New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5992446 = | 53 (1.030) | 3 (0.060) | 3/246 | NT | 6.2% | coding (437/1263 nt) | opdB | proline‑specific outer membrane porin D |
? | NC_002947 | 5992516 = | 40 (0.820) | coding (507/1263 nt) | opdB | proline‑specific outer membrane porin D |
ACCGGCCTGCTGCCACGCGACAGCGATGGCCGCGCCGAGTCCGAGTACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACTGCCTTCAACAACCAGGACAACAGCTCCACCCACGACGACTTCAGCGGCTACG > NC_002947/5992298‑5992580 | aCCGGCCTGCTGCCACGCGACAGCGATGGCCGCGCCGAGTCCGAGTACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACg > 3:254198/1‑149 (MQ=255) gcatacagtgcggcgccgaacggcccgttgggtgcgaaggtggcaccggccaggctgatggcccggttgtgggtggtcgcgccgtagccgctgaagtcgtcgtgggtggagctgttgtcctggttgttgaaggcagtgaaacgcccgGc > 4:90401‑M1/148‑149 (MQ=255) gCCTGCTGCCACGCGACAGCGATGGCCGCGCCGAGTCCGAGTACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTg < 7:55898/149‑1 (MQ=255) cagtgcggcgccgaacggcccgttgggtgcgaaggtggcaccggccaggctgatggcccggttgtgggtggtcgcgccgtagccgctgaagtcgtcgtgggtggagctgttgtcctggttgttgaaggcagtgaaacgcccgGCCTGc > 8:228119‑M1/143‑148 (MQ=255) ctgcCACGCGACAGCGATGGCCGCGCCGAGTCCGAGTACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCAccc < 7:248436/149‑1 (MQ=255) gcgACAGCGATGGCCGCGCCGAGTCCGAGTACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATAc < 6:131672/149‑1 (MQ=255) gcgACAGCGATGGCCGCGCCGAGTCCGAGTACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATAc < 5:44995/149‑1 (MQ=255) gcgACAGCGATGGCCGCGCCGAGTCCGAGTACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATAc < 5:260238/149‑1 (MQ=255) gcgACAGCGATGGCCGCGCCGAGTCCGAGTACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATAc > 2:177271/1‑149 (MQ=255) gACAGCGATGGCCGCGCCGAGTCCGAGTACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGc > 3:304693/1‑149 (MQ=255) aacggcccgttgggtgcgaaggtggcaccggccaggctgatggcccggttgtgggtggtcgcgccgtagccgctgaagtcgtcgtgggtggagctgttgtcctggttgttgaaggcagtgaaacgcccgGCCTGc > 8:282187‑M1/130‑135 (MQ=255) aacggcccgttgggtgcgaaggtggcaccggccaggctgatggcccggttgtgggtggtcgcgccgtagccgctgaagtcgtcgtgggtggagctgttgtcctggttgttgaaggcagtgaaacgcccgGCCTGc < 7:282187‑M1/6‑1 (MQ=255) gATGGCCGCGCCGAGTCCGAGTACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCgg < 3:203815/149‑1 (MQ=255) aTGGCCGCGCCGAGTCCGAGTACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGc > 7:222394/1‑149 (MQ=255) ggCCGCGCCGAGTCCGAGTACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCtg > 2:148063/1‑149 (MQ=255) gCCGCGCCGAGTCCGAGTACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCtgg > 6:70832/1‑149 (MQ=255) cgcggcCGAGTCCGAGTACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCtggt < 3:160213/145‑1 (MQ=255) agtccgagtTCTCCAGCGCCGGTGCCGCGCGCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCTACTGCGCTATGGCGTGATGATGGTGGAAACGCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTTCACCCGGAATACGGCACCGGCTGGTGGGTGGaa < 6:127948/149‑1 (MQ=255) agtccgagtACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGaa < 6:118299/149‑1 (MQ=255) aaggtggcaccggccaggctgatggcccggttgtgggtggtcgcgccgtagccgctgaagtcgtcgtgggtggagctgttgtcctggttgttgaaggcagtgaaacgcccgGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGa < 5:43873‑M1/37‑1 (MQ=255) tccgagtACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGaaaa > 3:113839/1‑149 (MQ=255) tccgagtACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGaaaa < 1:151585/149‑1 (MQ=255) ccgagtACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGaaaa > 8:157753/1‑148 (MQ=255) agtACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACAcc < 7:114191/149‑1 (MQ=255) cTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGAc < 1:108992/148‑1 (MQ=255) tCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATa > 1:204814/1‑116 (MQ=255) tCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATa < 2:204814/116‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAg > 1:688/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTAAGGCGAGATCATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACAGATGACAAACGCCTGCGACCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGCAAAACACAGACCAGc > 2:186568/1‑149 (MQ=255) gcgcCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGccc < 2:688/149‑1 (MQ=255) ccGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGAc < 1:177271/149‑1 (MQ=255) gcgcTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCt > 6:92625/1‑149 (MQ=255) cgcTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTg < 4:113839/149‑1 (MQ=255) gcTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGc < 8:171736/149‑1 (MQ=255) tCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAg > 5:132109/1‑149 (MQ=255) tCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAg > 6:242291/1‑149 (MQ=255) cAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAgg > 2:218676/1‑149 (MQ=255) aaaaTGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGc > 5:313918/1‑149 (MQ=255) tgggtggtcgcgccgtagccgctgaagtcgtcgtgggtggagctgttgtcctggttgttgaaggcagtgaaacgcccgGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGcc > 6:43873‑M1/79‑149 (MQ=255) aaTGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCg < 4:304693/149‑1 (MQ=255) ggtggtcgcgccgtagccgctgaagtcgtcgtgggtggagctgttgtcctggttgttgaaggcagtgaaacgcccgGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCg > 2:226199‑M1/77‑148 (MQ=255) ttAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGttt < 2:267407/149‑1 (MQ=255) tgaGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCGGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGACGttt < 7:295523/147‑1 (MQ=255) ggCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCa < 8:222394/148‑1 (MQ=255) ggCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCAc < 8:209291/149‑1 (MQ=255) gCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACt < 1:215190/149‑1 (MQ=255) gCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACt < 2:274824/149‑1 (MQ=255) cacCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACTGCCt < 5:159258/149‑1 (MQ=255) aaCTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACTGCCTTcaa > 5:177951/1‑148 (MQ=255) cgcTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACTGCCTTCAACAACCa < 7:157753/149‑1 (MQ=255) gcTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACTGCCTTCAACAACCAg < 5:242291/149‑1 (MQ=255) tGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCtggtgg > 2:271445/1‑79 (MQ=255) tGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACTGCCTTCAACAACCAGGa < 2:45333/147‑1 (MQ=255) gCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACTGTCTTCAACAACCAGGacaa < 6:313918/148‑1 (MQ=255) atgGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACTGCCTTCAACAACCAGGACAACAGCTcca < 1:148063/148‑1 (MQ=255) tggAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGc < 6:250471/84‑1 (MQ=255) tggAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGc > 5:250471/1‑84 (MQ=255) ggAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACTGCCTTCAACAACCAGGACAACAGCTCCACCCtcg > 3:272586/1‑149 (MQ=255) ggAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACTGCCTTCAACAACCAGGACAACAGCTCCACCCtcg > 3:268027/1‑149 (MQ=255) ccGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACTGCCTTCAACAACCAGGACAACAGCTCCACCCACGACGACtt < 5:70832/149‑1 (MQ=255) tgtTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACTGCCTTCAACAACCAGGACAACAGCTCCACCCACGACGACTTCAGc > 2:301495/1‑149 (MQ=255) ttCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACTGCCTTCAACAACCAGGACAACAGCTCCACCCACGACGACTTCAGCg < 2:164425/148‑1 (MQ=255) aaaCGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACTGCCTTCAACAACCAGGACAACAGCTCCACCCACGACGACTTCAGCGGCTACg < 6:56688/139‑1 (MQ=255) aaaCGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACTGCCTTCAACAACCAGGACAACAGCTCCACCCACGACGACTTCAGCGGCTACg > 5:56688/1‑139 (MQ=255) | ACCGGCCTGCTGCCACGCGACAGCGATGGCCGCGCCGAGTCCGAGTACTCCAGCGCCGGTGCCGCGCTCAAAATGCAGTTAGGCAACACCCAACTGCGCTATGGCGAGATGATGGTGGAAACCCCGGTGTTCGACACCGGTGACAAACGCCTGCACCCGGAATACGCCACCGGCTGGTGGGTGGAAAACACCGACCAGCCCGACTGGCGCCTGCAGGCCGGGCGTTTCACTGCCTTCAACAACCAGGACAACAGCTCCACCCACGACGACTTCAGCGGCTACG > NC_002947/5992298‑5992580 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |