New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4247728 | 43 (0.830) | 3 (0.060) | 3/244 | NT | 6.8% | coding (189/1608 nt) | aruI | 2‑ketoarginine decarboxylase AruI |
? | NC_002947 | = 4247766 | 42 (0.870) | coding (151/1608 nt) | aruI | 2‑ketoarginine decarboxylase AruI |
CTTGCCCAGGCTGGCGGTGTGGTTGACGCTGGAAATCACCAGCATCGGCACCGAGTCGGCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGGTGTGCACGCCGGGGATGCCGAACACGGTCTCCACGCCGTAGTTGGCCAACA > NC_002947/4247584‑4247873 | cTTGCCCAGGCTGGCGGTGTGGTTGACGCTGGAAATCACCAGCATCGGCACCGAGTCGGCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCcgcgcg > 5:297206/1‑148 (MQ=255) gCCCAGGCGGGCGGTGTGGTTGACGGTGGAAATCACCATCATCCGCAACGAGTCGGCATTGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGGCTGGGCCGGTGATGAACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTa < 1:225389/148‑1 (MQ=255) cccAGGCTGGCGGTGTGGTTGACGCTGGAAATCACCAGCATCGGCACCGAGTCGGCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGcc > 5:24007/1‑149 (MQ=255) gCTGGCGGTGTGGTTGACGCTGGAAATCACCAGCATCGGCACCGAGTCGGCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCgg < 4:218159/149‑1 (MQ=255) gtgGTTGACGCTGGAAATCACCAGCATCGGCACCGAGTCGGCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGc > 1:38027/1‑149 (MQ=255) cACCAGCATCGGCACCGAGTCGGCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCg < 6:49951/133‑1 (MQ=255) aCCAGCATCGGCACCGAGTCGGCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGgcg < 8:218574‑M2/149‑4 (MQ=255) ccAGCATCGGCACCGAGTCGGCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGTACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGgcgg < 4:216227‑M2/149‑5 (MQ=255) aGCATCGGCACCGAGTCGGCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGgcgggt > 6:127286‑M2/1‑143 (MQ=255) gCATCGGCACCGTGTCGGCATAGGGTTGGCCGATGGGGGTGGCGAGGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCGACTGTCCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGgcgggtc > 8:54219‑M2/1‑142 (MQ=255) tCGGCACCGAGTCGGCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAAt < 6:297206/149‑1 (MQ=255) cGGCACCTAGTCGGCATAGGCGTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCcacgagcagggcgccggcttcatggccgacggctacgcgcgggtcagtg < 5:314346‑M1/149‑50 (MQ=255) cGGCACCGAGTCGGCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCgg > 6:71830/1‑113 (MQ=255) ggCACCGAGTCGGCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATa > 6:323151/1‑148 (MQ=255) cACCGAGTCGGCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACAt > 1:121119/1‑149 (MQ=255) ccGAGTCGGCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATgg < 6:24007/149‑1 (MQ=255) tCGGCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCGATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAAt < 2:220041/149‑1 (MQ=255) ggCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGc > 2:238565/1‑149 (MQ=255) gCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCcgcgc < 4:99767/89‑1 (MQ=255) gCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCcgcgc > 3:99767/1‑89 (MQ=255) tAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCt > 8:133931/1‑149 (MQ=255) gCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGcc > 6:63194/1‑149 (MQ=255) gCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGcc > 2:46009/1‑149 (MQ=255) gCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGcc > 2:17924/1‑149 (MQ=255) ttGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCcacgagcagggcgccggcttcatggctgacggctacgcgcgggtc > 2:39458‑M1/1‑79 (MQ=255) ttGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCcacgagcagggcgccggcttcatggctgacggctacgcgcgggtc < 1:39458‑M1/124‑46 (MQ=255) gCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGTACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCa < 3:216227/149‑1 (MQ=255) gCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCa < 7:183860/149‑1 (MQ=255) gggTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACgg < 7:218574/149‑1 (MQ=255) tGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTAc < 2:273088/149‑1 (MQ=255) cGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCg > 8:152554/1‑74 (MQ=255) cGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCg < 7:152554/74‑1 (MQ=255) tGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAgg < 8:215171/149‑1 (MQ=255) aCGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGgtgt > 1:284401/1‑148 (MQ=255) aCGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGgtgt < 1:28381/148‑1 (MQ=255) aCGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGgtgt < 2:284401/148‑1 (MQ=255) aCGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGgt < 5:307313/146‑1 (MQ=255) aCGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGgt > 6:307313/1‑146 (MQ=255) aCGCCTGGGCCGGTGAGG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGAGGAGCCGGCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGgtgt < 7:242622/148‑1 (MQ=255) ccTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGGTGTGCAc < 5:323151/149‑1 (MQ=255) cTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGGTGTGCACg > 7:100387/1‑149 (MQ=255) ccGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGGTGTGCACGCCggg < 7:133931/149‑1 (MQ=255) ccGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGGTGTGCACGCCggg < 1:46009/149‑1 (MQ=255) atg‑aCGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGGTGTGCACGCCGGGGATGc < 1:17924/148‑1 (MQ=255) aGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGGTGTGCACGCCGGGGATGCCGAACACg < 5:63194/149‑1 (MQ=255) aGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGGTGTGCACGCCGGGGATGCCGAACACg < 8:100387/149‑1 (MQ=255) gCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAGCGCCACGGTACAGCTCCAGGGTGTGCACGCCGGGGATGCCGAACACg < 1:238565/149‑1 (MQ=255) acacCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGGTGTGCACGCCGGGGATGCCGAACACGGtc > 4:311289/1‑149 (MQ=255) acacCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCACGGTGTGCACGCCGGGGATGCCGAACACGGtc > 3:64492/1‑149 (MQ=255) ccccGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGGTGTGCACGCCGGGGATGCCGAACACg > 7:77721/1‑142 (MQ=255) ccccGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGGTGTGCACGCCGGGGATGCCGAACACg < 8:77721/142‑1 (MQ=255) ccGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGGTGTGCACGCCGGGGATGCCGAACACGGTCTCCACg > 4:97850/1‑149 (MQ=255) ccGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGGTGTGCACGCCGGGGATGCCGAACACGGTCTCCACg > 4:170071/1‑149 (MQ=255) ggCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGGTGTGCACGCCGGGGATGCCGAACACGGTCTCCACGcc < 3:170071/149‑1 (MQ=255) cACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGgcgggtcagtggcaagccgggggtgtgcttcgtcatcaccggcccaggcgtgaccaacgtcgccacccccatcggccacgcctatgccgactaggtgccg < 5:314346‑M2/149‑101 (MQ=255) gACCCGCcacgagcagggcgccggcttcatggccgacggctacgcgcgggacagtcgcaagccgggggtgtgcttcgtcatcaccggcccaggcgtgaccaacctcgccacccccatcggccaaccctatgccgacacggtgccgatgc > 8:54219‑M1/1‑7 (MQ=255) gACCCGCGCGTAGCCGTCAGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGgcgggtcagtggcaagccgggggtgtgcttcgtcatcaccggcccaggcgtgaccaacgtcgccacccccatcggccaa > 2:39458‑M2/1‑45 (MQ=255) gACCCGCGCGTAGCCGTCAGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGgcgggtcagtggcaagccgggggtgtgcttcgtcatcaccggcccaggcgtgaccaacgtcgccacccccatcggccaa < 1:39458‑M2/124‑80 (MQ=255) aCCCGCcacgagcagggcgccggcttcatggccgacggctacgcgcgggtcagtggcaagccgggggtgtgcttcgtcatcaccggcccaggcgtgaccaacgtcgccacccccatcggccaagcctatgccgactcggtgccgatgct > 6:127286‑M1/1‑6 (MQ=255) ccGCcacgagcagggcgccggcttcatggccgacggctacgcgcgggtcagtggcaagccgggggtgtacttcgtcatcaccggcccaggcgtgaccaacgtcgccacccccatcggccaagcctatgccgactcggtgccgatgctgg < 4:216227‑M1/149‑146 (MQ=255) ccGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGGTGTGCACGCCGGGGATGCCGAACACGGTCTCCACGCCGTAGTTGGCcaac > 7:249613/1‑148 (MQ=255) cGCcacgagcagggcgccggcttcatggccgacggctacgcgcgggtcagtggcaagccgggggtgtgcttcgtcatcaccggcccaggcgtgaccaacgtcgccacccccatcggccaagcctatgccgactcggtgccgatgctggt < 8:218574‑M1/149‑147 (MQ=255) | CTTGCCCAGGCTGGCGGTGTGGTTGACGCTGGAAATCACCAGCATCGGCACCGAGTCGGCATAGGCTTGGCCGATGGGGGTGGCGACGTTGGTCACGCCTGGGCCGGTGATG‑ACGAAGCACACCCCCGGCTTGCCACTGACCCGCGCGTAGCCGTCGGCCATGAAGCCGGCGCCCTGCTCGTGGCGGGTCAATACATGGCGAATGCCGCTGCCCGGCAG‑GCCACGGTACAGCTCCAGGGTGTGCACGCCGGGGATGCCGAACACGGTCTCCACGCCGTAGTTGGCCAACA > NC_002947/4247584‑4247873 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |