New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 765795 | 39 (0.690) | 3 (0.050) | 3/250 | NT | 6.5% | coding (390/936 nt) | PP_0658 | homocysteine S‑methyltransferase family protein |
? | NC_002947 | = 765837 | 49 (0.890) | coding (432/936 nt) | PP_0658 | homocysteine S‑methyltransferase family protein |
CGCAGGCCAGCTTGCGCGGCACGCGGCAGATAGCGGCGCGCACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCACCCTGCAGGACGAGGAAGTCGACGAGGTTCCGCGCC > NC_002947/765690‑765985 | cGCAGGCCAGCTTGCGCGGCACGCGGCAGATAGCGGCGCGCACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCc < 2:314648‑M2/149‑2 (MQ=255) gCAGGCCAGCTTGCGCGGCACGCGGCAGATAGCGGCGCGCACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGTGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCc > 6:31222‑M2/1‑147 (MQ=255) aGGCCAGCTTGCGCGGCACGCGGCAGATAGCGGCGCGCACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCctgg < 4:8113‑M2/149‑5 (MQ=255) cAGCTTGCGCGGCACGCGGCAGATAGCGGCGCGCACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGcccc < 3:238333/149‑1 (MQ=255) cgcggcacgcggcaGATAGCGGCGCGCACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGt‑t < 2:247579/149‑1 (MQ=255) cgcggcacgcggcaGATAGCGGCGCGCACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGt < 6:307154/148‑1 (MQ=255) gcggcacgcggcaGATAGCGGCGCGCACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑Tg > 6:42514/1‑149 (MQ=255) ggcacgcggcaGATAGCGGCGCGCTCCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGAc < 4:287728/149‑1 (MQ=255) ggcacgcggcaGATAGCGGCGCGCACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGAc < 6:212045/149‑1 (MQ=255) ggcacgcggcaGATAGCGGCGCGCACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGAc < 8:16734/149‑1 (MQ=255) acgcggcaGATAGCGGCGCGCACCCGGTCCGGGTGGCAGGGGCGCGGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCCGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCtg < 3:90126/149‑1 (MQ=255) acgcggcaGATAGCGGCGCGCACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCtg < 3:90123/149‑1 (MQ=255) cgcggcaGATAGCGGCGCGCACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCtgt < 3:8113/149‑1 (MQ=255) ggcaGATAGCGGCGCGCACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGtggc > 3:215294/1‑149 (MQ=255) gcaGATAGCGGCGCGCACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGtggct < 1:314648/149‑1 (MQ=255) gcgcgcACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGtgg > 3:297976/1‑137 (MQ=255) gcgcgcACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGtgg < 4:297976/137‑1 (MQ=255) gcgcgcACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGGGGCTGGCCGAAAcc < 6:111103/149‑1 (MQ=255) cGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTcc < 7:28311/149‑1 (MQ=255) cGGGCAGCGTGGCAGGGTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTGCCAGCCCGAGCGTGGGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTcc < 2:265498/149‑1 (MQ=255) tGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCg > 5:35405/1‑147 (MQ=255) gcTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGc > 6:341911/1‑148 (MQ=255) gcTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGc > 1:182692/1‑148 (MQ=255) gggTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGcc < 6:35405/149‑1 (MQ=255) aCCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGAc > 6:123897/1‑149 (MQ=255) cGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGc < 5:341911/149‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCctggaacaggtcgggccggtaggacccgaacagcggcggcagcgaacctgccaccctgaccgggtgcgcgccgctatctgccgcgtgccgcgcaagct < 7:94056‑M2/149‑99 (MQ=255) cTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGtggctggc > 6:101935/1‑80 (MQ=255) cTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGtggctggc < 5:101935/80‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGtt > 2:205432/1‑149 (MQ=255) tGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCctggaacaggtcgggccggtaggacccgaacagcggcggcagcgaacctgcca < 7:17654‑M2/103‑54 (MQ=255) tGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCctggaacaggtcgggccggtaggacccgaacagcggcggcagcgaacctgcca > 8:17654‑M2/1‑50 (MQ=255) ttCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTc < 4:215294/147‑1 (MQ=255) ttCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTg > 1:199946/1‑149 (MQ=255) ccAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTgg < 5:207525/148‑1 (MQ=255) gCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGTGATGCCTGTGGCTGGCCCAAACCCACAGGTACCTTGCCGAAGTGCGGGCCATTAAAAACCATTTTCCCGCAAAAGGCCAGCCGttaatggtt > 1:98978/1‑142 (MQ=255) gCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCACCCTGc < 7:101066/148‑1 (MQ=255) agagGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCACCCTGCAg > 2:16068/1‑148 (MQ=255) gTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCACCCTGCAGGAc > 3:32051/1‑147 (MQ=255) gCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCACCCTGCAGGACGAgg < 2:199946/149‑1 (MQ=255) cTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCACCCTGCAGGACGAgg < 5:42514/148‑1 (MQ=255) tGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCa < 8:29757/132‑1 (MQ=255) tGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCa > 7:29757/1‑132 (MQ=255) aCCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCACCCTGCAGGACGAGGaa < 5:123897/147‑1 (MQ=255) cccGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGt > 4:44452/1‑63 (MQ=255) cccGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGt < 3:44452/63‑1 (MQ=255) cccGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCACCCTGCAg < 4:117235/136‑1 (MQ=255) cccGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCACCCTGCAGGACGAGGAAGTc > 4:181137/1‑148 (MQ=255) cccGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTAACCCTGCAg > 3:117235/1‑136 (MQ=255) cccGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGGTCTGGGTGTCCTTCACCCTGCAGGACGAGGAAGTc > 5:343795/1‑148 (MQ=255) ccGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCACCCTGCAGGACGAGGAAGTcga < 2:98978/149‑1 (MQ=255) gCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCACCCTGCAGGACGAGGAAGTCGACGAgg > 6:233062/1‑149 (MQ=255) tCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCACCCTGCAGGACGAGGAAGTCGACGAGGtt > 6:329798/1‑149 (MQ=255) cAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCACCCTGCAGGACGAGGAAGTCGACGAGGTTcn < 2:182692/149‑2 (MQ=255) cAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCACCCTGCAGGACGAGGAAGTCGACGAGGTTcc < 5:329798/149‑1 (MQ=255) cAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCACCCTGCAGGACGAGGAAGTCGACGAGGTTcc > 1:345742/1‑149 (MQ=255) ccTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCACCCTGCAGGACGAGGAAGTCGACGAGGTTCCGCGcc > 4:59342/1‑149 (MQ=255) | CGCAGGCCAGCTTGCGCGGCACGCGGCAGATAGCGGCGCGCACCCGGTCAGGGTGGCAGGTTCGCTGCCGCCGCTGTTCGGGTCCTACCGGCCCGACCTGTTCCAGCCCGAGCGTGTGGCAGAGGTGCTGACCCCGTTGCTCCAGGGCCTGGCCCCGCATGT‑TGACCTGTGGCTGGCCGAAACCCAGAGTTCCGTGGCCGAAGTGCGAGCCATTCATAGCCATTTGCCGGCAGACGGCAGGCCGTTCTGGGTGTCCTTCACCCTGCAGGACGAGGAAGTCGACGAGGTTCCGCGCC > NC_002947/765690‑765985 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |