New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1747697 | 49 (0.870) | 4 (0.070) | 4/246 | NT | 7.4% | intergenic (‑189/+342) | PP_5473/PP_5474 | LuxR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 1747758 | 54 (1.000) | intergenic (‑250/+281) | PP_5473/PP_5474 | LuxR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
CTTCTTGCGATTTCTTTGGTGGTAAGTCCTCGAGCAACCTCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGT > NC_002947/1747555‑1747843 | cttcttGCGATTTCTTTGGTGGTAAGTCCTCGAGCAACCTCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTgg > 6:49667/1‑146 (MQ=255) cttcttGCGATTTCTTTGGTGGTAAGTCCTCGAGCAACCTCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTgg < 5:49667/146‑1 (MQ=255) ttGCGATTTCTTTGGTGGTAAGTCCTCGAGCAACCTCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGAc > 8:314983/1‑149 (MQ=255) gCGATTTCTTTGGTGGTAAGTCCTCGAGCAACCTCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGa < 4:161001/146‑1 (MQ=255) gCGATTTCTTTGGTGGTAAGTCCTCGAGCAACCTCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGAcgc > 7:20222/1‑149 (MQ=255) cGATTTCTTTGGTGGTAAGTCCTCGAGCAACCTCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGAcgc < 7:314983/148‑1 (MQ=255) ttGGTGGTAAGTCCTCGAGCAACCTCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGcc < 8:20222/148‑1 (MQ=255) tggtAAGTCCTCGAGCAACCTCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTc < 1:117725/129‑1 (MQ=255) tggtAAGTCCTCGAGCAACCTCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTc > 2:117725/1‑129 (MQ=255) gtAAGTCCTCGAGCAACCTCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTAcc > 6:151357/1‑149 (MQ=255) aGTCCTCGAGCAACCTCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTcc > 1:200363/1‑149 (MQ=255) tCGAGCAACCTCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGAc > 6:95580/1‑149 (MQ=255) cGAGCAACCTCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATcggtcgtgacgttcgccctccccttggtccgggagg > 4:299877‑M1/1‑113 (MQ=255) gAGCAACCTCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGAcc < 4:83623/148‑1 (MQ=255) gCAACCTCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAg < 2:200363/149‑1 (MQ=255) ctcccgaAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGTCCTCTGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAg < 4:209354/144‑1 (MQ=255) tCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAgg > 1:271495/1‑149 (MQ=255) gtgaAGGCATTGCTATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGATGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAggg < 3:77365/146‑1 (MQ=255) gagaAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAggg < 6:123258/148‑1 (MQ=255) aTTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATcggtcgtgacgttcgccctccccttggtccgggaggtagacggcagcgagcgtca < 3:299877‑M1/149‑56 (MQ=255) aaTTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGTCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGAcc > 3:190287/1‑149 (MQ=255) aaTTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATcggtcgtgacgttcgccctccccttggtccgggaggtagacggcagcgagcgtcacgac > 7:38049‑M1/1‑89 (MQ=255) aaTTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGAcc > 3:225991/1‑149 (MQ=255) aaTTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGAcc > 7:201706/1‑149 (MQ=255) cgcgAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATcggtcgtgacgttcgccctccccttggtccgggaggtagacggcagcgagcgtcacgaccaat < 8:38049‑M1/148‑64 (MQ=255) gcgAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGatg < 5:305264‑M2/148‑4 (MQ=255) ccAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGtt > 7:129264/1‑149 (MQ=255) ggCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCt < 4:239758/97‑1 (MQ=255) ggCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCt > 3:239758/1‑97 (MQ=255) gCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTc < 4:310531/141‑1 (MQ=255) gCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTc > 3:310531/1‑141 (MQ=255) gCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAg < 5:95580/149‑1 (MQ=255) ccTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAgg < 8:290891/149‑1 (MQ=255) cTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAggg > 8:38435/1‑148 (MQ=255) cTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGt > 1:342348/1‑149 (MQ=255) cTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGGGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGt < 3:132389/149‑1 (MQ=255) cGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTgatgg < 2:271495/149‑1 (MQ=255) cGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTgatgg > 7:146204/1‑149 (MQ=255) gTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTgatggggat < 8:129264/149‑1 (MQ=255) gTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTgatggggat < 4:225991/149‑1 (MQ=255) cTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAAc < 6:280655/106‑1 (MQ=255) cTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAAc > 5:280655/1‑106 (MQ=255) tATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGAGTCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTc > 1:59069/1‑149 (MQ=255) cATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTAt < 4:190287/148‑1 (MQ=255) aTGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATgg > 5:277726/1‑149 (MQ=255) gcCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCCCGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTg > 4:62519/1‑149 (MQ=255) cGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGt > 1:76736/1‑148 (MQ=255) gATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTaa < 8:146204/149‑1 (MQ=255) tGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGgcgc < 6:305264/149‑1 (MQ=255) gATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCa > 4:242256/1‑149 (MQ=255) gATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCa < 8:201706/149‑1 (MQ=255) tgtCCATTTTTGA‑TCTCGGGGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGc < 4:49032/149‑1 (MQ=255) tctcGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAg < 3:62519/148‑1 (MQ=255) tcGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATgg > 3:252500/1‑116 (MQ=255) tcGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATgg < 4:252500/116‑1 (MQ=255) tcGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTc > 3:247360/1‑149 (MQ=255) gggCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATgg < 2:342348/149‑1 (MQ=255) gCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGgt < 5:151357/149‑1 (MQ=255) cATcggtcgtgacgttcgccctccccttggtccgggaggtagacggcagcgagcgtcacgaccaatgcagcccacaccgagatcaaaaatggacacgatcactatcggcgcatggataggccacctcggccgaggcctggcgcctcgc < 5:305264‑M1/148‑146 (MQ=255) aTTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGatgcagcccacaccgagatcaaaaatggacacgatcactatcggcgcatggataggccacctcggccgaggcctggcgcctcgcg < 8:38049‑M2/148‑86 (MQ=255) | CTTCTTGCGATTTCTTTGGTGGTAAGTCCTCGAGCAACCTCGAGAAGGCATTGCAATTCGCGAGGCGCCAGGCCTCGGCCGAGGTGGCCTATCCATGCGCCGATAGTGATCGTGTCCATTTTTGA‑TCTCGGTGTGGGCTGCATTGGTCGTGACGCTCGCTGCCGTCTACCTCCCGGACCAAGGGGAGGGCGAACGTCACGACCGATGCAGTCGGTTTAAGGTTGATGGGGATGGGTCTTATGGGCTGTAAGGCGCACGGGCTTGCACCTTAAGGTCTGCATGGGTGTGT > NC_002947/1747555‑1747843 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |