| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 2303099 = | 86 (1.670) | 5 (0.100) | 3/246 | NT | 5.6% | intergenic (‑184/+111) | PP_mr30/PP_2027 | C4 ncRNA/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 2303144 = | 86 (1.760) | intergenic (‑229/+66) | PP_mr30/PP_2027 | C4 ncRNA/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGGCAGCAACACCTGCTCAGCTGGCGGAATGGTACC > NC_002947/2302996‑2303287 | cgagaacggcagcttgccgccgctctatcccaagtaagtggttgcctgtgcgggcctcttcgcgggcatgcccgctcccactgaccgcgtacgccgagaacctTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCaa > 7:219176‑M1/104‑149 (MQ=255) gagaacggcagcttgccgccgctctatcccaagtaagtggttgcctgtgcgggcctcttcgcgggcatgcccgctcccactgaccgcgtacgccgagaacctTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAg > 2:265443‑M1/103‑149 (MQ=255) gagaacggcagcttgccgccgctctatcccaagtaagtggttgcctgtgcgggcctcttcgcgggcatgcccgctcccactgaccgcgtacgccgagaacctTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAg > 1:235200‑M1/103‑149 (MQ=255) cccGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCaa < 5:242525/148‑1 (MQ=255) cccGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAg > 5:166027/1‑149 (MQ=255) cccGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAg < 3:281851/149‑1 (MQ=255) acaGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCg < 8:221306/149‑1 (MQ=255) aGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGtt < 1:170821/143‑1 (MQ=255) aGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGc > 4:18108/1‑149 (MQ=255) cGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCg > 5:183029/1‑148 (MQ=255) cGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCg > 3:97195/1‑148 (MQ=255) gATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGTGTAATTCGTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGTTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCTGGCACGCCCTCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTa < 5:95829/149‑1 (MQ=255) aTAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTAc > 6:86388/1‑149 (MQ=255) ttCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCgg > 7:46406/1‑149 (MQ=255) tCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGTGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGt > 1:81302/1‑149 (MQ=255) ggCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCa < 4:97195/149‑1 (MQ=255) cAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGt < 3:236124/149‑1 (MQ=255) gcgcgcGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTgg < 2:48097/149‑1 (MQ=255) cgcgcgTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTgg > 2:220422/1‑148 (MQ=255) gcgcgTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGa < 5:261135/149‑1 (MQ=255) gTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑Cgg < 8:46406/149‑1 (MQ=255) ggTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCAt > 5:33416/1‑149 (MQ=255) gTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATg > 2:6151/1‑149 (MQ=255) tAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGc > 5:272385/1‑149 (MQ=255) ttCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCcg > 7:216529/1‑149 (MQ=255) ccTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCcgc < 3:18108/148‑1 (MQ=255) tAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCcgcg > 1:43021/1‑147 (MQ=255) aaGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAag < 2:218900/149‑1 (MQ=255) aGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGaa > 5:312046/1‑147 (MQ=255) aGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAag < 8:177630/148‑1 (MQ=255) gCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAagag < 7:200233/149‑1 (MQ=255) cGGGTTGATTCTGATGCATTGGGTTGCAGGTTCTGAAATATCTTACGGTTGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCAGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCTGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAgg < 4:210221/149‑1 (MQ=255) gTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCAGGTGT‑TCGCGGGCACCCCCCCTCCCACAGGTACCGCGCAAGGTTGTCGGCGTAAGCGGTGAGTTGGAG‑CGGGCATGCCCCCGAACAGGccc > 2:159714/1‑149 (MQ=255) 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4:131195‑M1/1‑149 (MQ=255) gt‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGgca < 6:308797/149‑1 (MQ=255) t‑tCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGgca < 3:149332/148‑1 (MQ=255) t‑tCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGgca < 4:114610/148‑1 (MQ=255) cgcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTtctc < 8:87006/135‑1 (MQ=255) cgcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTtctc > 7:87006/1‑135 (MQ=255) cACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGGCAGCAACACCt < 4:198721/149‑1 (MQ=255) gCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGGCAGCAACACCTGCTCAGc > 6:141206/1‑149 (MQ=255) gCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGGCAGCAACACCTGCTCAGc < 4:256277/149‑1 (MQ=255) cccACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTATTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGGCAGCAACACCTGCTCAGCTgg > 3:100475/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCacttac < 1:162359/86‑1 (MQ=255) ccACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCacttac > 2:162359/1‑86 (MQ=255) ccACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGGCAGCAACACCTGCTCAGCTg < 2:304159/147‑1 (MQ=255) ccACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGGCAGCAACACCTGCTCAGCTGGc > 8:35970/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGGCAGCAACACCTGCTCAGCTGGc < 2:78454/149‑1 (MQ=255) acaGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTcgc < 8:157805/118‑1 (MQ=255) acaGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTcgc > 7:157805/1‑118 (MQ=255) aGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGGCAGCAACACCTGCTCAGCTGGCGGaa < 5:86388/149‑1 (MQ=255) aGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGGCAGCAACACCTGCTCAGCTGGCGGaa < 6:272385/149‑1 (MQ=255) ggTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGGCAGCAACACCTGCTCAGCTGGCGGAAt < 7:35970/149‑1 (MQ=255) gTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGTCCGCCGGCAGCAACACCTGCTCAGCTGGCGGAATg < 1:220422/149‑1 (MQ=255) aCGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGGCAGCAACACCTGCTCAGCTGGCGGAATgg > 5:309492/1‑148 (MQ=255) cggcgcaAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGGCAGCAACACCTGCTCAGCTGGCGGAATGGt < 5:35294‑M2/141‑1 (MQ=255) gcgcaAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGGCAGCAACACCTGCTCAGc > 2:89941‑M2/6‑134 (MQ=255) gcgcaAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGGCAGCAACACCTGCTCAGc < 1:89941‑M2/129‑1 (MQ=255) gcgcaAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGGCAGCAACACCTGCTCAGCTGGCGGAATGGTAcc < 1:6151‑M2/144‑1 (MQ=255) | CCCCGACAACAGCGATAGTTCGGCAGCGCGCGTAGGGTAATTCCTAAGCGGGTTGATTCTGAAGCATTGGGTTGCAGGTTCAGAAATATCTTACGGTGGTAGCTGCGCCGGTGT‑TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCAAGGTTCTCGGCGTACGCGGTCAGTGGGAG‑CGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAACCACTTACTTGGGATAGAGCGGCGGCAAGCTGCCGTTCTCGCCCGCCGGCAGCAACACCTGCTCAGCTGGCGGAATGGTACC > NC_002947/2302996‑2303287 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |