New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4170895 = | 36 (0.700) | 3 (0.060) | 3/244 | NT | 9.0% | coding (617/906 nt) | PP_3669 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 4170939 = | 27 (0.560) | coding (661/906 nt) | PP_3669 | LysR family transcriptional regulator |
TAGGTGTACGGGTGCTGCGCGCCGACGACCGCCCGGGGCCTCTGACCCTCGACGAATACTGCGCCCGCCCGCATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATCGCCACGGTGCCGGACTATGCCGCTTGTGCCCTCGCCGACGACGGCAGCTTGCGCGCCGACCCGGCGCCGTTCGACATC > NC_002947/4170793‑4171082 | ggcgagggcacaagcggcatagtccggcaccgtggcgatcagctcggtgttgcgcagcagggcgcgcaggctaccgaactgcggcaccgccagcaccaccttGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAg > 6:17783‑M1/103‑149 (MQ=255) cGGGTGCTGCGCGCCGACGACCGCCCGGGGCCTCTGACCCTCGACGAATACTGCGCCCGCCCGCATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCt > 3:313278/1‑149 (MQ=255) gcatagtccggcaccgtggcgatcagctcggtgttgcgcagcagggcgcgcaggctaccgaactgcggcaccgccagcaccaccttGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAggtg > 4:83257‑M1/87‑136 (MQ=255) gcatagtccggcaccgtggcgatcagctcggtgttgcgcagcagggcgcgcaggctaccgaactgcggcaccgccagcaccaccttGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAggtg < 3:83257‑M1/50‑1 (MQ=255) cgcgcCGACGACCGCCCGGGGCCTCTGACCCTCGACGAATACTGCGCCCGCCCGCATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGcc < 3:132929/149‑1 (MQ=255) gacCGCCCGGGGCCTCTGACCCTCGACGAATACTGCGCCCGCCCGCATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCgg > 4:175925/1‑149 (MQ=255) ccGCCCGGGGCCTCTGACCCTCGACGAATACTGCGCCCGCCCGCATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTa < 3:267934/149‑1 (MQ=255) cGCCCGGGGCCTCTGACCCTCGACGAATACTGCGCCCGCCCGCATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAg > 3:48913/1‑149 (MQ=255) ctctGACCCTCGACGAATACTGCGCCCGCCCGCATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGcc < 4:225966/149‑1 (MQ=255) tGACCCTCGACGAATACTGCGCCCGCCCGCATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGccc < 1:42886/147‑1 (MQ=255) ccTCGACGAATACTGCGCCCGCCCGCATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTa > 5:236981/1‑131 (MQ=255) ccTCGACGAATACTGCGCCCGCCCGCATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTa < 6:236981/131‑1 (MQ=255) cTCGACGAATACTGCGCCCGCCCGCATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTgcg < 2:291204/149‑1 (MQ=255) tCGACGAATACTGCGCCCGCCCGCATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTgcg > 5:56400/1‑148 (MQ=255) tACTGCGCCCGCCCGCATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGa < 1:81031/149‑1 (MQ=255) aCTGCGCCCGCCCGCATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAg > 3:105869/1‑149 (MQ=255) cTGCGCCCGCCCGCATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAg < 6:56400/148‑1 (MQ=255) gcccgcccGCATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGAt < 4:313278/149‑1 (MQ=255) cATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCct < 6:243574/119‑1 (MQ=255) cATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCct > 5:243574/1‑119 (MQ=255) gtCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCg < 2:314907/92‑1 (MQ=255) gtCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCg > 1:314907/1‑92 (MQ=255) gtCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCtgctgc < 7:1517/113‑1 (MQ=255) gtCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCtgctgc > 8:1517/1‑113 (MQ=255) ccGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATc > 1:34445/1‑122 (MQ=255) ccGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATc < 2:34445/122‑1 (MQ=255) cGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATCGCCACGGTGCCGGACTATGCCGCTtgtg < 4:48913/149‑1 (MQ=255) cGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATCGCCACGGTGCCGGACTATGCCGCTtgt < 6:235076/148‑1 (MQ=255) caccttgcggcaacgcccgatgcgtgccaggtcgaggtcgatgttgccgcAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATCGCCACGGTGCCGGACTATGc > 4:83257‑M2/51‑136 (MQ=255) caccttgcggcaacgcccgatgcgtgccaggtcgaggtcgatgttgccgcAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATCGCCACGGTGCCGGACTATGc < 3:83257‑M2/86‑1 (MQ=255) cttgcggcaacgcccgatgcgtgccaggtcgaggtcgatgttgccgcAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATCGCCACGGTGCCGGACTATGCCGCTTGTGCCCTCGcc > 6:17783‑M2/48‑149 (MQ=255) GCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGtt < 7:200072‑M1/70‑1 (MQ=255) GCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGtt > 8:200072‑M1/1‑70 (MQ=255) GCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATCGc > 7:149958‑M1/1‑109 (MQ=255) GCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATCGc < 8:149958‑M1/109‑1 (MQ=255) AACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATCGCCACGGTGCCGGACTATGCCGCTTGTGCCCTCGCCGACGACgg > 4:105869‑M1/1‑149 (MQ=255) ACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATCGCCACGGTGCCGGACTATGCCGCTtgt > 7:60197‑M1/1‑131 (MQ=255) ACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATCGCCACGGTGCCGGACTATGCCGCTtgt < 8:60197‑M1/131‑1 (MQ=255) cgacctcgacctGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATCGCTACGGTGCCGGACTATGCCGCTTGTGCCCTCGCCGACGACGGCAGCt > 6:137122/1‑149 (MQ=255) acctcgacctGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATCGCCACGGTGCCGGACTATGCCGCTTGTGCCCTCGCCGACGACGGCAGCTTg > 3:21146/1‑149 (MQ=255) ggCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATCGCTACGGTGCCGGACTATGCCGCTTGTGCCCTCGCCGACGACGGCAGCTTGCGCGCCGACCCGGCGCCGTTc < 5:137122/149‑1 (MQ=255) cGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATCGCCACGGTGCCGGACTATGCCGCTTGTGCCCTCGCCGACGACGGCAGCTTGCGCGCCGACCCGGCGCCGTTCGa < 4:21146/149‑1 (MQ=255) ccgcAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATCGCCACGGTGCCGGACTATGCCGCTTGTGCCCTCGCCGACGACGGCAGCTTGCGCGCCGACCCGGCGCCGTTCGACATc < 6:222203‑M2/144‑1 (MQ=255) | TAGGTGTACGGGTGCTGCGCGCCGACGACCGCCCGGGGCCTCTGACCCTCGACGAATACTGCGCCCGCCCGCATGTGATGGTGTCGTTTTCCGGTGACATGAGCGGCAACATCGACCTCGACCTGGCACGCATCGGGCGTTGCCGCAAGGTGGTGCTGGCGGTGCCGCAGTTCGGTAGCCTGCGCGCCCTGCTGCGCAACACCGAGCTGATCGCCACGGTGCCGGACTATGCCGCTTGTGCCCTCGCCGACGACGGCAGCTTGCGCGCCGACCCGGCGCCGTTCGACATC > NC_002947/4170793‑4171082 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |