New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2129966 = | 54 (1.050) | 5 (0.100) | 5/244 | NT | 10.1% | coding (2233/2496 nt) | fimD | type I pili subunit FimD |
? | NC_002947 | 2130009 = | 38 (0.780) | coding (2190/2496 nt) | fimD | type I pili subunit FimD |
ACCATGCCCAGTTGGGTACCGTTCTCGGCCAGCACCTGGGCCCCAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGTTGCAGGTAGGGCAAAAGTGCATAACCGCGTGAATTGGTGCGCGTACCCGTTGCGTTTTGCAGGCCCA > NC_002947/2129863‑2130157 | aCCATGCCCAGTTGGGTACCGTTCTCGGCCAGCACCTGGGCCCCAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTAc < 5:135994/149‑1 (MQ=255) aCCATGCCCAGTTGGGTACCGTTCTCGGCCAGCACCTGGGCCCCAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTAc < 7:295898/149‑1 (MQ=255) ccATGCCCAGTTGGGTACCGTTCTCGGCCAGCACCTGGGCCCCAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTAcc > 6:99774/1‑149 (MQ=255) cccAGTTGGGTACCGTTCTCGGCCAGCACCTGGGCCCCAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGc < 2:50759/149‑1 (MQ=255) tacctgcaaccgtaccggaccaattcggtggtcctggaaaccgaccgtctcgatcctgatgtggaaatcgacaacggcatcgcccaggtaGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTg > 1:145221‑M1/91‑139 (MQ=255) tacctgcaaccgtaccggaccaattcggtggtcctggaaaccgaccgtctcgatcctgatgtggaaatcgacaacggcatcgcccaggtaGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTg < 2:145221‑M1/49‑1 (MQ=255) gTACCGTTCTCGGCCAGCACCTGGGCCCCAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGtt > 3:34095/1‑149 (MQ=255) gTACCGTTCTCGGCCAGCACCTGGGCCCCAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGtt < 4:32556/149‑1 (MQ=255) tACCGTTCTCGGCCAGCACCTGGGCCCCAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTg > 2:104949/1‑149 (MQ=255) ccGTTCTCGGCCAGCACCTGGGCCCCAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTc < 4:34095/149‑1 (MQ=255) cGTTCTCGGCCAGCACCTGGGCCCCAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTc > 5:334733/1‑148 (MQ=255) ggCCAGCACCTGGGCCCCAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTc < 6:334733/147‑1 (MQ=255) ggCCAGCACCTGGGCCCCAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCca > 8:17111/1‑149 (MQ=255) ccAGCACCTGGGCCCCAAAGGGCAGCGGTTGACCCGGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCcaca > 1:250906/1‑149 (MQ=255) cACCTGGGCCCCAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAg > 1:100046/1‑149 (MQ=255) cACCTGCGCCGCAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTCCCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAg > 7:304223/1‑149 (MQ=255) gggCCCCAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATc > 4:46976/1‑148 (MQ=255) ggCCCCAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATc < 1:104949/147‑1 (MQ=255) cccAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGAGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGAc > 4:292867/1‑149 (MQ=255) aaGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGAcggtc < 2:100046/149‑1 (MQ=255) aGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTc > 2:296619/1‑149 (MQ=255) cGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCa < 7:17111/149‑1 (MQ=255) ccTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGAcggt > 1:118149/1‑132 (MQ=255) ccTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGAcggt < 2:118149/132‑1 (MQ=255) ccTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGaccacc > 4:105602/1‑149 (MQ=255) tGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCg > 7:216714/1‑148 (MQ=255) tATCGTGAAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTg > 1:150180/1‑149 (MQ=255) gTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTcc < 1:296619/149‑1 (MQ=255) gTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTcc < 5:99774/149‑1 (MQ=255) gTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTcc < 3:105602/149‑1 (MQ=255) gTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTc < 3:46976/148‑1 (MQ=255) tGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCg > 4:188319/1‑149 (MQ=255) cccAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTCTCCAGGACCACCGAATTGGTCCg < 8:111730/147‑1 (MQ=255) gTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGTCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACgg < 2:3192/149‑1 (MQ=255) aGTACAAGGCGTCAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGTCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGtt < 8:156781/148‑1 (MQ=255) ggCGTGAAACGCGGAGTGACTCTAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGATTCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGTTGCAGGTAg < 8:171697/149‑1 (MQ=255) aaCGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGTTGCAGGTAGGGCaaaa < 5:288769/149‑1 (MQ=255) caggtagtgcctcgccagggtgcagtggtcaagcaccgcttcgaggcacTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGTTGCAGGTa > 1:145221‑M2/50‑139 (MQ=255) caggtagtgcctcgccagggtgcagtggtcaagcaccgcttcgaggcacTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGTTGCAGGTa < 2:145221‑M2/90‑1 (MQ=255) gcctcgccagggtgcagtggtcaagcaccgcttcgaggcacTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGTTGCAGGTAGGGCAAAAGTGCATAAcc > 4:259596‑M2/42‑149 (MQ=255) GCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGTTGCa < 8:221494‑M1/127‑1 (MQ=255) GCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGTTGCa > 7:221494‑M1/1‑127 (MQ=255) ctcgccagggtgcagtggtcaagcaccgcttcgaggcacTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGTTGCAGGTAGGGCAAAAGTGCATAACcgc > 5:239514‑M2/40‑149 (MQ=255) CTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGTTGCAGGTAGGGCAAAAGTGCATAACcgc > 3:292867‑M1/1‑149 (MQ=255) TCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCgaga > 7:207022‑M1/1‑81 (MQ=255) TCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCgaga < 8:207022‑M1/81‑1 (MQ=255) ggTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTg > 1:74991/1‑101 (MQ=255) ggTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTg < 2:74991/101‑1 (MQ=255) cTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATGTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGGTTCCAGGACCACCGAATTGGGACGGTCCGGGTGCAGGTAGGGAAAACGTGCATAACCTCGTGAATTGGTgc > 6:99656/1‑149 (MQ=255) ccACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCAACGAATTGGTCCGGTACGGTTGCAGGTAGGGCAAAAGTGCATAACCGCGTGAATTTGTGCGCGTa > 6:213643/1‑149 (MQ=255) cACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGGACGGTTGCAGGTAGGGCAAAAGTGCATAACCGCGTGAATTGGTGCGCGTag > 2:137775/1‑148 (MQ=255) caccgcttcgaggcacTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGTTGCAGGTAGGGCAAAAGTGCATAACCGCGTGAATTGGTGCGCGTACCCGtt < 3:259596‑M2/133‑1 (MQ=255) cccTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGTTGCAGGTAGGGCAAAAGTGCATAACCGCGTGAATTGGTGCGCGTACCCGTTGc < 2:250906/149‑1 (MQ=255) tGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGTTGCAGGTAGGGCAAAAGTGCATaa > 4:206593/1‑117 (MQ=255) tGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGTTGCAGGTAGGGCAAAAGTGCATaa < 3:206593/117‑1 (MQ=255) cgaggcacTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGTTGCAGGTAGGGCAAAAGTGCATAACCGCGTGAATTGGTGCGCGTACCCGTTGCGTTTTg < 3:188319‑M2/141‑1 (MQ=255) tACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGTTGCAGGTAGGGCAAAAGTGCATAACCGCGTGAATTGGTGCGCGTACCCGTTGCGTTTTGCAGGCCca > 3:125402/1‑149 (MQ=255) | ACCATGCCCAGTTGGGTACCGTTCTCGGCCAGCACCTGGGCCCCAAAGGGCAGCGGTTGACCCTGGGTATCGTGCAGGGTCAGTACAAGGCGTGAAACGCGGCGTGCCTCGAAGCGGTGCTTGACCACTGCACCCTGGCGAGGCACTACCTGGGCGATGCCGTTGTCGATTTCCACATCAGGATCGAGACGGTCGGTTTCCAGGACCACCGAATTGGTCCGGTACGGTTGCAGGTAGGGCAAAAGTGCATAACCGCGTGAATTGGTGCGCGTACCCGTTGCGTTTTGCAGGCCCA > NC_002947/2129863‑2130157 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |