New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1937410 = | 50 (0.900) | 4 (0.080) | 4/242 | NT | 8.8% | coding (274/747 nt) | PP_1737 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 1937440 = | 36 (0.690) | coding (244/747 nt) | PP_1737 | hypothetical protein |
ATGCTGGTCGCCGGGTCCCACAGCCCACCCACGCCGATGATCGTGTTGAACATCAGTCGCGCGGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGAAGTGGTAGATGCGCCGGTTGATCGACTCCAGCGGGTCGTACACGTTCAGCGCCTGCAG > NC_002947/1937262‑1937554 | aTGCTGGTCGCCGGGTCCCACAGCCCACCCACGCCGATGATCGTGTTGAACATCAGTCGCGCGGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCt > 2:286578/1‑149 (MQ=255) gCCGGGTCCCACAGCCCACCCACGCCGATGATCGTGTTGAACATCAGTCGCGCGGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGt > 6:75498/1‑149 (MQ=255) gTCCCACAGCCCACCCACGCCGATGATCGTGTTGAACATCAGTCGCGCGGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCa < 5:75498/149‑1 (MQ=255) acaGCCCACCCACGCCGATGATCGTGTTGAACATCAGTCGCGCGGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAg > 4:252358/1‑149 (MQ=255) acGCCGATGATCGTGTTGAACATCAGTCGCGCGGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGa > 5:111301/1‑148 (MQ=255) acGCCGATGATCGTGTTGAACATCAGTCGCGCGGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGAc < 2:336588/149‑1 (MQ=255) cGCCGATGATCGTGTTGAACATCAGTCGCGCGGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGTCACGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGAc < 1:286578/149‑1 (MQ=255) cGATGATCGTGTTGAACATCAGTCGCGCGGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATAc > 1:338272/1‑149 (MQ=255) gAACATCAGTCGCGCGGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTggg < 8:89084/127‑1 (MQ=255) gAACATCAGTCGCGCGGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTggg > 7:89084/1‑127 (MQ=255) gtgtacgacccgctggagtcgatcaaccggcgcatctaccacttcaactaccgattggaccaatgggtgctgctgccgctggtgaatggctatcagtatgTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATAc < 2:214078‑M1/35‑1 (MQ=255) gtgtacgacccgctggagtcgatcaaccggcgcatctaccacttcaactaccgattggaccaatgggtgctgctgccgctggtgaatggctatcagtatgTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATAc > 1:214078‑M1/101‑135 (MQ=255) aTCAGTCGCGCGGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCAtt > 3:231083/1‑143 (MQ=255) aTCAGTCGCGCGGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCAtt < 4:231083/143‑1 (MQ=255) tCAGTCGCGCGGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGc < 2:338272/149‑1 (MQ=255) gcgcgGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGgcagc < 3:252358/149‑1 (MQ=255) gcgGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCTCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGaa < 6:114381/107‑1 (MQ=255) gcgGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGaa > 5:114381/1‑107 (MQ=255) ggTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGa > 4:334276/1‑116 (MQ=255) ggTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGa < 3:334276/116‑1 (MQ=255) gatcaaccggcgcatctaccacttcaactaccgattggaccaatgggtgctgctgccgctggtgaatggctatcagtatgTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGAc < 6:282594‑M1/31‑1 (MQ=255) gatcaaccggcgcatctaccacttcaactaccgattggaccaatgggtgctgctgccgctggtgaatggctatcagtatgTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGAc > 5:282594‑M1/81‑111 (MQ=255) cGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTggg > 1:170652/1‑100 (MQ=255) cGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTggg < 2:170652/100‑1 (MQ=255) gcTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCgg > 3:124174/1‑149 (MQ=255) tttGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTg > 2:26083/1‑148 (MQ=255) tttGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACACCCGTGCGCACGAAGATTGGGGTGACATACTGATAGACATTCACCACCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTg > 6:112714/1‑148 (MQ=255) gAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGt < 4:283231/131‑1 (MQ=255) gAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGt > 3:283231/1‑131 (MQ=255) gCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCATGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAg < 7:170558/98‑1 (MQ=255) gCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAg > 8:170558/1‑98 (MQ=255) cTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGAAGTgg > 4:70817/1‑148 (MQ=255) cAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGtt < 7:56454/138‑1 (MQ=255) cAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGtt > 8:56454/1‑138 (MQ=255) acGCTGGTGAACAGGT‑TCGGCACATCTCCAAGGGTGTTGAAGAAGTTTCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGa < 3:243722/79‑1 (MQ=255) aagCTGTTGAAAAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGCTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCACGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGa > 4:243722/3‑79 (MQ=255) cGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCATCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGAAGTGGTAGATgcgc > 3:165518/1‑149 (MQ=255) gCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGAAGTGGTAGATGCGCCGGTTGATCGACTCCAGc > 6:56492/1‑149 (MQ=255) cacaTCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGgcag < 1:79082/87‑1 (MQ=255) cacaTCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGgcag > 2:79082/1‑87 (MQ=255) cacaTCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGAAGTGGTAGATGCGCCGGTTGATCGACTCCAGCg < 1:26083/149‑1 (MQ=255) tCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGACGTGGTAGATGCGCCGGTTGATCGACTCCAGCGGGTc < 1:49875/149‑1 (MQ=255) tCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGAAGTGGTAGATGCGCCGGTTGATCGACTCCAGCGGGTc < 5:56492/149‑1 (MQ=255) tCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGAAGTGGTAGATGCGCCGGTTGATCGACTCCAGCGGGTc > 6:97210/1‑149 (MQ=255) gCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAg < 3:316972/75‑1 (MQ=255) gCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAg > 4:316972/1‑75 (MQ=255) gCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGAAGTGGTAGATGCGCCGGTTGATCGACTCCAGCGGGTCg > 3:286259/1‑148 (MQ=255) ccAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCATCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGAAGTGGTAGATGCGCCGGTTGATCGACTCCAGCGGGTCGTa < 4:165518/149‑1 (MQ=255) cAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGAAGTGGTAGATGCGCCGGTTGATCGACTCCAGCGGGTCGTac < 5:97210/149‑1 (MQ=255) aaGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGAAGTGGTAGATGCGCCGGTTGATCGACTCCAGCGGGTCGTaca < 4:124174/149‑1 (MQ=255) ttgttgAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGTTAGTTGAAGTGGTAGATGCGCCGGTTGATCGACTCCAGCGGGTCGTACACGtt < 5:112714/149‑1 (MQ=255) ttgttgAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGAAGTGGTAGATGCGCCGGTTGATCGACTCCAGCGGGTCGTACACGtt > 7:4795/1‑149 (MQ=255) agaagTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGAAGTGGTAGATGCGCCGGTTGATCGACTCCAGCGGGTCGTACACGTTCAgcgca > 8:104789/1‑148 (MQ=255) gaagTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACTAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGAAGTGGTAGATGCGCCGGTTGATCGACTCCAGCGGGTCGTACACGTTCAGCGCCt > 1:23731/1‑149 (MQ=255) aagTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGaa > 6:10698/1‑95 (MQ=255) ttGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGAAGTGGTAGATGCGCCGGTTGATCGACTCCAGCGGGTCGTACACGTTCAGCGCCTGCAg > 8:240613/1‑149 (MQ=255) | ATGCTGGTCGCCGGGTCCCACAGCCCACCCACGCCGATGATCGTGTTGAACATCAGTCGCGCGGTGATTTCTGCCGAGCGCTTGGCTTTGAGCTGCAACACGCTGTTGAACAGGT‑TCGGCACATCGCCAAGGTTGTTGAAGAAGTTGCTCACCCCCGTGCGCACGAAGCTTGGGGTGACATACTGATAGCCATTCACCAGCGGCAGCAGCACCCATTGGTCCAATCGGTAGTTGAAGTGGTAGATGCGCCGGTTGATCGACTCCAGCGGGTCGTACACGTTCAGCGCCTGCAG > NC_002947/1937262‑1937554 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |