New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 404617 | 49 (0.950) | 3 (0.060) | 3/246 | NT | 6.0% | coding (1440/2691 nt) | PP_0337 | sensory box protein |
? | NC_002947 | = 404657 | 47 (0.960) | coding (1400/2691 nt) | PP_0337 | sensory box protein |
GCTGTCGTTGATGCGCTTGAAGTTGTCGATGTCCACCAGCAGCAGGCACATCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGA > NC_002947/404515‑404804 | gCTGTCGTTGATGCGCTTGAAGTTGTCGATGTCCACCAGCAGCAGGCACATCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAggcgtt > 6:246463‑M2/1‑143 (MQ=255) tCGTTGATGCGCTTGAAGTTGTCGATGTCCACCAGCAGCAGGCACATCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGAt > 4:299231/1‑149 (MQ=255) gcTTGAAGTTGTCGATGTCCACCAGCAGCAGGCACATCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTgg > 6:216237/1‑149 (MQ=255) cTTGAAGTTGTCGATGTCCACCAGCAGCAGGCACATCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTggg < 5:153709/149‑1 (MQ=255) ttGAAGTTGTCGATGTCCACCAGCAGCAGGCACATCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGAt > 2:280087/1‑137 (MQ=255) gAAGTTGTCGATGTCCACCAGCAGCAGGCACATCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGc > 7:31363/1‑147 (MQ=255) gAAGTTGTCGATGTCCACCAGCAGCAGGCACATCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGc < 8:240398/147‑1 (MQ=255) gAAGTTGTCGATGTCCACCAGCAGCAGGCACATCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGGTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGcc < 7:78216/148‑1 (MQ=255) tCCACCAGCAGCAGGCACATCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGGTTGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTggg < 8:75036/148‑1 (MQ=255) accaGCAGCAGGCACATCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGAc > 5:269121/1‑149 (MQ=255) agcagGCACATCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTc < 5:216237/149‑1 (MQ=255) cagGCACATCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGt < 6:208466/149‑1 (MQ=255) gtggacaGCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGGTCGTCCAGGCGGCGTATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGCTGGTGAGCTTGTCGGTGTAAGCCACGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCg < 8:165369/143‑1 (MQ=255) cacaTCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCTATGCGTTGCTGGGCCAGCTAGGTATGTGTGACGTCTTCGTAGAt > 6:65407/1‑149 (MQ=255) cacaTCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGAt < 3:301612/149‑1 (MQ=255) caTCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGc < 6:269121/149‑1 (MQ=255) caTCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGc < 4:201215/149‑1 (MQ=255) aTCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGcc > 3:39287/1‑149 (MQ=255) aTCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGcc > 6:73155/1‑149 (MQ=255) tCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGcc > 8:80048/1‑148 (MQ=255) gAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGTCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGAt > 1:49216/1‑149 (MQ=255) tttCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAg > 6:155688/1‑149 (MQ=255) tttCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAg < 5:73155/149‑1 (MQ=255) cATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGt > 8:211905/1‑148 (MQ=255) gcgGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCt > 6:256115/1‑149 (MQ=255) gggCGAAGCGTTCGTCCAGGGTGCGGATGTACGCGGGGCGGTTGCCCATGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGAAGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCa < 7:159942/149‑1 (MQ=255) gCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACg < 8:31363/149‑1 (MQ=255) gCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACg > 5:98044/1‑149 (MQ=255) aaGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATTTAGTGGGTCAGCTCACGGtt < 6:98044/149‑1 (MQ=255) gTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCa < 5:155688/149‑1 (MQ=255) gTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTc < 7:222449/130‑1 (MQ=255) tCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTa < 5:256115/149‑1 (MQ=255) cAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGATGTAAGCCAGGCGTTCGAAGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTaca > 1:243817/1‑149 (MQ=255) cGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTgg > 6:297327/1‑148 (MQ=255) cGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTg < 4:39287/147‑1 (MQ=255) ggATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCt > 4:222410/1‑95 (MQ=255) ggATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCt < 3:222410/95‑1 (MQ=255) aTGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAggcgttcatccgcagcctggacgaacgcttcgcccgcgatggcgaaagctcgatgtgcctgctgctggtggacatcgacaacttcaagcgcatcaacga < 7:41276‑M2/148‑100 (MQ=255) aTGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAAt > 1:108607/1‑149 (MQ=255) aTGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAAt < 2:108607/149‑1 (MQ=255) gAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAggcgttcatccgcagcctggacgaacgcttcgcccgcgatggcgaaagctcgatgtgcctgctgctggtggacatcgacaacttcaag < 8:135761‑M2/135‑89 (MQ=255) gAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAggcgttcatccgcagcctggacgaacgcttcgcccgcgatggcgaaagctcgatgtgcctgctgctggtggacatcgacaacttcaag > 7:135761‑M2/1‑47 (MQ=255) aCGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGAc < 3:299231/149‑1 (MQ=255) cGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGTTCACGGTTGTCAcc > 1:33749/1‑126 (MQ=255) cGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGTTCACGGTTGTCAcc < 2:33749/126‑1 (MQ=255) ggTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGccc > 7:281844/1‑149 (MQ=255) cAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACg > 2:69636/1‑149 (MQ=255) gTTCGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGc > 8:107802/1‑148 (MQ=255) aGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGtt > 1:189417/1‑149 (MQ=255) tCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCg > 5:280061/1‑149 (MQ=255) gtgtAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCg > 1:26851/1‑149 (MQ=255) tctattccAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGTTGCGGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGt < 7:279944/140‑1 (MQ=255) gtAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGc > 3:128355/1‑149 (MQ=255) tAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGc > 7:95105/1‑148 (MQ=255) aGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGctct < 2:49216/149‑1 (MQ=255) gCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCtt < 2:189417/149‑1 (MQ=255) gCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCtt > 3:148140/1‑149 (MQ=255) gCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCtt < 6:280061/149‑1 (MQ=255) aGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGa > 5:50511/1‑148 (MQ=255) | GCTGTCGTTGATGCGCTTGAAGTTGTCGATGTCCACCAGCAGCAGGCACATCGAGCTTTCGCCATCGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGA > NC_002947/404515‑404804 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |