New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 683421 = | 44 (0.850) | 4 (0.080) | 3/250 | NT | 9.6% | intergenic (‑149/+19) | PP_0584/PP_0585 | methyl‑accepting chemotaxis transducer/MerR family metal‑sensitive transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 683473 = | 33 (0.660) | coding (378/411 nt) | PP_0585 | MerR family metal‑sensitive transcriptional regulator |
GGCAGCATCCGGGTTTTATGAAGCCAAAACGCCCGTATTTATTGGATAAAGTCGTGGTTGGTGACTATTCGGTCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACA > NC_002947/683326‑683614 | tcgaggagctggtgagcctgcgcgacaccctcggcgagctggtttcgcactgtcagggtgacgaccgcccggactgcccgatcctcaaagacctgGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCa > 8:271130‑M1/96‑149 (MQ=255) ggCAGCATCCGGGTTTTATGAAGCCAAAACGCCCGTATTTATTGGATAAAGTCGTGGTTGGTGACTATTCGGTCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGcc < 1:58719/148‑1 (MQ=255) gcagcaTCCGGGTTTTATGAAGCCAAAACGCCCGTATTTATTGGATAAAGTCGTGGTTGGTGACTATTCGGTCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAg < 3:231300/149‑1 (MQ=255) aTCCGGGTTTTATGAAGCCAAAACGCCCGTATTTATTGGATAGAGTCGTGGTTGGTGACTATTCGGTCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCtt < 6:122787/149‑1 (MQ=255) aTCCGGGTTTTATGAAGCCAAAACGCCCGTATTTATTGGATAAAGTCGTGGTTGGTGACTATTCGGTCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCtt < 6:308994/149‑1 (MQ=255) tCCGGGTTTTATGAAGCCAAAACGCCCGTATTTATTGGATAAAGTCGTGGTTGGTGACTATTCGGTCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCttt < 2:200987/149‑1 (MQ=255) tCCGGGTTTTATGAAGCCAAAACGCCCGTATTTATTGGATAAAGTCGTGGTTGGTGACTATTCGGTCGGGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGGGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCttt < 7:26918/149‑1 (MQ=255) tCCGGCTTTTATGAAGCCAAAACGCCCGTATTTATTGGATAAAGTCGTGGTTGGTGACTATTCGGTCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCttt < 4:20926/149‑1 (MQ=255) ccGGGTTTTATGAAGCCAAAACGCCCGTATTTATTGGATAAAGTCGTGGTTGGTGACTATTCGGTCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCttt > 8:61154/1‑148 (MQ=255) ttATGAAGCCAAAACGCCCGTATTTATTGGATAAAGTCGTGGTTGGTGACTATTCGGTCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGGTACCTGCAGCGGCATTGGCCAGGTCTGTGAGGAtgg > 6:292101/1‑147 (MQ=255) gAAGCCAAAACGCCCGTATTTATTGGATAAAGTCGTGGTTGGTGACTATTCGGTCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTc > 1:20176/1‑134 (MQ=255) gAAGCCAAAACGCCCGTATTTATTGGATAAAGTCGTGGTTGGTGACTATTCGGTCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTc < 2:20176/134‑1 (MQ=255) ccAAAACGCCCGTATTTATTGGATAAAGTCGTGGTTGGTGACTATTCGGTCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTcc > 8:77516/1‑149 (MQ=255) tttcgcactgtcagggtgacgaccgcccggactgcccgatcctcaaagacctgGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCa > 6:44134‑M1/54‑107 (MQ=255) tttcgcactgtcagggtgacgaccgcccggactgcccgatcctcaaagacctgGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCa < 5:44134‑M1/54‑1 (MQ=255) gATAAAGTCGTGGTTGGTGACTATTCGGTCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGCGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAg < 1:185373/149‑1 (MQ=255) tCGTGGTTGGTGACTATTCGGTCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGaaa > 4:309192/1‑149 (MQ=255) gtGACTATTCGGTAGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGc > 5:294119/1‑149 (MQ=255) tATTCGGTCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAgg > 2:292995/1‑149 (MQ=255) ttCGGTCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAgg < 1:292995/147‑1 (MQ=255) tCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTcgc > 8:296857/1‑149 (MQ=255) tttGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAgg > 4:90773/1‑149 (MQ=255) tttGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAg < 7:77516/148‑1 (MQ=255) gACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTc < 3:309192/148‑1 (MQ=255) aTTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCAGCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCa > 3:269256/1‑149 (MQ=255) gCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGctcctc > 5:316786/1‑149 (MQ=255) tggccaatggcgctgcaggtagctgctgtcactgagctgccacgcgcctttggcCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGaaa > 6:44134‑M2/55‑107 (MQ=255) tggccaatggcgctgcaggtagctgctgtcactgagctgccacgcgcctttggcCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGaaa < 5:44134‑M2/53‑1 (MQ=255) tggccaatggcgctgcaggtagctgctgtcactgagctgccacgcgcctttggcCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGa > 8:271130‑M2/55‑149 (MQ=255) AAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAg > 1:70394‑M1/1‑127 (MQ=255) AAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAg < 2:70394‑M1/127‑1 (MQ=255) AAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGctcctc > 3:178324‑M1/1‑142 (MQ=255) AAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGctcctc < 4:178324‑M1/142‑1 (MQ=255) AAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATgcgc < 5:198619‑M1/149‑1 (MQ=255) ggCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCgg < 6:294119/149‑1 (MQ=255) gcgTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGgtt > 6:88693/1‑148 (MQ=255) ctgcaggtagctgctgtcactgagctgccacgcgcctttggcCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGgttca < 7:271130‑M2/107‑1 (MQ=255) cgTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGgttca < 7:61154/149‑1 (MQ=255) gTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTcg < 6:315590/103‑1 (MQ=255) gTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTcg > 5:315590/1‑103 (MQ=255) aCAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATgtggt < 6:198619/149‑1 (MQ=255) aCAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATgtggt > 3:298033/1‑149 (MQ=255) gcagcTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGgttcag > 2:58734/1‑132 (MQ=255) gcagcTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGgttcag < 1:58734/132‑1 (MQ=255) ccTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAg > 6:305269/1‑149 (MQ=255) tGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAgcg > 1:38456/1‑149 (MQ=255) gCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAgcgc > 2:59640/1‑149 (MQ=255) gcCAGTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGGCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTca < 4:269256/149‑1 (MQ=255) cATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTcaca > 3:291090/1‑149 (MQ=255) cCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCtt < 7:31407‑M2/138‑1 (MQ=255) cCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCtt > 8:31407‑M2/2‑139 (MQ=255) | GGCAGCATCCGGGTTTTATGAAGCCAAAACGCCCGTATTTATTGGATAAAGTCGTGGTTGGTGACTATTCGGTCGTGTTTGGACATTTATGGCATGCCAAAGGCGCGTGGCAGCTCAGTGACAGCAGCTACCTGCAGCGCCATTGGCCAGGTCTTTGAGGATCGGGCAGTCCGGGCGGTCGTCACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACA > NC_002947/683326‑683614 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |