New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4852078 | 42 (0.810) | 4 (0.080) | 4/250 | NT | 8.8% | coding (252/603 nt) | recR | recombination protein RecR |
? | NC_002947 | = 4852106 | 43 (0.870) | coding (224/603 nt) | recR | recombination protein RecR |
TTCGATCCGCGCCATCAGCTGCGGAATACCGATTGCCTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCATGGCCTGGGTCAAGGCCTGAGCCAGGCGCAGCCCGCCACTGCGGTCG > NC_002947/4851937‑4852225 | ttCGATCCGCGCCATCAGCTGCGGAATACCGATTGCCTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCcgcgccg > 3:186971‑M1/1‑142 (MQ=255) tCCGCGCCATCAGCTGCGGAATACCGATTGCCTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCtgt < 5:31373/149‑1 (MQ=255) gcgcCATCAGCTGCGGAATACCGATTGCCTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCtgtgtg > 6:257978/1‑149 (MQ=255) ccATCAGCTGCGGAATACCGATTGCCTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTgtcg < 6:152039/149‑1 (MQ=255) tCAGCTGCGGAATACCGATTGCCTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCa < 5:179594/149‑1 (MQ=255) aGCTGCGGAATACCGATTGCCTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACg < 4:298580/149‑1 (MQ=255) cTGCGGAATACCGATTGCCTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGgc > 6:248157/1‑149 (MQ=255) cTGCGGAATACCGATTGCCTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCACATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGgc < 2:162902/149‑1 (MQ=255) gCGGAATACCGATTGCCTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGgcgc < 6:221374/149‑1 (MQ=255) cGGAATACCGATTGCCTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGgcgc < 2:238112/148‑1 (MQ=255) gAATACCGATTGCCTCAGGCCCCATGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGgg < 1:195136‑M2/149‑3 (MQ=255) aTACCGATTGCCTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGg > 6:155615‑M2/1‑145 (MQ=255) aTACCGATTGCCTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGg < 5:155615‑M2/146‑2 (MQ=255) ccGTTTGCCTCCGGCCCCAGGCCATCCCGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCcgcgccgtgacgacacacagctgtgcgtggtcga < 7:203416‑M1/148‑35 (MQ=255) cGATTGCCTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGgcg > 7:162465/1‑149 (MQ=255) gATTGCCTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCcgcgccgtgacgacacacagctgtgcgtggtcgaggg < 4:186971‑M1/149‑38 (MQ=255) gATTGCCTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGgcgc < 2:228295/149‑1 (MQ=255) tGCCGCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCcgcgccgtgacgacacacagctgtgcgtggtcgaggggc < 4:18516‑M1/148‑40 (MQ=255) cTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCg > 7:138756/1‑149 (MQ=255) aGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCggg < 6:156769/148‑1 (MQ=255) aGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGc < 2:292260/149‑1 (MQ=255) cccAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAg < 8:162465/149‑1 (MQ=255) cccATCCAGCCGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCt < 8:67604/148‑1 (MQ=255) gcgACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAgg < 7:146731/149‑1 (MQ=255) gTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGg < 4:312471‑M2/105‑2 (MQ=255) gTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGg > 3:312471‑M2/1‑104 (MQ=255) cTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTggc < 7:76572/149‑1 (MQ=255) cTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTggc < 5:248157/149‑1 (MQ=255) gAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGcc > 3:257567/1‑149 (MQ=255) gaaCGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACCTCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTAc < 4:52544/148‑1 (MQ=255) aCGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCtgt > 6:3168/1‑67 (MQ=255) aCGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCtgt < 5:3168/67‑1 (MQ=255) gTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTg < 2:283158/95‑1 (MQ=255) gTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTg > 1:283158/1‑95 (MQ=255) cTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCAAGGCCTGGGTCAAgg > 6:244245/1‑149 (MQ=255) ccACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCATGGCCTGGGTCAAGGcc > 2:229622/1‑149 (MQ=255) cACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCATGGCCTGGGTCAAGGCCt > 6:44163/1‑149 (MQ=255) ccGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGCCGTCACGGCGCGGGGCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCATGGCCTGGGTCAAGGCCTGa < 6:194572/149‑1 (MQ=255) aTACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCt > 7:57101/1‑121 (MQ=255) aTACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCt < 8:57101/121‑1 (MQ=255) tACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCATGGCCTGGGTCAAGGCCTGAGCCAg < 5:257978/149‑1 (MQ=255) tACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCATGGCCTGGGTCAAGGCCTGAGCCAg < 2:195136/149‑1 (MQ=255) cacaTCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCATGGCCTGGCTCAGGCCTTGACCCAGgc < 5:4650/149‑1 (MQ=255) caTCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCATGGCCTGGGTCAAGGCCTGAGCCAGgcg > 1:180081/1‑148 (MQ=255) caTCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCATGGCCTGGGTCAAGGCCTGAGCCAGgcg < 2:180081/148‑1 (MQ=255) aTCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCATGGCCTGGGTCAAGGCCTGAGCCAGgcg > 4:114555/1‑147 (MQ=255) ggtcggCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCATGGCCTGGGTCAAGGCCTGAGCCAGGCGCAGcc > 4:301539/1‑149 (MQ=255) ggtcggCCCCTCGACCACGCACAGCTGAGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCATGGCCTGGGTCAAGGCCTGAGCCACGCGCAGcc > 6:161421/1‑149 (MQ=255) gCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGggtcgaggggccgaccgatgtgtatgcggtggagcagactggctaccgtggccgttacttcgtgctcaaggggcacctgtcgccgctggatggcctggggcctgcggca < 4:18516‑M2/148‑110 (MQ=255) gCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCATGGCCTGGGTCAAGGCCTGAGCCAGGCGCAGCCCGCCa > 5:303012/1‑149 (MQ=255) cccTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGggtcgaggggccgaccgatgtgtatgcggtggagcagactggctaccgtggccgttacttcgtgctcaaggggcacctgtcgccgctggatggcctggggcctgaggcaatc < 4:186971‑M2/149‑113 (MQ=255) ccTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCATGGCCTGGGTCAAGGCCTGAGCCAGGCGCAGCCCGCCACTg > 5:305447/1‑149 (MQ=255) ccTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCATGGCCTGGGTCAAGGCCTGAGCCAGGCGCAGCCCGCCACTg > 7:215185/1‑149 (MQ=255) tCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGggtcgaggggccgaccgatgtgtatgcggtggagcagactggctaccgtggccgttacttcgtgctcaaggggcacctgtcgccgcgggatggcctggggccggaggcaaacgg < 7:203416‑M2/148‑115 (MQ=255) gACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCAt < 8:257260/105‑1 (MQ=255) gACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCAt > 7:257260/1‑105 (MQ=255) cccgcgccgtgacgacacacagctgtgcgtggtcgaggggccgaccgatgtgtatgcggtggagcagactggctaccgtggccgttacttcgtgctcaaggggcacctgtcgccgctggatggcatggggcctgaggcaatcggtattc < 1:195136‑M1/149‑148 (MQ=255) ccgcgccgtgacgacacacagctgtgcgtggtcgaggggccgaccgatgtgtatgcggtggagcagactggctaccgtggccgttacttcgtgctcaaggggcacctgtcgccgctggatggcctggggcctgaggcaatcggtat < 5:155615‑M1/146‑146 (MQ=255) ccgcgccgtgacgacacacagctgtgcgtggtcgaggggccgaccgatgtgtatgcggtggagcagactggctaccgtggccgttacttcgtgctcaaggggcacctgtcgccgctggatggcctggggcctgaggcaatcggtat > 6:155615‑M1/1‑1 (MQ=255) ccgcgccgtgacgacacacagctgtgcgtggtcgaggggccgaccgatgtgtatgcggtggagcagactggctaccgtggccgttacttcgtgctcaaggggcac > 3:312471‑M1/1‑1 (MQ=255) ccgcgccgtgacgacacacagctgtgcgtggtcgaggggccgaccgatgtgtatgcggtggagcagactggctaccgtggccgttacttcgtgctcaaggggcac < 4:312471‑M1/105‑105 (MQ=255) | TTCGATCCGCGCCATCAGCTGCGGAATACCGATTGCCTCAGGCCCCAGGCCATCCAGCGGCGACAGGTGCCCCTTGAGCACGAAGTAACGGCCACGGTAGCCAGTCTGCTCCACCGCATACACATCGGTCGGCCCCTCGACCACGCACAGCTGTGTGTCGTCACGGCGCGGGTCGGCGCACTGCGGGCACAGCTCCTGCTCGGTGAGGGTGCGACACTGGCGGCAATGCCCTACCCCTTCCATGGCCTGGGTCAAGGCCTGAGCCAGGCGCAGCCCGCCACTGCGGTCG > NC_002947/4851937‑4852225 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |