 (MQ=255) gagaacggcagcttgccgccgctctatcccaagtaagtggttgcctgtgcgggcctcttcgcgggcatgcccgctcccactgaccgcgtacgccgagaacctTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAg > 1:235200‑M1/103‑149 (MQ=255) cccGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGGCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGTACGgcgggag > 4:42864/1‑145 (MQ=255) cccGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCaa < 5:242525/148‑1 (MQ=255) cccGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAg > 5:166027/1‑149 (MQ=255) cccGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAg < 3:281851/149‑1 (MQ=255) ccGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTa > 7:174941/1‑139 (MQ=255) ccGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTa < 8:174941/139‑1 (MQ=255) acaGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCg < 8:221306/149‑1 (MQ=255) aGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGtt < 1:170821/143‑1 (MQ=255) 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ttGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCacttactt > 3:198721/1‑149 (MQ=255) gCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTg < 1:5273/148‑1 (MQ=255) cAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTggg < 6:33416/149‑1 (MQ=255) cAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTgg < 6:183029/148‑1 (MQ=255) cAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTgg < 5:112127/148‑1 (MQ=255) aGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGa < 3:260403/149‑1 (MQ=255) ggTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTg < 2:279457/145‑1 (MQ=255) ggTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTg > 1:279457/1‑145 (MQ=255) gTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATa < 8:36345/149‑1 (MQ=255) gTTCACAAATATCTACCGGTGGTTGGTGCGCCGGTTT‑GCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCCGGCCCATGGTTCTCGGCGTCCGGGGTCTGTGGGCG‑CGGGCATGCCGGCTATGAGGCCCGCACAGCCAACCACTTACTTGGtata < 8:216529/149‑1 (MQ=255) gAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAgcg > 1:304159/1‑149 (MQ=255) ttACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACCCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGCCGCCCGCACAGGCCACCACTTACATGGGATAGAGCCGCGGCaac > 6:33739/1‑148 (MQ=255) aCGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCaa < 1:159714/146‑1 (MQ=255) gtAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCacttac < 8:101358/120‑1 (MQ=255) gtAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCacttac > 7:101358/1‑120 (MQ=255) gtAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGtt > 3:210211/1‑149 (MQ=255) gtAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGGCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGtt > 4:207100/1‑149 (MQ=255) tAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAT‑CTGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTtc < 2:37259/149‑1 (MQ=255) gCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTtctc < 7:47144/149‑1 (MQ=255) | CCGGTCACCGAAGCGACCCGGAAACGTTATCCGTGAGGTGTTTCCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTC > NC_002947/2302953‑2303245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |