New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3841612 | 47 (0.850) | 3 (0.060) | 3/242 | NT | 6.6% | coding (1273/1317 nt) | PP_3391 | tartrate MFS transporter |
? | NC_002947 | = 3841638 | 41 (0.780) | coding (1247/1317 nt) | PP_3391 | tartrate MFS transporter |
GTAAAGCGCCGAGAGCACCAGCGATGCTCGCCGAAAGATCACGATCATTGGTATGCCTTGTGCTTATTCTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAGCTGTCCCACCGAGTTGATCGCGGCGGTGCCGGTGGCAATTGCCAGCCCC > NC_002947/3841471‑3841760 | gTAAAGCGCCGAGAGCACCAGCGATGCTCGCCGAAAGATCACGATCATTGGTATGCCTTGTGCTTATTCTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAgg < 2:147682/149‑1 (MQ=255) gcgcCGAGAGCACCAGCGATGCTCGCCGAAAGATCACGATCATTGGTATGCCTTGTGCTTATTCTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAg > 7:277540/1‑149 (MQ=255) agagCACCAGCGATGCTCGCCGAAAGATCACGATCATTGGTATGCCTTGTGCTTATTCTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGAATCACCACCAGGCATGAGACAAGGATCatcagagc > 5:293071/1‑142 (MQ=255) gCGATGCTCGCCGAAAGATCACGATCATTGGTATGCCTTGTGCTTATTCTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAg > 6:244692‑M2/1‑148 (MQ=255) cTCGCCGAAAGATCACGATCATTGGTATGCCTTGTGCTTATTCTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAgcatgc > 2:226429‑M2/1‑142 (MQ=255) gCCGAAAGATCACGATCATTGGTATGCCTTGTGCTTATTCTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCtgtcaatcgcgccgctgatcctggtcgcatgcctg < 1:352245‑M1/148‑36 (MQ=255) cGAAAGATCACGATCATTGGTATGCCTTGTGCTTATTCTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCtgtcaatcgcgccgctgatcctggtcgcatgcctgg < 1:10638‑M1/147‑37 (MQ=255) cGAAAGATCACGATCATTGGTATGCCTTGTGCTTATTCTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCtgtcaatcgcgccgctgatcctggtcgcatgcctgg > 2:10638‑M1/1‑111 (MQ=255) aaaGATCACGATCATTGGTATGCCTTGTGCTTATTCTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACa < 8:256785/135‑1 (MQ=255) aaaGATCACGATCATTGGTATGCCTTGTGCTTATTCTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAg < 6:25671/149‑1 (MQ=255) aaaGATCACGATCATTGGTATGCCTTGTGCTTATTCTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGAGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACa > 7:256785/1‑135 (MQ=255) ggTATGCCTTGTGCTTATTCTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGt > 4:316609/1‑149 (MQ=255) ccTTGTGCTTATTCTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTg < 1:356718/148‑1 (MQ=255) ttATTCTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCAATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGcc > 5:36566/1‑148 (MQ=255) tATTCTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCcca > 7:124306/1‑149 (MQ=255) cTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCccacca < 8:277540/148‑1 (MQ=255) cTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCAt > 6:227327/1‑149 (MQ=255) ttgttgttCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCAc < 6:36566/148‑1 (MQ=255) ttgttCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGt > 7:35237/1‑149 (MQ=255) ttgttCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGt > 5:235940/1‑149 (MQ=255) gttCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAg > 6:105470/1‑77 (MQ=255) gttCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAg < 8:312043/77‑1 (MQ=255) gttCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAg > 7:312043/1‑77 (MQ=255) gttCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAg < 5:105470/77‑1 (MQ=255) ttCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTgg < 3:311548/145‑1 (MQ=255) ttCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTgg > 4:311548/1‑145 (MQ=255) ttCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGc > 2:312580/1‑148 (MQ=255) cGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCaa < 5:227327/148‑1 (MQ=255) agccTCCGCGCCAATCAGCTGTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGAt < 8:265722/146‑1 (MQ=255) tCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCAAGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATAACTGGTGCAACGATGcag > 4:208441/1‑147 (MQ=255) ctgcgcCAATCAGCTTTTGGTGTTGCGCAAGTAACGCATCAGCACCAGGCTTGCGACGAGGATCAGGGGCGCGATTGACAGGATGCCGATGTTGGTAATGTCGGTTAGGTCTTTGATCTTGACCTCCATCACTGGTGCAACGTTGcgg < 6:293071/146‑3 (MQ=255) aGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCt > 5:33824/1‑149 (MQ=255) gcCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGAACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAg < 3:91330/149‑1 (MQ=255) aTCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATc > 5:214100/1‑110 (MQ=255) aTCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATc < 6:214100/110‑1 (MQ=255) cAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAGCTGTcc > 4:134203/1‑149 (MQ=255) gcgcACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAGCTGTCCCACCGAGTTGATc < 8:35237/148‑1 (MQ=255) gcACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACg < 8:14930/116‑1 (MQ=255) gcACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACg > 7:14930/1‑116 (MQ=255) gTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAGCTGTCCCACCGAGTTGATCGcggcgg > 3:162283/1‑149 (MQ=255) tAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAGCTGTCCCACCGAGTTGATCGCGGCGGt < 4:162283/149‑1 (MQ=255) aaCGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAGCTGTCCCACCGAGTTGATCGCGGCGGt > 8:111771/1‑148 (MQ=255) aaCGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAGCTGTCCCACCGAGTTGATCGCGGCGGt < 7:111771/148‑1 (MQ=255) tCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAGCTGTCCCACCGAGTTGATCGCGGCGGTGCCGGTg < 6:235940/149‑1 (MQ=255) caccacCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGt < 5:63308/53‑1 (MQ=255) caccacCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGt > 6:63308/1‑53 (MQ=255) accaccAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAGCTGTCCCACCGAGTTGATCGCGGCGGTGCCGGTgg < 3:134203/148‑1 (MQ=255) ccaccaGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAGCTGTCCCACCGAGTTGATCGCGGCGGTGCCGGTGGCa < 3:316609/149‑1 (MQ=255) ccaGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAgcatgcctggtggtgatgcgttacgtgcgcaaccccaaaagctgattggcgctgagtcttcgaacaacaacaagaataagcacaaggcataccaatgatcgtgatctttcg < 1:10638‑M2/147‑112 (MQ=255) ccaGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAgcatgcctggtggtgatgcgttacgtgcgcaaccccaaaagctgattggcgctgagtcttcgaacaacaacaagaataagcacaaggcataccaatgatcgtgatctttcg > 2:10638‑M2/1‑36 (MQ=255) caGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAgcatgcctggtggtgatgcgttacgtgcgcaaccccaaaagctgattggcgctgagtcttcgaacaacaacaagaataagcacaaggcataccaatgatcgtgatctttcggc < 1:352245‑M2/148‑114 (MQ=255) aGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAGCTGTCCCACCGAGTTGATCGCGGCGGTGCCGGTGGCAATTGc < 6:33824/149‑1 (MQ=255) ggCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAGCTGTCCCACCGAGTTGATCGCGGCGGTGCCGGTGGCAATTGc > 6:352396/1‑148 (MQ=255) gCATGCtgtcaatcgcgccgctgatcctggtcgcatgcctggtggtgatgcgttacgtgcgcaaccccaaaagctgattggcgctgagtcttcgaacaacaacaagaataagcacaaggcataccaatgatcgtgatctttcggcgag > 2:226429‑M1/1‑6 (MQ=255) gCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAGCTGTCCCACCGAGTTGATCgcggcg > 2:97576/1‑130 (MQ=255) gCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAGCTGTCCCACCGAGTTGATCgcggcg < 1:97576/130‑1 (MQ=255) tGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAGCTGTCCCACCGAGTTGATCGCGGCGGTGCCGGTgg > 3:22820/1‑137 (MQ=255) tGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAGCTGTCCCACCGAGTTGATCGCGGCGGTGCCGGTgg < 4:22820/137‑1 (MQ=255) ctgtcaatcgcgccgctgatcctggtcgcatgcctggtggtgatgcgttacgtgcgcaaccccaaaagctgattggcgctgagtcttcgaacaacaacaagaataagcacaaggcataccaatgatcgtgatctttcggcgagcatcgc > 6:244692‑M1/1‑1 (MQ=255) | GTAAAGCGCCGAGAGCACCAGCGATGCTCGCCGAAAGATCACGATCATTGGTATGCCTTGTGCTTATTCTTGTTGTTGTTCGAAGACTCAGCGCCAATCAGCTTTTGGGGTTGCGCACGTAACGCATCACCACCAGGCATGCGACCAGGATCAGCGGCGCGATTGACAGCATGCCCATGTAGGTACTGTCGGTAAGGTCATTGATCTTGCCCACCATCACTGGTGCAACGATGCCGCTCAGCTGTCCCACCGAGTTGATCGCGGCGGTGCCGGTGGCAATTGCCAGCCCC > NC_002947/3841471‑3841760 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |