New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3393834 = | 37 (0.720) | 3 (0.060) | 3/252 | NT | 7.9% | coding (573/900 nt) | PP_2997 | protein CnmA |
? | NC_002947 | 3393867 = | 34 (0.680) | coding (540/900 nt) | PP_2997 | protein CnmA |
AACGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATACATCCCCCCGCCCAACCAGGGCACGAAGCCGATGGCCAGGTCCGCTTCGCCCGATTCCAGCGCGCTCTCGGTATTGCCGTCGAT > NC_002947/3393721‑3394004 | aaCGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGTTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGAtg > 3:224513/1‑149 (MQ=255) aCGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGAtgc > 3:208016/1‑149 (MQ=255) aatcgggcgaagcggacctggccatcggcttcgtgccctggttgggcggggggatgtatcaacaggtgctgttcgagcaggactgggtgtgcctgagcaacccgcagcatCCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGAtgctg > 7:302522‑M1/111‑149 (MQ=255) gCAGCTCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCTT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCggg < 5:64016/149‑1 (MQ=255) gCAGCTCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCggg < 4:116661/149‑1 (MQ=255) tCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCt > 1:44713/1‑149 (MQ=255) gAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTc < 4:208016/148‑1 (MQ=255) gCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAgg < 6:234695/149‑1 (MQ=255) gCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAgg < 4:57466/149‑1 (MQ=255) gccgTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGAtgctgc > 2:253291/1‑128 (MQ=255) gccgTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGAtgctgc < 1:253291/128‑1 (MQ=255) gccgTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAg < 3:165328/149‑1 (MQ=255) ccgTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGt > 7:64916/1‑149 (MQ=255) aTCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTc > 5:115469/1‑149 (MQ=255) ccGGGCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGaa < 4:224513/149‑1 (MQ=255) ccGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGaa < 3:239543/149‑1 (MQ=255) cGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAAc < 8:64916/149‑1 (MQ=255) ccGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGca > 5:95848/1‑126 (MQ=255) ccGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGca < 6:95848/126‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGa < 6:285008/149‑1 (MQ=255) ccGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATa < 6:168601/148‑1 (MQ=255) agcagcTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGt < 4:310625/135‑1 (MQ=255) agcagcTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGt > 3:310625/1‑135 (MQ=255) ttCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATa < 8:250785/134‑1 (MQ=255) ttCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATa > 7:250785/1‑134 (MQ=255) gAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATACATCCCCCCGCCCAACCAGGGCACGAAGc > 4:97199/1‑149 (MQ=255) cacaTGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATACATCCCCCCGCCCAACCAGGGCACGAAGCCGATGGcc < 6:115469/145‑1 (MQ=255) ccGATACCGCTCCAGGCTCATGCCATGCGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATACATCCCCCCGCCCAACCAGGGCACGAAGCCGATGGCCAGGTCCGCTTCGCCCGAt > 1:171642/1‑149 (MQ=255) cagcatccgcgcctgggcgatggcatgagcctggagcggATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATACATCCCCCCGCCCAACCAGGGCACGAAGCCGATGGCCAGGTCCGCTTCGCCCGAtt > 7:302522‑M2/40‑149 (MQ=255) gcgcctgggcgatggcatgagcctggagcggATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATACATCCCCCCGCCCAACCAGGGCACGAAGCCGATGGCCAg > 7:93800‑M2/32‑124 (MQ=255) gcgcctgggcgatggcatgagcctggagcggATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATACATCCCCCCGCCCAACCAGGGCACGAAGCCGATGGCCAg < 8:93800‑M2/93‑1 (MQ=255) ccAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATACATCCCCCCGCCCAACCAGGGCACGAAGCCg > 2:128209/1‑113 (MQ=255) ccAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATACATCCCCCCGCCCAACCAGGGCACGAAGCCg < 1:128209/113‑1 (MQ=255) ccAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATACATCCCCCCGCCCAACCAGGGCACGAAGCCGATGGCCAGGTCCGCTTCGCCCGATTCCAGCGCGctc > 3:304382/1‑149 (MQ=255) cAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATACATCCCCCCGCCCAACCAGGGCACGAAGCCGATGGCCAGGTCCGCTTCGCCCGATTCCAGCGCGctct > 1:168084/1‑149 (MQ=255) cAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATACATCCCCCCGCCCAACCACGGCACGAAGCCGATGCCCAGGTCCGCTTCGCCCGATTCCAGCGCGctct > 8:30690/1‑149 (MQ=255) gCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATACATCCCCCCGCCCAACCAGGGCACGAAGCCGATg > 4:53737/1‑112 (MQ=255) gCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATACATCCCCCCGCCCAACCAGGGCACGAAGCCGATg < 3:53737/112‑1 (MQ=255) gCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATACATCCCCCCGCCCAACCAGGGCACGAAGCCGATGGCCAGGTCCGCTTCGCCCGATTCCAGCGCGCTCTCGGTATTGc > 2:180058/1‑149 (MQ=255) cccAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATACACCCCCCCGCCCAACCAGGGCACGAAGCCGATGGCCAGGTCCGCTTCGCCCGATTCCAGCGCGCTCTCGGTATTGCCGTCGAt > 8:205692/1‑149 (MQ=255) | AACGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACTGATCTGCACATGCCCCTCGGCCCGATACCGCTCCAGGCTCATGCCAT‑CGCCCAGGCGCGGATGCTGCGGGTTGCTCAGGCACACCCAGTCCTGCTCGAACAGCACCTGTTGATACATCCCCCCGCCCAACCAGGGCACGAAGCCGATGGCCAGGTCCGCTTCGCCCGATTCCAGCGCGCTCTCGGTATTGCCGTCGAT > NC_002947/3393721‑3394004 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |